1606, 1 июня — участие Гермогена как ведущего лица от Церкви в церемонии венчания на царство Василия Шуйского (вопрос о пребывании Гермогена в Москве окончательно не решен). Первые числа июня — участие Гермогена уже как «нареченного патриарха» в торжествах, связанных с перенесением мощей святого Димитрия Углицкого в Москву.
3 июля — поставление Гермогена в сан патриарха Московского и всея Руси.
Ноябрь — рассылка Гермогеном «богомольных грамот» в поддержку царя Василия IV и против болотниковцев.
Осень — участие Гермогена в торжественном перезахоронении останков Годуновых.
22 декабря — отправка в Казань, к митрополиту Ефрему, патриаршей грамоты о милосердном отношении к жителям Свияжска, раскаявшимся в измене.
1607, 3 февраля — общий совет Василия IV и Гермогена о приглашении бывшего патриарха Иова в Москву.
9 февраля — подтверждение Гермогеном несудимой грамоты, выданной патриархом Иовом в 1594 году арзамасскому Спасо-Преображенскому монастырю.
14 февраля — приезд в Москву бывшего патриарха Иова, доставленного ради того, чтобы он принял общенародное покаяние. Гермоген прилюдно обращается к Иову за прощением и благословением и получает его.
16 февраля — общий совет Иова вместе с Гермогеном и другими представителями духовенства; определен порядок всеобщего покаяния.
20 февраля — молебен Гермогена в Успенском соборе; Иов, Гермоген и весь Освященный собор «простили», «разрешили» и благословили собравшееся в Успенском соборе «всенародное множество». 9 марта — участие Гермогена в совместном совещании Боярской думы и Освященного собора, итогом которого стал ввод в действие «Уложения о крестьянах и холопах».
Март — благословение Гермогена на строительство нового Никольского храма в селе Чернышеве Костромского уезда.
Конец мая — первые дни июня — рассылка Гермогеном «богомольных грамот» в поддержку царя Василия Ивановича, возглавившего войско в походе против болотниковцев.
Первые дни июня — рассылка Гермогеном «богомольных грамот», извещавших о победе князя А.В. Голицына над болотниковцами на реке Восьме.
Ноябрь (приблизительно) — заседание Боярской думы, где обсуждался вопрос о браке царя Василия IV; Гермоген присутствовал там и выступил против брака, очевидно, считая его несвоевременным; но царь все-таки женился, не послушав мнения святителя.
1608, июнь (приблизительно) — проповедь Гермогена, призывавшего царя Василия Ивановича к активному отпору войскам Лжедмитрия II.
Июль — участие Гермогена в совещании Боярской думы, по итогам которого Марину и Юрия Мнишков отправили домой.
1609, первая половина февраля — Гермоген во главе Освященного собора требует у Василия Шуйского отправки воинского отряда в помощь осажденной Троице-Сергиевой обители; вопреки собственному нежеланию царь 15 февраля отряжает 60 казаков на поддержку монастыря.
25 февраля, «суббота сыропустная» — волнения в Москве против Василия Г.У. Бунтовщики вывели Гермогена на Лобное место, где он спорил с ними и обличал их. Его ораторский дар способствовал тому, что мятежники начали расходиться.
Конец февраля — начало марта — рассылка Гермогеном грамот, обличающих изменников царю и призывающих к покаянию.
1610, 7 февраля — вьщача Гермогеном жалованной ставленой грамоты некоему Ермолаю Иванову сыну на протопопство в Костроме.
23 апреля — кончина воеводы князя М.В. Скопина-Шуйского. Патриарх созывает весь Освященный собор для «надгробного пения», сам идет за гробом и во главе высшего московского духовенства совершает погребальное богослужение.
25 апреля — появление первого в России печатного церковного Устава под названием «Око церковное»; Гермоген благословил издание.
29 июня — отправка в Ярославль патриаршей грамоты об изготовлении списка чудотворной иконы Казанской Божией Матери в ярославском Богородичном девичьем монастыре и отсылке его в город Романов.
17июля — свержение Василия Шуйского заговорщиками. Патриарх Гермоген пытается остановить заговорщиков, но безуспешно.
19 июля — попытка постричь Василия Шуйского и его жену в иноческий чин; поскольку сам царь и его супруга протестовали, а слова иноческих обетов вместо них произносили другие люди, Гермоген объявил пострижение несостоявшимся.
