Для подготовки к работе в спецслужбах партийных работников Георгий Теодори организовал осенью 1918 г. Курсы разведки и военного контроля (впоследствии подчеркивал, что эти Курсы были «уникальными в Европе»). Однако «товарищам» было трудно освоить специальные предметы, и прошло немало времени для отлаживания новой системы подготовки кадров.
В конце 1918 — начале 1919 г. ВЧК перетянуло военную контрразведку из военного ведомства, что объясняется целым рядом факторов: стремлением ВЧК к гегемонии в области борьбы с контрреволюцией, недовольством главы Реввоенсовета Республики Троцкого деятельностью Отдела военного контроля РУ, недоверием партийных руководителей ОВК к Теодори сотоварищи и крайней амбициозностью первого председателя Особого отдела ВЧК — старого большевика и соратника Ленина по эмиграции Михаила Кедрова. Для ликвидации «группы давления» из лелеявших идею Большого Генерального штаба выпускников Николаевской Императорской военной академии 1917 г., в Полевом штабе и в штабах фронтов и армий в марте 1919 г. арестовали лидера генштабистов и одного из членов «коллегии выпуска» Георгия Теодори. Таким образом, в заключении оказался один из основателей ГРУ. Весьма показательный в истории взаимоотношений ГРУ и ДВК эпизод. История советских военных разведки и контрразведки разошлась до июля 1922 г., когда руководство разведки ввело «за правило не принимать ни одного нового сотрудника без согласия на то ГПУ». А фактический ультиматум однокурсников Теодори В.И. Ленину привел, наряду с рядом других факторов, к их арестам летом 1919 г. Кедров, лично занявшийся генштабистами 1917 г., показал себя как талантливый военный контрразведчик. Принадлежа к элите по происхождению, пройдя путь революционера, имея опыт работы за границей в эмиграции, он сумел на аудиенции, которой добились в связи с делом Теодори генштабисты, обвести их всех вокруг пальца: ценных сведений не дал, а интересующий его вопрос о способах связи выпуска выведал. «Группу давления» уничтожил. Если бы Кедров и в остальных случаях действовал столь же ловко, он, несомненно, надолго бы задержался в руководстве Особого отдела.
Работа с агентурой никогда не была сильной стороной царских офицеров, но генштабисты ускоренных курсов в данном вопросе разбирались еще меньше. Регистрационное управление сохраняло их в своем составе вплоть до лета 1919 г., когда поставленный во главе РУ анархист Тимофей Самсонов (Бабий), некогда отчисленный Теодори с Курсов военного контроля, очистил советскую военную разведку от офицеров-«золотопогонников». Эта чистка, как это ни парадоксально, имела и положительные результаты: Самсонов изменил порядок работы с агентурой, при нем получила значительно большее распространение совершенно необходимая в деле агентурной разведки конспирация. Основную ставку Самсонов, в отличие от прежних руководителей РУ, сделал на зарубежные партийные организации, и не ошибся в выборе, хотя постоянный недостаток выделяемых центральному органу советской военной разведки средств привел к ситуации, когда сотрудники стали именовать Регистрационное управление «мертвым трупом». К тому же РУ полностью сосредоточилось на агентурной разведке и не уделяло должное внимание войсковой разведке и радиоразведке, а потому, по выражению одного из преподавателей Академии Генерального штаба РККА С. Савицкого, «в то время когда Гражданская война придавала большое значение агентуре, последняя, будучи несогласованна с войсковой в едином аппарате, не смогла дать соответствующих удовлетворительных результатов».
Разведотделы Полевого штаба и фронтовых штабов при этом работали более эффективно, чем центральный орган военной разведки. Ежедневные разведсводки Полевого штаба, обобщавшие самые важные и достоверные сведения по всем фронтам и территориям противника, осуществляли информирование высшего военно-политического руководства Советской республики.
При этом Регистрационным управлением в конце 1919–1921 гг. были созданы агентурные сети в Польше, Литве, Латвии, Эстонии, Германии, дававшие крайне ценную информацию о потенциальных врагах Советской России. В 1921 г. в итоге реорганизации РУ появилось Разведывательное управление Штаба РККА с разветвленной структурой, издававшее подробные сводки о положении в иностранных государствах.
