Во время Великой Отечественной войны Судоплатов руководил организацией и работой разведывательно-диверсионных групп в тылу немецко-фашистских захватчиков.
В группах, созданных Судоплатовым, действовали прославленные Герои Советского Союза Дмитрий Медведев, Николай Кузнецов и многие другие, которых он лично готовил для работы в тылу врага. Всю войну, не покладая рук, Судоплатов работал для победы над фашизмом.
Работая исключительно в области нашей разведки за границей и в тылу врага, Судоплатов никогда не имел никакого отношения к репрессиям против советских людей в годы культа личности.
За прошедшие 12 лет выросли наши сыновья. Когда был арестован мой муж, им было 10 и 13 лет. Несмотря на страшное горе, постигшее семью, они выросли коммунистами. Старший сын Андрей — отличник Советской Армии, принят в члены КПСС армейской партийной организацией. Младший сын Анатолий оканчивает Институт иностранных языков, заместитель секретаря Комитета ВЛКСМ этого института, принят в кандидаты КПСС.
Оба сына выходят в большую жизнь, а отец их уже стар и так тяжело болен, что ему не под силу выдержать годы заключения в тюрьме. Тяжкая эта трагедия для всей нашей семьи коммунистов. Поэтому я снова обращаюсь к Вам с настоятельной просьбой о помиловании моего мужа и отца моих детей».
Ходатайство Эммы Карловны было рассмотрено и отклонено.
Весной 1966 года, в канун XXIII съезда КПСС, в многолетней борьбе наступил перелом. Приведу документ, сыгравший тогда решающую роль:
«В письмах на имя XXIII съезда КПСС тт. Гудимович П. И., Мирковский Е. И., Василевский Л. П. и другие (всего 32 человека) ходатайствуют о реабилитации бывшего начальника Четвертого управления МВД СССР Судоплатова и его заместителя Эйтингона. Авторы писем считают, что Судоплатов и Эйтингон были необоснованно осуждены, якобы, за деятельность особой группы НКВД СССР, созданной для борьбы с немецкими захватчиками и их пособниками в период Великой Отечественной войны с Германией. С просьбой о реабилитации обратился на имя XXIII съезда КПСС и Судоплатов.
Из материалов уголовных дел на Судоплатова и Эйтингона видно, что им не вменяется в вину деятельность названной выше особой группы НКВД СССР.
В 1957–1958 гг. Судоплатов и Эйтингон осуждены Военной коллегией Верховного суда СССР за то, что они по указанию Берии и его соучастника Абакумова и Меркулова возглавляли другую специальную группу, на которую возлагалась разработка и осуществление планов уничтожения и избиения советских граждан.
По этому вопросу Берия в августе 1953 г. показал: «(…) до начала войны мною Церетели намечался на работу в специальную группу, которую возглавлял Судоплатов, для осуществления специальных заданий, т. е. избиения, тайного изъятия лиц, подозрительных по своим связям и действиям. Так, например, имелось в виду применить такую меру, как уничтожение Литвинова, Капицы. В отношении режиссера Каплера намечалось крепко избить его(…). В эту группу были привлечены мной особо доверенные лица».
Эти показания Берии подтвердил и Церетели, пояснив, что особая группа «должна была похищать и избивать неугодных лиц из числа советских граждан». Позднее вместо Церетели заместителем Судоплатова был назначен Эйтингон. В частности, им, Эйтингоном, в 1950 г. был избит литературный работник (писатель Соловьев).. В судебном заседании Судоплатов признал, что он принимал личное участие в разработке плана избиения этого писателя.
На следствии и в самом письме Судоплатов не отрицает, что он участвовал в умерщвлении на территории СССР в 1946–1947 гг. четырех человек (…). Но он не считает себя виновным, т. к. в отношении этих лиц имелись определенные оперативные данные о проведении ими антисоветской работы и умерщвление проведено по указанию, полученному им от бывшего руководства МГБ со ссылкой на инстанции.
В уголовном деле имеются также показания Майрановского, который возглавлял в НКВД-МГБ специальную лабораторию по разработке ядов. Из этих показаний видно, что Судоплатов и Эйтингон требовали от лаборатории ядов, проверенных на живых людях. Собранными следствием доказательствами установлено непосредственное участие Эйтингона в умерщвлении людей путем введения ядов. Число лиц, умерщвленных таким путем, установить не представилось возможным, поскольку фамилии их скрывались.
