Комиссия в результате тщательного исследования всего следственного материала пришла к заключению, что все обвинения, предъявленные мне, не имели под собой никаких оснований и приказ № 61 в лучшем случае являлся печальной ошибкой введенного в заблуждение Верховного правителя.
В это время левыми социалистами-революционерами было произведено покушение на меня, и я был довольно тяжело ранен. Верховный правитель, осведомившись о моем ранении и о результатах следствия, не только отменил приказ № 61 и восстановил меня во всех правах, но вскоре же произвел меня в чин генерал-майора и назначил командующим войсками Читинского военного округа. В октябре месяце 1919 года последовало назначение меня военным губернатором Забайкальской области и помощником Главнокомандующего вооруженными силами Дальнего Востока и Иркутского военного округа, каковым являлся генерал Розанов, имевший свою главную квартиру во Владивостоке.
О том, что конфликт мой с Омском был вызван недоразумением и главным образом интригами ген. Лебедева, говорит и сам адмирал в показаниях своих, данных им чрезвычайной следственной комиссии в Иркутске. Привожу выдержки из этих показаний в той их части, которые касаются меня. (Центроархив. Допрос Колчака. Стенографическая запись. Государственное издательство. Ленинград. 1925 г. Допрос 6 февраля 1920 г., стр. 194, 195,196.)
«…Вслед за тем вечером, в то время когда мы потребовали прямой провод во Владивосток для переговоров с Ноксом, мне доложили, что прямого провода нет, что Чита прервала сообщение. Я предложил начальнику Штаба выяснить этот вопрос. На это мне ответили СОВЕРШЕННО НЕОПРЕДЕЛЕННО, ГОВОРИЛИ, ЧТО НИКАКОГО ПЕРЕРЫВА НЕТ, А ВСЕ-ТАКИ МЫ НЕ МОЖЕМ ПОЛУЧИТЬ ВЛАДИВОСТОК; было ясно (?), что перерыв находится в Чите».
«…Затем я получил известие, которое ПОТОМ ОКАЗАЛОСЬ НЕДОРАЗУМЕНИЕМ, но тогда на меня произвело впечатление чрезвычайно серьезное: это была первая угроза транспорту с оружием, обувью и т. д., задержанному где-то на Заб. ж. д. Впоследствии оказалось, что это было не предумышленной задержкой, а задержкой благодаря непорядкам на линии; мне же доложили это так, что я поставил это в связь с перерывом сообщения, и решил, что дело становится очень серьезным, что Семенов уже задерживает не только связь, но задерживает доставку запасов».
На вопрос одного из членов чрезвычайной следственной комиссии Алексеевскою «А вашего приказа о лишении Семенова должности вы не отменяли?» — адмирал Колчак ответил: «Нет, не отменял; я отменил его после следственной комиссии, когда Катанаев вернулся и, проведя расследование, сказал, что ФАКТА И НАМЕРЕНИЯ со стороны Семенова прервать связь и ничего не доставлять на фронт НЕ БЫЛО, и что все это было помимо него».
После ознакомления с результатами работы следственной комиссии и моими докладами о положении на Дальнем Востоке адмирал убедился в полной вздорности всех возводимых на меня обвинений в нарушении связи, нежелании подчиняться и в стремлении к полной изоляции Дальнего Востока от Омска. Он понял, что все эти обвинения — результат интриг честолюбцев, считавших себя более достойными тех постов, кои занимались мною. Поэтому после ликвидации конфликта адмирал довольно часто вызывал меня к прямому проводу и спрашивал моего мнения по поводу тех или иных намеченных мероприятий. Первый вызов последовал в начале июня 1919 года, когда мне было предложено высказать свое мнение по целому ряду вопросов в связи с движением на Пермь генерала Гайды. Позднее адмирал просил меня воздействовать на братьев Пепеляевых, вставших на путь сибирского сепаратизма после того, как армия генерала Пепеляева была отведена в тыл и расположена в районе Томска и ст. Тайга. По этому случаю мною были посланы телеграммы премьер-министру Пепеляеву и его брату, генерал-лейтенанту Пепеляеву, о необходимости теснейшего объединения всех противобольшевистских сил вокруг Верховного правителя и сохранения в интересах родины единого идеологического фронта. Вскоре же по поручению Верховного правителя мною был представлен ему план дальнейшей борьбы с большевиками.