В это время русская власть утверждалась в далеких странах северной Азии, в Сибири. Ермак Тимофеевич не дождался царских воевод, посланных к нему Иоанном Грозным: хан Кучум напал на него нечаянно ночью, и Ермак, спасаясь от него, утонул в реке Иртыш. Но смерть храброго казацкого атамана не уничтожила дела, им начатого: русские воеводы уже шли в Сибирь по проложенной казаками дороге, за ними следовали другие воеводы; малочисленным и диким туземцам нельзя было с ними бороться, должны были или бежать подальше к другим народам, как сделал Кучум, или покориться и платить дань, ясак. Русские строили среди них городки и шли все дальше и дальше, плывя преимущественно по рекам, не встречая больших препятствий от жителей, которых было очень мало и которые притом жили рассеянно. Сибирь особенно была важна тем, что доставляла в казну меха, самый дорогой товар, которым торговали русские.
Но хотя дорогих мехов и прибавилось в казне царской, а все она была бедна, все не из чего было платить жалованье ратным людям, а ратные люди были надобны, врагов было много. Вместо денег ратные люди получали земли, поместья, ими кормились и должны были являться на войну людны, конны и оружны. Но когда нужно выступать в поход, когда разосланы повсюду повестки, чтоб помещики собирались, воеводы начинают перекличку, вызывают: «Такой-то?» — «Есть!» — откликается помещик, и его пишут в «естех»; вызывают другого — молчание, значит, нет его, не явился, и его пишут в «нетех». И стало оказываться, что в «нетех» очень много, а кто и в «естех», у того плохое оружие, плоха лошадь или людей не столько, сколько он должен был привести со своей земли. Что за причина? Помещики оправдываются, что служить им нельзя, земля есть, но ее нужно обрабатывать, а рабочих нет; крестьяне были вольные, свободно переходили с одной земли на другую, за две недели до Юрьева дня осеннего (26 ноября) могли отказываться, уходить. Небогатый помещик призовет их к себе, порядится с ними, а тут подле богатый, многоземельный вотчинник светский или монастырь, работники им нужны, потому что везде земли много, а рабочих рук нет, они и переманивают крестьян от бедных помещиков, давая им больше выгод, каких бедный помещик дать не мог, и вот бедный помещик остается без крестьян, земля не обработана, доходов нет, и когда придет повестка идти на службу, собраться нечем. Помещики не являются на службу, войска нет, беда страшная, потому что первая надобность для народа — защита от врагов; как же быть? Надобно дать помещику средство обрабатывать свои земли, получать доход и быть в состоянии являться на службу, но для этого надобно было дать ему постоянного работника, крестьянина, который бы от него не уходил, и вот крестьян прикрепили к земле, запретили им переходить в Юрьев день с одной земли на другую.
В царствование же Федора Иоанновича, в 1589 году, произошла перемена в русской церкви: главный архиерей вместо митрополита начал называться патриархом. Мы видели, что уже с половины XV века, со взятия Константинополя турками, русская, или московская, церковь была независима от константинопольского патриарха, ее митрополиты ставились в Москве своими архиереями с согласия государя. Союз русской церкви с восточными православными церквами и патриархами их не прерывался; так как они находились в печальном положении под турецким игом, то из России шла им богатая милостыня. Было странно, однако, что церкви, находившиеся в бедственном положении, управлялись патриархами, а русская церковь, единственная из православных церквей, которая была сильна, находясь в стране независимой, с православным государем, управлялась митрополитом. Эта странность выказалась явно, когда приехал в Москву старший из патриархов, Иеремия Константинопольский; приехал он бедный, с просьбою о помощи, а между тем ему принадлежало первенство. Тут-то в Москве решили, чтоб в ней быть пятому патриарху; Иеремия согласился и посвятил митрополита Иова в патриархи; другие три патриарха — Иерусалимский, Александрийский и Антиохийский — также прислали свое согласие на установление патриаршества в России.