Общность взглядов Берона и других философов только внешняя. Он построил свою натурфилософскую систему самостоятельно и считал ее совершенно новой, но сохранившей дух аристотелизма. Заявляя, что панэпистемия исследует все явления в духовном и физическом мире, в макро- и микрокосмосе, Берон упускал из виду качественное многообразие различных форм движущейся материи. Несмотря на то что ему удалось приблизиться к положительному решению поставленных проблем, он не смог дать научного ответа ни на вопрос о строении Вселенной, ни на вопрос об источниках движения и развития. И если в этом отношении мы видим у него некоторые заслуги, то они связаны с постановкой проблем, их обоснованием, а также с попыткой создать научный метод и теорию. Подход к изучению явлений в духе старых философских традиций привел Берона к решениям, отличным от диалектико-материалистических.
Берон стремился в разнообразном эмпирическом материале отыскать связи между явлениями, чтобы создать единую картину мироздания. Как и все натурфилософы, он пытался решить стоящие перед естествознанием проблемы при помощи наукообразных умозрительных конструкций.
Проблема метода научного и философского исследования — одна из тех проблем, которые волновали Берона. Он пытался дать ей логическое обоснование и определить свое отношение к различным методам, при этом вполне определенно заявляя, какого именно метода будет придерживаться в своей философской системе. В ходе анализа тех или иных проблем Берон указывал также на близость своих конкретных методов исследования к определенным частнонаучным методам.
Мысль о необходимости использования новых методов исследования мыслитель ясно выразил еще в предисловии к первому тому «Панэпистемии». Здесь подчеркивается, что самым ценным является математический метод, поскольку он точен и не допускает никаких гипотез. Заявив о том, что его произведения «в дальнейшем будут подчинены математическим расчетам» (там же, 4), Берон действительно применяет этот метод во всей панэпистемии. Свои доводы он пытается обосновать математически и логические рассуждения иногда облекает в формулы.
В «Панэпистемии» Берон использует ряд логических методов. Он обращает серьезное внимание на анализ и синтез. Эти логические методы должны применяться, по его мнению, во взаимосвязи. Мыслитель подчеркивает, что правильный путь познания заключается в рассмотрении действительности посредством анализа и синтеза. «При помощи открытого мною физического закона,— пишет он,— мы можем определить здесь действия, которые происходят в момент, когда происходят наблюдаемые явления; этот аналитический путь вносит большую ясность и легкость в исследования космических явлений. В то же время этот закон показывает хронологический порядок возникновения каждого ряда фактов. Именно так мы излагаем в настоящем труде хронологический порядок космических явлений в двух аспектах с целью показать читателю общее происхождение явлений и способ их производства» (18, 3, 2).
Указание Берона на необходимость единства анализа и синтеза в процессе познания исключительно важно. Оно свидетельствует о преодолении им односторонности взглядов тех мыслителей, которые использовали и признавали в исследованиях или только путь анализа, или только путь синтеза. Бероновская концепция логического метода содержит известную диалектическую догадку.
Обобщая свои взгляды на метод, на хронологический порядок возникновения фактов и их генеалогию, Берон подчеркивает: «Для того чтобы найти объяснение наблюдаемым фактам, есть только одно средство — изложить способ их производства. Производство фактов обусловлено действием, а всякое действие обусловлено силой. Для физиков действие и сила — два абстрактных понятия, только факты обладают реальным существованием... Работа какой-либо машины — факт, течение воды или движение пара— действие, нарушенное равновесие воды или пара — сила» (18, 6, 673—674). Следовательно, всякий метод, претендующий на главенствующую роль в процессе познания, прежде всего должен раскрывать происхождение явлений. Но поскольку в основе всех процессов лежат закономерности и «такие явления, которые обусловлены законами», необходимо познать самые общие законы природы. А «самый общий закон» («статичный») может быть выражен следующим образом: всякое явление вызвано определенным действием, а действие — определенной силой. Конечно, это утверждение мыслителя является постулатом. К подобному выводу приходили и другие физики, но они, по мнению Берона, не поняли сущности закона. Таким действием, которое предшествует всякому явлению и порождает его, является процесс течения флюида, причиненный нарушенным равновесием данного флюида. В сложной терминологии у Берона выражена правильная мысль о всеобщей каузальности, детерминированности всех явлений. Это одно из основных положений его методологии. Без рассмотрения вещей в процессе движения невозможно их познание. «Целостное изучение физических и естественных наук, точно так же как и метафизических и нравственных, не может осуществиться по отдельности, ибо все явления, которыми занимаются эти науки, совершаются посредством движения каких-либо флюидов; в этом движении, следовательно, и заключается общее происхождение всех явлений» (18, 3, 1). Здесь в концентрированном виде выражена методологическая линия всей бероновской натурфилософии.