В 1795 году, после присоединения Литвы к России, борьба возобновилась. На этом ее этапе противников хасидизма стали называть - "миснагдим" (в сефардском произношении "митнагдим"), что в переводе означает "противники", "сопротивляющиеся". Все еврейское население Польши, Украины, Литвы, а также и других стран Восточной Европы, делилось на эти две группы - "хасидим" и "миснагдим". Послания Элиягу Гаона не имели силы на Украине, где хасиды были в большинстве и безраздельно владычествовали, но в Литве и Белоруссии это был призыв к действию. Снова жгли хасидские книги, прерывали всякие отношения с хасидами и мешали им молиться в их синагогах. Страсти накалялись, и самое серьезное было еще впереди.
5
Элиягу Гаон умер в 1797 году, в праздник Суккот, и этот радостный день превратился для его последователей в день плача и траура. Улицы Вильно опустели, к вечеру на похоронах присутствовал весь город, а местные хасиды в то же самое время собрались вместе и веселились по поводу избавления от своего гонителя. Говорили, что они даже пригласили музыкантов и плясали допоздна под музыку, а люди на кладбище, горевавшие над могилой, уже знали о том, что "еретики" радуются общему горю. После похорон разъяренная толпа ворвалась в дом, где веселились хасиды, и стала их избивать. Дальнейшее неясно: по официальной версии погибли три хасида, которые, вроде бы, умерли с перепою, по неофициальной - толпа убила троих, трупы выволокли на улицу, топтали ногами и в растерзанном виде бросили в овраг. Остальные хасиды разбежались кто куда, и "великий страх напал на них".
А через самое малое время в виленских синагогах - в полной темноте и после трубных звуков шофара - провозгласили, что хасиды не только "отлучаются и отвергаются от всех, но вовсе не признаются сынами Израиля". Создали специальную комиссию для искоренения "секты", назначили "тайного преследователя", и по его наущению толпа повсеместно оскорбляла и притесняла хасидов, портила их имущество и однажды ворвалась в дом богатого хасида, оптового виноторговца, открыла краны у всех бочек и вылила вино наружу. Такие погромы устраивали не один раз, хасиды пожаловались на это виленскому губернатору, и тот запретил кагалу "наказывать евреев, нарушающих обряды религии, и позволил каролинам отправлять богослужение" по их правилам.
Виленские раввины не могли уже справиться с хасидами своими силами и решили обратиться за помощью к русскому правительству. В то время в Петербурге опасались вредного влияния революционных событий во Франции, и потому ловили по всей стране собственных заговорщиков, явных и мнимых, и привозили их на допрос в столицу. Особенно преследовали тайные масонские общества и религиозные секты, а их руководителей ссылали в Сибирь - на поселение или даже на каторгу. Надо было доказать властям, что хасидизм - это одна из разновидностей тайных обществ, и в Петербург поступил из Вильно донос "о вредных для государства поступках руководителя каролинской секты Залмана Боруховича". Этого было достаточно, и осенью 1798 года пришло повеление: арестовать в местечке Лиозно главаря " секты" и двадцать два его "сообщника" и "под крепким караулом" отправить в Петербург.
На рабби Шнеура Залмана надели железные оковы, посадили его в телегу и под охраной отправили в Витебск, а оттуда уже, в почтовой карете, привезли в Петербург и поместили в одиночную камеру Петропавловской крепости. Известие об этом чрезвычайно обрадовало противников хасидизма, а "во всех городах, куда доходило повеление царя, был между хасидами великий плач и пост, и рыдания". Сразу же стали собирать деньги "на освобождение учителя" и среди прочего установили особый налог: каждый жених жертвовал на это благое дело часть полученного приданого. Собрали огромную сумму - около шестидесяти тысяч рублей, и с этими деньгами ходатаи отправились в Петербург.
С первого дня заключения рабби Шнеур Залман отказался есть тюремную некашерную пишу. Он заявил, что скорее умрет, нежели съест что-либо, приготовленное неевреями, и тюремные власти разрешили приносить еду из еврейского дома. Вскоре начались допросы узника в Тайной канцелярии, где обычно разбирались дела по особо важным государственным преступлениям. На допросах присутствовали сенаторы и высшие сановники, и глубокомысленные ответы обвиняемого только укрепляли поначалу следователей в их подозрениях. Рабби Шнеура Залмана обвинили в создании вредной религиозной секты, в распространении нежелательных религиозных идей и в нелегальной отправке денег в Палестину для каких-то политических целей - быть может, в заговоре с самим Наполеоном.