Весть о новом ополчении добрых граждан встревожила поляков, осажденных в Москве, встревожила и казаков, которые осаждали их.
Поляки послали к патриарху Гермогену уговаривать его, чтоб написал в нижегородское ополчение, запретил ему идти к Москве. Гермоген отвечал: «Да будут благословенны те, которые идут для очищения Москвы». Скоро после этого Гермоген скончался в феврале 1612 года; причиною смерти было дурное содержание. Казаки послали отряды, чтоб мешать нижегородскому ополчению, но казаки были разбиты, и Пожарский занял Ярославль; казаки подослали сюда злодеев, чтоб убить Пожарского, но это не удалось. Уладив все дела, Пожарский выступил к Москве, куда с другой стороны шел литовский гетман Ходкевич на выручку своим. Пожарский предупредил его и 18 августа 1612 года подошел к Москве. Здесь стояли казаки, с которыми надобно было улаживаться. К счастью, число их уменьшилось: часть их, под начальством Заруцкого, ушла из стана; Заруцкий взял к себе Марину, вдову Самозванца, с ее маленьким сыном, рожденным от тушинского вора, и пошел на юго-восток, к степям, чтоб там снова завести смуту во имя маленького Самозванца. Предводителем казаков под Москвою остался один князь, Дмитрий Тимофеевич Трубецкой. Через два дня после прихода Пожарского явился под Москвою и гетман Ходкевич. 22 августа он напал на Пожарского, но был отбит; 24 он снова двинулся к Кремлю; казаки в решительную минуту отказались биться и ушли в свой стан, но троицкий келарь Авраамий Палицын успел уговорить их вступить в дело; тогда общими усилиями дворян и казаков, и особенно благодаря смелому движению Минина с отборным отрядом, Ходкевич был снова отбит и ушел к польским границам, не успевши снабдить осажденных съестными припасами.
После ухода Ходкевича Пожарский соединился с Трубецким и вместе управлял делами, причем Пожарский, отличавшийся скромностью, уступил первенство Трубецкому, как старшему по чину. 22 октября осаждающие взяли у поляков Китай-город приступом. В Кремле поляки держались еще месяц, терпя страшный голод, наконец сдались, и 27 ноября ополчение и народ с крестным ходом вошли в очищенный от врагов Кремль. После этого пришел было сам король Сигизмунд с войском; но, увидав, что опоздал, возвратился, не успев взять и Волоколамска. Уход короля дал досуг заняться избранием царя. Разосланы были грамоты по областям, чтоб присылали отовсюду в Москву знатных духовных лиц и выборных из других сословий, лучших, разумных людей. Когда выборные съехались, назначен был трехдневный пост, после которого начались соборы. 21 февраля 1613 года был последний собор: каждое сословие подало письменное мнение, и все эти мнения найдены сходными, все указывали на одного человека, шестнадцатилетнего Михаила Федоровича Романова, сына митрополита Филарета Никитича.
Михаил Федорович жил в это время в Костроме, в Ипатьевском монастыре, с матерью, монахинею Марфой Ивановной. Собор, провозгласивши его царем, назначил несколько знатных духовных и светских лиц ехать к нему и от имени всех чинов людей просить, чтоб был государем и ехал в Москву. 13 марта соборные послы приехали в Кострому, а на другой день, 14-го числа, пошли в Ипатьевский монастырь с крестным ходом и со всеми костромичами. Услыхавши от послов просьбу ехать в Москву и царствовать, Михаил отказался; Марфа Ивановна говорила: «Сын мой еще очень молод, а русские люди стали малодушны, троим государям присягнули и потом изменили; кроме того, государство разорено вконец, прежних сокровищ царских нет, земли розданы, служилые люди обеднели: откуда будущему царю давать жалованье служилым людям, двор свой содержать и как против недругов стоять? Наконец, митрополит Филарет в заточении у польского короля: узнавши, что выбрали в цари сына, король отомстит за это на отце». Соборные послы отвечали, что избран Михаил по Божьей воле, а три прежние государя садились на престол по своей воле, неправо, отчего во всех русских людях и было несогласие и междоусобие; теперь же русские люди наказались все и пришли в соединение во всех городах. Послы долго упрашивали Михаила и мать его, наконец стали грозить, что в случае отказа государство совершенно разорится и Бог взыщет на Михаиле это разорение: тогда Марфа Ивановна благословила сына принять престол.
