Обличить суд неправедный — значит еще раз потребовать реформу, демократизацию суда. Петрашевский не отказался от взлелеянной ранее мысли.
Манифест 27 марта 1855 года опередил Петрашевского. Монарх жаловал «прощение» и «облегчение участи».
Но, как бы отвечая намерениям Петрашевского, в манифесте было сказано: «Кто за деяния, до обнародования сего манифеста учиненные, будет впоследствии подведен под силу оного и не пожелает тем воспользоваться, тот может в течение одного месяца со дня объявления ему состоявшегося о нем постановления просить о рассмотрении дела его на законном основании. Такие лица, в случае осуждения их, уже не могут подлежать прощению по силе сего манифеста».
Петрашевский не боялся «осуждения», но кое-кто из каторжан, а также Момбелли, Григорьев, как казалось Михаилу Васильевичу, «слишком запуганы прошедшим».
Петрашевский, как только ему объявили, что по манифесту он освобожден от каторжных работ и переведен в разряд «ссыльнопоселенцев» с водворением в Восточной Сибири, отправил помощнику управителя Константиновской дистанции Рындину прошение в департамент сената:
«…Производство дела, послужившего поводом к моей ссылке, было совершенно несообразно с его юридическою сущностью, почему я… равно как и другие, сопричтенные к сему делу лица, не был подчинен прямому действию закона… К присутствованию при производстве следствия не были приглашены г.г. следователями от разных ведомств и сословий надлежащие депутаты, могшие устранить пристрастность допросов… Был устранен при производстве сего дела охранительный для обвиненных надзор стряпчих и прокуроров, установленный законами при производстве дел особой важности… При следствии не было делаемо надлежащего различия между лицами, кои были сопричтены к делу, и свидетелями по оному… Не были даны мне очные ставки с лицами, коих показания, в списках и извлечениях мне предъявлялись… Невзирая на непринадлежность мою ни к одному из званий или ни к одной из категорий лиц, подлежащих суду военному, я был подвергнут ему… Противу сего изменения формы суда и подсудности, противного основным отечественным государственным законам, было мною протестовано пред Военно-Судною комиссиею… Приговора своего Военно-Судная комиссия ни сама, ни чрез кого никому из подсудимых не объявила… Вследствие чего я и другие подсудимые были лишены возможности выразить свое неудовольствие или удовольствие на решение Военно-Судной комиссии и предъявить свои требования или жалобы высшим инстанциям, смотря по надобности… Потом дело сие… перешло в Генерал-Аудиториат».
Далее в своем прошении Петрашевский указывал, что генерал-аудиториат не имел права разбирать дела не военных, а гражданских лиц. Это тоже было нарушением судебного процесса. Поэтому Петрашевский требовал отмены приговора генерал-аудиториата 1849 года и настаивал на «пересмотре всего дела».
Осенью 1855 года Петрашевский перебрался на Нерчинский завод и по приглашению протоиерея Боголюбского стал заниматься с его сыном, а также с детьми купца Кандинского.
Будучи добросовестным преподавателем, Петрашевский делал все, что мог, чтобы передать свои знания ученикам, но мысленно он уже решил: наступил новый период его жизни. Теперь, когда прошение послано, когда он написал еще дополнительные разъяснения, педагогическая работа только временное занятие.
Он даже поделился своими надеждами с матерью. Не в пример товарищам по ссылке, не пожелавшим требовать пересмотра приговора, Михаил Васильевич писал, что «смотрел на ссылку, как на истинное начало… политической карьеры, как на положение, которое… возложило новые обязанности» на него, пропагатора, бойца.
«Я ни на минуту еще в жизни не приходил в отчаяние и не печалился, и… чтобы не разубедиться, а напротив того, еще более убедиться в своих мыслях, тех, за которые я был сослан, надо быть сосланным в Нерчинские заводы».
Прошение застряло в Нерчинском горном правлении и было возвращено, как поданное «не по принадлежности».
19 декабря 1855 года Петрашевский пишет новое. Но и оно остается без движения. Петрашевский настаивает на его отсылке, выражает свое неудовольствие и, наконец, добивается того, что горное начальство переправляет второе прошение ссыльнопоселенца председательствующему в совете Главного управления Восточной Сибири генералу Венцелю. Но генерал после консультаций запрашивает нерчинское начальство об умственных способностях просителя.
