Весной 1920 года для борьбы с бандитизмом был создан Цупчрезком (Центральное управление чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности). Начальником управления стал В. Н. Манцев, опытный чекист, одновременно являвшийся членом коллегии ВЧК и начальником Особого отдела Южного и Юго-Западного фронтов. Однако некоторое время деятельностью Цупчрезкома фактически руководил председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский. С 1921 года руководство по борьбе с бандитизмом было возложено на командующего вооруженными силами Украины и Крыма М. В. Фрунзе.
В отличие от прежней Всеукраинской ЧК, являвшейся только отделом Наркомата внутренних дел Украины, Цупчрезком учреждался непосредственно при Совнаркоме УССР и подчинялся только ему. Позднее постановлением Совнаркома республики разъяснялось, что Цупчрезком должен работать в тесном контакте с наркоматами юстиции и внутренних дел. Местные органы Цупчрезкома являлись отделами исполкомов Советов, а заведующие губотделами юстиции и внутренних дел входили в состав коллегии губЧК, которая, в свою очередь, делегировала своего представителя в коллегию губернского ревтрибунала. Уездные чрезвычайные комиссии не создавались. Вместо них в составе милиции были образованы уездные политбюро, ведавшие борьбой с контрреволюцией и бандитизмом.
Ударной силой Цупчрезкома был Особый отдел. Его задачи заключались в охране границ, ведении контрразведки, борьбе со шпионажем и вышеупомянутым бандитизмом. Для борьбы с крупными бандитскими соединениями использовались войска внутренней охраны (BOXP), Донецкая дивизия Ч К Украины, сформированная в феврале 1921 года, и части особого назначения (ЧОН). По инициативе М. В. Фрунзе создавались специальные летучие отряды, которые преследовали мелкие банды и уничтожали их, не давая им рассеяться. Особенно внимательно Фрунзе относился к личному составу этих отрядов. В своем приказе он требовал:
«Широко использовать для состава таких отрядов добровольцев, вполне отвечающих требованиям честного, отважного, предприимчивого бойца, привычного к партизанской работе. На подбор всего состава отряда и добровольцев и по назначению обратить особое внимание. Безусловно, необходимо самое широкое комплектование отрядов коммунистами, могущими внести идейный характер в ответственную работу летучих отрядов».
В июне 1921 года Кременчугскому губвоенсовещанию и Киевскому военному округу Фрунзе была послана следующая телеграмма: «Ввиду создания в Холодном Яре повстанческого штаба, предлагаю усилить в этом районе борьбу с бандитизмом с целью скорейшей его ликвидации, закрепляя ликвидацию соответствующей политработой. Реввоенсовету, командованию, КВО использовать для этого все имеющиеся в их распоряжении средства и установить теснейший контакт с Кремгубсовешанием».
К этому времени в Кременчугской губернии оперировали такие банды: объединенная банда Холодного Яра — атаманы Петренко, Деркач, Чучунак и Пономаренко; банда Нагорного действовала в районе островов на Днепре северо-восточнее пристани Бужин; в лесном районе к западу от м. Жаботина оперировала банда Овчаренко; в Цветнянском лесу — банда Железняка; в болотистых островах реки Тясьмин, в 8 км от Чигирина, находилась банда Бойко; в Черном лесу севернее Знаменки — банда Хвиля, а в Матусовском лесу — банда Черного Ворона.
В августе советские войска разгромили важнейшую опорную базу бандитов в Холодном Яру и Матренинском монастыре, уничтожили отряды Овчаренко, Нагорного, Железняка, Назара Стодоли. Преследуемый 24-м кавалерийским полком, отряд атамана Лихо переправился через Днестр и ушел в Румынию. Атаманы Мордалевич, Орлик, Цветковский, Лисица и Грозный добровольно сдались властям.
В Донецкой губернии, по данным штаба Донецкой дивизии: «… в июле (1921 г.). на территории Донбасса оперировало 18 банд общей численностью в 1042 сабли с 19 пулеметами. В августе количество банд возросло до 21, численность же их уменьшилась до 953 сабель с 30 пулеметами. С разгромом основного ядра банды Махно, бандитизм махновской окраски в Донбассе сразу же пошел на убыль и в сентябре в губернии осталось 16 банд с 548 саблями и 15 пулеметами. В дальнейшем численность бандитов стала быстро уменьшаться, в октябре в Донбассе осталось 11 банд с 383 саблями и 20 пулеметами, в ноябре 8 банд с 261 саблями и 13 пулеметами и в декабре организованных банд нет вовсе».
