Какие-либо иные сведения о студенческих годах Берона, к сожалению, почти отсутствуют. Известно лишь, что в 1826 г. он перебирается в Мюнхен, где начиная с зимнего семестра 1826/27 г. изучает медицину. Выбор этого предмета, вероятно, во многом определялся его увлечением естественными науками. Нельзя сбрасывать со счетов и то обстоятельство, что Мюнхенский университет привлекал большое число прогрессивных студентов своими новыми, передовыми методами обучения, весьма отступавшими от старых традиций Гейдельбергского университета, а также более современной базой для изучения естественнонаучных дисциплин. В списках студентов Мюнхенского университета Петр Берон значился под именем Peter Hadzi Beron. В Мюнхене Берон провел почти пять лет, но об этом пятилетии его жизни сохранились весьма скудные сведения. В то время Мюнхенский университет славился как центр по изучению естественных, и особенно медицинских, наук. Лекции читали выдающиеся ученые, основоположники научных школ.
В формировании мировоззрения Петра Берона немалую роль сыграли лекции знаменитого немецкого философа Шеллинга (1775—1854), который в начале 30-х годов XIX в. заведовал кафедрой философии в Мюнхенском университете. На лекции Шеллинга собирались не только студенты, но и простые граждане, занимавшие самое разное положение в обществе. Естественно, что и Берон не мог остаться в стороне от этого всеобщего увлечения философскими чтениями Шеллинга. Вполне правдоподобным будет предположение о том, что в натурфилософской системе Шеллинга Берон нашел хороший образец для выражения своей любви к древнегреческой философии и для демонстрации тех знаний, которые он получил в Эллинской школе и Гейдельбергском университете. В самом деле, сочинения, написанные позднее Бероном, свидетельствуют об известном влиянии на него взглядов Шеллинга, Это относится в основном к построению самой его натурфилософской системы. Нетрудно заметить и сходство в суждениях обоих натурфилософов о взаимодействии и противоречивости единства положительного и отрицательного зарядов электричества, о полярности магнитных полюсов, об отношении между кислотами и основаниями и т. д.
Не будет также ошибкой предположить, что Берон испытал в этот период и влияние одного из ярких натурфилософов первой половины XIX в., ученика и последователя Шеллинга, медика и естествоиспытателя Лоренца Окена (1779—1851), лекции которого он слушал в Мюнхенском университете. Окен занимался также активной общественной деятельностью, отстаивал свободу слова. Он внес в науку «немало философского тумана, разрежаемого порой молниями гениальных мыслей, и много романтики, нередко преподносимой под видом точного знания. И все это делалось из-за страстного стремления объять весь космос одной идеей, из-за непреодолимого желания все познать и все постигнуть, о чем мечтал и Шеллинг» (36, 53—54).
Такая характеристика во многом справедлива и по отношению к Берону, разделявшему идеи своего профессора. Об этом свидетельствуют многие общие положения в космологических теориях обоих натурфилософов, общность их представлений о значении углерода, водорода и кислорода в построении органических веществ, о роли теплового и светового флюидов и др.
9 июля 1831 г. Петр Берон успешно защищает докторскую диссертацию, написанную по-латыни и названную «Вступительная диссертация по новому тазомеру и эмбриометру, представленная с глубоким уважением к прославленному Мюнхенскому медицинскому факультету для получения высшего отличия по медицине, хирургии и акушерскому искусству Петром хаджи Бероном, фракийцем» (Мюнхен, 1831 г., типография Жоржа Жаке).
Для успешного обучения Берона существенное значение, несомненно, имело то, что он слушал лекции выдающихся ученых, оказавших на него огромное влияние. Руководителем его диссертации был профессор Й. Б. Вайсброд с кафедры акушерства и гинекологии, он же был заведующим клиникой акушерства в Мюнхене. В университете преподавали также профессор И. Дёлингер, один из лучших анатомов и физиологов своего времени, и профессор И. Н. Рингзайс, советник по медицинским вопросам и реформатор медицинского дела в Баварии. Светлый ум, жажда знаний и самобытное научное мышление Берона, а также всестороннее благотворное влияние профессоров привели его к первой победе на научном фронте — успешной защите докторской диссертации.
