Перед отъездом из Антиохии в ответ на этот призыв Боэмунд совершил поступок, который раз и навсегда ознаменовал его разрыв с греками, а его последствия вызвали первый непоправимый раскол между греческой и латинской церквями. Иоанн IV, восстановленный Адемаром на патриаршем престоле Антиохии, вплоть до той поры продолжал носить свой сан. Но он был греком, и Боэмунд подозревал его в симпатиях к византийцам и в том, что он убеждал своих православных прихожан надеяться на спасение, которое придет от императора. Боэмунд изгнал его из города и назначил вместо него латинянина Бернарда Валанского, который был капелланом при Адемаре и которого Боэмунд недавно сделал епископом Арты, и доставил его в Иерусалим для введения в сан. Позднее латиняне, в частности Гийом Тирский, стремясь доказать законность латинской линии патриархов, заявляли, что Иоанн сам снял с себя патриарший титул, но на самом деле это произошло лишь после того, как Иоанн добрался до Константинополя и уступил место греческому преемнику. Он поселился в монастыре на острове Оксия, где написал трактат с осуждением латинских обрядов и горько жаловался в нем на притеснения со стороны латинян. Его полномочия перешли к патриарху, которого избрали высланные православные иерархи. Таким образом возникли две соперничающие линии патриархов, греческая и латинская, и ни одна не желала уступить другой. В Антиохии благодаря Боэмунду схизма между церквями стала очевидной, и Алексей добавил к своим планам по возвращению Антиохии в лоно империи твердое решение посадить на антиохийский престол законного патриарха.
Устранив таким образом главный источник потенциальной измены в Антиохии, Боэмунд отправился в Мелитену. Не желая оставлять свою столицу без достаточного гарнизона, он взял с собой только кузена Ричарда Салернского и триста рыцарей с контингентом пеших воинов. Армянские епископы Антиохии и Мараша сопровождали его; возможно, что и среди его рыцарей было несколько армян. Уверенный, что даже такими скромными силами он в состоянии одолеть тюрок, Боэмунд беспечно углубился в горы, отделявшие Мелитену от долины Аксу. Там в засаде его уже поджидал эмир и внезапно напал на франков. Они были застигнуты врасплох и окружены. После короткого, но ожесточенного боя их армия была полностью разгромлена. Армянские епископы погибли, и Боэмунда, так долго наводившего ужас на неверных, вместе с Ричардом Салернским угнали в позорную неволю.
Но не кто иной, как Балдуин, спас Северную Сирию для христианства. Боэмунд, увидев, что выхода нет, отрезал прядь своих белокурых волос и вручил ее одному солдату, которому удалось проскользнуть мимо тюрок, после чего он помчался в Эдессу. Там, показав прядь волос в доказательство своих полномочий, он передал Балдуину сообщение Боэмунда. Боэмунд молил вызволить его из плена, прежде чем тюрки уведут его вглубь Анатолии. Но Балдуина больше интересовала безопасность франкских государств, чем судьба его старого друга и соперника. Он немедленно выступил в путь с небольшим войском всего в сто сорок рыцарей, но у него была превосходно поставлена разведка, а перед ним бежали слухи, значительно преувеличивая размер его армии. Малик Гази Гюмюштекин на утро после победы подошел к стенам Мелитены, чтобы показать гарнизону головы убитых франков и армян. Но, услышав о подходе Балдуина, он решил, что лучше всего ретироваться с добычей и пленниками к себе во владения. Балдуин последовал за ним в горы, но боялся слишком далеко проникать в такую местность, где легко мог попасть в засаду, да и местным жителям он не доверял. Затем он вернулся в Мелитену. Боэмунд и Ричард Салернский в цепях отправились в долгий плен в холодном замке Никсар (Неокесария), далеко в понтийских горах.
Гавриил Мелитенский приветствовал Балдуина как своего освободителя и поспешил признать его власть. Взамен Балдуин оставил с ним пятьдесят рыцарей, чтобы укрепить оборону города. Благодаря им Гавриил смог отразить атаку Данишмендидов несколько месяцев спустя, когда тюрки узнали, что Балдуин уехал на север.
Лишь по возвращении в Эдессу после своих кампаний примерно в конце августа Балдуин принял посланцев из Иерусалима, которые пришли рассказать ему о смерти брата. Весь сентябрь он готовился к дальнему пути, устраивая управление Эдессой на время своего отсутствия. Его кузен Балдуин Бургский находился в Антиохии, где, видимо, действовал как заместитель Боэмунда и, может быть, связной между двумя сеньорами. Его призвали в Эдессу, где Балдуин поручил ему управлять графством от его имени. 2 октября Балдуин со своим окружением и личной гвардией в двести рыцарей и семьсот пехотинцев отправился в Иерусалим, немного горюя о смерти брата, как рассказывает нам его капеллан Фульхерий, но больше радуясь своему наследству.
