Исходя из изложенных соображений, схема организации О.М.О. была приноровлена к требованиям жизни. Помимо чисто военных отделов управления, состоявших из Штаба отряда, с подразделениями: оперативным, инспекторским, интендантским, отряд имел совершенно самостоятельные отделы: Судебно-административный, Финансовый, Железнодорожный, Политический и Мобилизационный. Хотя отрасли деятельности управления отрядом были весьма многогранны, касаясь буквально всех сторон жизни, численность занятых этой работой людей была весьма ограничена. Со всеми делами справлялось не более десяти человек, состоявших при моем Штабе, которые вели ответственную работу и в распоряжении которых находился необходимый штат сотрудников. Правда, в то время и дел было сравнительно не так много, ибо территория, занимавшаяся нами, была весьма незначительна, но тем не менее необходимость в таком аппарате ощущалась с достаточной ясностью; в дальнейшем же, по мере продвижения отряда в глубь территории Забайкалья, явилась необходимость создания временного правительства Забайкальской области, каковое и составилось из меня, как председателя и руководителя по военным вопросам; генерал-майора И. Ф. Шильникова, возглавлявшего военно-административную и мобилизационную часть, и С. А. Таскина, взявшего на себя гражданское управление освобожденной территории.
План вторжения в пределы Забайкалья базировался на быстром распространении нашего влияния на возможно большую часть территории Забайкальского казачьего войска, чтобы иметь возможность мобилизовать занятые станицы и получить таким путем необходимое отряду пополнение. Впоследствии расчет этот удался вполне, и территория 2-го Военного отдела войска была занята весьма быстро. Объявленная мобилизация дала возможность усилить отряд бригадой конницы трехполкового состава и приступить к дополнительному оборудованию броневых поездов, на которые была возложена охрана железнодорожной линии в тылу отряда, помимо содействия передовым частям его в их продвижении вперед.
Перед началом наступления генерал-лейтенант Никонов, мой помощник по военной части, обратил внимание на чисто формальную ненормальность в области существовавшей в отряде иерархии. Будучи в чине есаула, я имел в своем подчинении генералов и штаб офицеров, в отношении которых являлся их непосредственным или прямым начальником. Чтобы обойти неловкость подчинения мне старших в чине, высший командный состав отряда обратился ко мне с просьбой принять на себя звание Атамана О. М. О. Мое согласие сгладило все неловкости, так как если я имел незначительный чин, будучи, в сущности, еще молодым офицером, то мой престиж, как начальника отряда и инициатора борьбы с большевиками, принимался в отряде всеми без исключения и без какого-либо ограничения. Отсюда произошло наименование меня «Атаман Семенов». Впоследствии это звание было узаконено за мной избранием меня Походным Атаманом Уссурийского, Амурского и Забайкальского войск. После ликвидации Омского правительства и гибели атамана Дутова войсковые представительства казачьих войск Урала и Сибири также избрали меня своим Походным Атаманом.
В отряде не было ни одного офицера Генерального штаба, поэтому приходилось действовать по обстановке, не разрабатывая предварительных оперативных соображений, тем более что гражданская война для всех нас была внове и только последующий опыт научил нас давать правильную оценку своеобразных приемов и элементов такого рода войны. Во главе Штаба отряда стоял полковник Нацвалов, под руководством которого работали в оперативном отделении: сотник Сергеев — обер-квартирмейстер Штаба отряда, и подъесаул Мунгалов — в качестве его помощника. Военно-административная часть отряда была сосредоточена в инспекторском отделении, во главе которого стояли дежурный штаб-офицер войсковой старшина Вериго, со своим помощником подпоручиком Понтовичем. Весь тыл отряда находился в твердых руках полковника Оглоблина, которому приходилось, помимо своей прямой задачи устройства тыла и снабжения отряда всем необходимым, зорко следить за действиями китайских властей, находившихся в тесных и оживленных сношениях с красным командованием.