В это время, когда недоумение овладевало все больше и больше русскими людьми, в апреле 1605 года умирает царь Борис скоропостижно, и хотя жители Москвы присягнули спокойно сыну Борисову, Федору, однако воеводы, стоявшие против Самозванца, думали, что нельзя ничего сделать с войском, которое упало духом, не имея уверенности, что дело, за которое оно бьется, дело правое. Главным воеводою был Басманов; он решился прямо объявить войску, что истинный царь есть тот, против которого оно воюет, и войско перешло на сторону Самозванца, только немногие разбежались. Лжедимитрий двинулся в Москву, куда перед ним явилось несколько его приверженцев; они взволновали народ, свергнули патриарха Иова, разослали в ссылку родных царя, а самого Федора с матерью зверски умертвили.
В июне 1605 года Лжедимитрий с торжеством въехал в Москву; но скоро после этого въезда князь Василий Иванович Шуйский стал распускать слухи, что новый царь — самозванец. Слухи дошли до дворца, Шуйского схватили и приговорили к смерти, но Лжедимитрий простил его. Для большего уверения народа, что царь есть истинный Димитрий, сын царя Иоанна Васильевича, привезли из заточения монахиню Марфу, бывшую царицею, мать царевича Димитрия, и все видели, с какою материнскою нежностью свиделась она с царем. Возвращены были из ссылки родственники ее, Нагие, также пострадавшие при Годунове Романовы, из которых в живых остались только два брата: монах Филарет Никитич с сыном Михаилом да Иван Никитич; остальные померли в ссылке от жестокого обращения с ними людей, приставленных стеречь их. Филарет Никитич поставлен был Ростовским митрополитом. В патриархи, вместо Иова, был поставлен рязанский архиерей Игнатий, родом грек.
Самозванец венчался на царство по принятому обычаю; часто присутствовал в Думе или в совете царском и удивлял вельмож умом, находчивостью при решении трудных дел, начитанностью, говорил, что вельможам недостает образования, и обещал позволить им ездить за границу для его приобретения; но в то же время он оскорблял приближенных людей пренебрежением старых русских обычаев, даже таких, которые считались священными; неудовольствие усилилось, когда приехала в Москву невеста царская, Марина Мнишек, со множеством поляков, которые вели себя дерзко, когда Лжедимитрий женился на ней; знали, что она православия не приняла. Этим неудовольствием спешил воспользоваться князь Василий Шуйский вместе с некоторыми другими знатными людьми, чтоб составить заговор для истребления Лжедимитрия. 17 мая 1606 года рано утром раздался набат в Москве, и по этому знаку заговорщики собрались на Красной площади, откуда князь Василий Шуйский повел их в Кремль ко дворцу. Самозванец проснулся от набата и, увидав, что отбиться от заговорщиков нельзя, бросился в окно и расшибся; в этом положении он был найден и убит. В то же время было побито много поляков, но Марина, отец ее и другие знатные поляки были спасены боярами, которые не хотели из-за них ссориться с Польшею.
Надобно было думать об избрании нового царя. Виднее всех был теперь князь Василий Иванович Шуйский, избавивший Россию от позора иметь на царском престоле обманщика, расстригу. Шуйского провозгласили царем, не созывая собора советных людей из всего государства, как было при избрании Годунова. Свергнули и патриарха Игнатия, как лжедимитриевского патриарха, и возвели на его место казанского архиерея Гермогена. Разослана была по областям грамота от имени бояр и всех москвичей; в грамоте говорилось, что Гришка Отрепьев овладел царством с бесовскою помощью, всех людей прельстил чернокнижеством; но что он погиб, и теперь царствует Василий Иванович, потомок прежних великих князей русских. Эта грамота могла показаться очень странною в областях: недавно извещали из Москвы, что Годунов свергнут истинным царем Димитрием, а теперь уверяют, что этот Димитрий был обманщик, злодей, чернокнижник, объявляют, что он погиб, но как погиб и как уверились в том, что он самозванец, — это неизвестно; объявляют, что избран новый царь, но как и кем — и это также неизвестно: советные люди из областей не были на избрании Шуйского. Всякий мог спрашивать: что это такое? как это сделалось? И вместо ответа, который бы успокоил, вдруг разносятся слухи, что царь Димитрий жив, в другой раз спасся от убийц, ушел из Москвы опять в Польшу и оттуда идет с войском на похитителя престола, Шуйского. Кому же и чему верить? Опять сомнение, смута, как при появлении первого самозванца; у добрых людей опустились руки, не знают, за кого стоять, на чьей стороне правда, а злым людям того только и надобно, чтобы мутить землю для своих выгод.