Кроме монофизитов и несториан, в восточных провинциях сложилась и еще одна община, которая постоянно сопротивлялась императорскому правительству, а именно иудейская. Значительная доля евреев жила во всех крупнейших городах Востока. Они были в какой-то степени поражены в гражданских правах; порой возникали погромы, жертвами которых становились и они сами, и их имущество. В отместку они не упускали ни единой возможности причинить вред христианам. Их финансовые ресурсы и широкие связи превращали их в потенциальную угрозу для властей.
В течение VI века ситуация усугубилась. Войны Юстиниана на Западе были долгими и дорогостоящими. Они наносили ущерб его религиозной политике и приводили к повышению налогов, притом что не создавали для его восточных подданных возможностей компенсировать потери. Больше всего пострадала Сирия; ибо, помимо налогового бремени, она подверглась ряду жестоких набегов персидских армий и серии разрушительных землетрясений. Процветали только еретики. Иаков Барадей из Эдессы организовал сирийских монофизитов в грозную силу при поддержке сочувствовавшей им императрицы Феодоры. С тех пор их церковь стала называться сиро-яковитской. В число египетских монофизитов, получивших имя коптов, вошло почти все коренное население страны. Несториане, безопасно окопавшиеся за персидской границей и быстро расширявшиеся на Восток, упрочили свои позиции в пределах империи. За исключением палестинских городов, православные оказались в меньшинстве. Их презрительно называли мелькитами, приспешниками императора, и не без причины, ибо само их существование зависело от власти и авторитета императорской администрации.
В 602 году императорский трон захватил центурион Фока. Он правил топорно и некомпетентно; и пока в Константинополе водворилось царство террора, в провинциях разгорались мятежи и гражданские войны между городскими фракциями и между соперничающими религиозными сектами. В Антиохии сиро-яковитские и несторианские патриархи открыто провели совместный собор для обсуждения общих действий против православных. В наказание Фока прислал армию, которая перебила огромное число еретиков при охотной помощи евреев. Два года спустя восстали и сами евреи и замучили до смерти православного патриарха города.
В 610 году Фоку сместил молодой аристократ армянского происхождения — Ираклий, сын экзарха Африки. В том же году персидский царь Хосров II закончил подготовку к вторжению и расчленил империю. Персидская война продолжалась девятнадцать лет. Двенадцать лет империя оборонялась, пока одна персидская армия оккупировала Анатолию, а другая завоевывала Сирию. Антиохия пала в 611 году, Дамаск — в 613-м. Весной 614 года персидский военачальник Шахрвараз вошел в Палестину, опустошая страну и сжигая церкви на своем пути. Он пощадил только храм Рождества в Вифлееме из-за мозаики на его дверях с изображением волхвов с Востока в персидских нарядах. 15 апреля он осадил Иерусалим. Патриарх Захария был готов открыть ворота города, чтобы избежать кровопролития; но жители-христиане отказались покорно сдаться. 5 мая с помощью находившихся в городе евреев персы сумели ворваться за его стены. Последовали зверства, леденящие кровь. В отсветах полыхавших домов и церквей христиан резали всех без разбору, многих перебили персы, но еще больше — евреи. По некоторым сведениям, погибло шестьдесят тысяч человек, а тридцать пять тысяч были проданы в рабство. Священные реликвии города — Крест Господень и орудия Страстей Христовых — удалось спрятать, но их нашли и вместе с патриархом отправили на Восток в дар царице Персии, христианке — несторианке Марьям. Опустошение в городе и его окрестностях было таково, что и по сей день страна полностью от него не оправилась.
Три года спустя персы вторглись в Египет и в течение года полностью им овладели. Между тем на севере их полчища достигли Босфора.
Падение Иерусалима стало для христиан чудовищным потрясением. Роль, которую сыграли в этом евреи, они не могли ни забыть, ни простить, и война с персами приобрела характер священной. Когда в 622 году Ираклий в конце концов смог начать наступление, он торжественно принес обет Богу за себя и свою армию и отправился воевать как христианский воин с силами тьмы. Для последующих поколений он стал первым из крестоносцев. Вильгельм Тирский включает в свою историю Крестовых походов, написанную пять веков спустя, рассказ о персидской войне, а старый французский перевод этой книги был известен под названием Livre d’Eracles, «Жизнеописание Ираклия».
