К осени болезнь обостряется. Чахотка, осложненная инфлюэнцой, снова уложила Флорентия Федоровича в постель. Он чувствовал, что силы на исходе, и не собирался ехать в Ниццу.
Облегчение наступило лишь к середине декабря. Врачи рекомендовали не мешкая отправиться в южные края. Сразу после встречи Нового года Флорентий Федорович, слабый, больной, отправляется из Петербурга в Ниццу.
В первые дни приезда ему стало лучше, но затем температура снова поднялась и состояние резко ухудшилось. А 20 января 1900 года Флорентия Федоровича не стало. Один из его друзей, Р. И. Сементковский, с болью заметил после кончины Павленкова: «Он прожил бы, может быть, еще дольше, если бы экономия не заставляла его жить в Ницце в помещении, мало соответствовавшем гигиеническим требованиям. Бедный Павленков! Живя для дела, он о себе забывал…»
Судьба распорядилась так, что спустя тридцать два года после похорон Писарева на том же самом Волковом кладбище было погребено и тело Флорентия Федоровича.
Хоронить на Волковом кладбище значило тогда — отдать усопшему самые знатные почести перед прогрессивной общественностью страны. Похороны проводились не по кровному, а по идейному родству.
«Из бурного движения 60-х годов вынес, прежде всего, мысль, что России нужно просвещение, и с этой мыслью он не расставался до конца своих дней», — говорил о Павленкове современник. Он работал не для верхов интеллигенции, а для народа, которого старался снабдить умной и дешевой книгой. В общественном мнении передовых людей своего времени он зарекомендовал себя стойким просветителем, подлинным издателем-демократом, необыкновенным тружеником русской мысли. Через все испытания — тюрьмы, ссылки, преследования цензуры Павленков с честью пронес знамя идей и принципов шестидесятничества.
Как типичный представитель своей эпохи Павленков неутомимо работал во имя идейного объединения в России на почве всего передового и прогрессивного. С борьбы за выпуск сочинений Д. И. Писарева начиналась плодотворная издательская деятельность Павленкова. Превосходной минутой назвал издатель тот момент, когда за несколько лет до кончины удалось получить разрешение на выпуск нового издания писаревских сочинений.
— Его память свято храню, всю жизнь почитал и почитать буду, — говорил тогда о Писареве Флорентий Федорович одному из своих друзей.
Современники особенно были признательны Павленкову за выпуск широкого спектра научно-популярных изданий, справедливо считая, что он сделал для их создания и распространения среди различных слоев русской читающей публики больше, чем кто-либо за последние годы.
Казалось бы, отмечалось в одном из многочисленных некрологов, Павленков «не отличался ни какими-либо выдающимися талантами, ни громкими особенными подвигами, он не потрясал сердец “неведомою силою”, не затмевал каким бы то ни было образом своею личностью современников: это был простой труженик, страстно любивший свое дело, преданный ему до самозабвения и положивший в это дело все свои силы, весь ум, всю жизнь. Книгоиздатель… простой книгоиздатель — под этим наименованием знал почти весь грамотный русский люд покойного Павленкова, и, тем не менее, с этим именем связывались удивительно интересные и даже знаменательные страницы нашей общественной жизни просветительного, прогрессивного характера за последнее тридцатилетие».
«Русской литературе и русскому просвещению есть за что сказать ему искреннее спасибо», — отмечалось в некрологе журнала «Жизнь». А вот слова, сказанные со страниц «Русского богатства» В. Г. Короленко: «Ф. Ф. Павленков относился к книге страстно и с боевым чувством… В этом море заглавий и фолиантов у него были свои друзья, для которых он был готов на всевозможные жертвы, и враги, которых он страстно ненавидел и с которыми боролся противоположными изданиями. Начав с издания сочинений Д. И. Писарева (за которые в 70-х годах был предан суду и которое вообще навлекло на него много неприятностей), покойный, книга за книгой, провел, иногда с огромным трудом, массу изданий. Перечислить их все в связи с медленно меняющимися условиями прессы, это значит написать биографию покойного, и этот труд, вероятно, будет сделан. Список выйдет длинный, биография — полная захватывающего интереса».