Однако многолетнее одиночное заключение, маргинальное положение Морозова в обществе и официальной науке сказались на манере и специфике его исследований. Прежде всего, это монологизм морозовского мышления, вызванный недостатком общения; желание расправиться со старой наукой так же, как революционер расправляется со старым режимом; доходящая до фанатизма убежденность в своей правоте. Наиболее заметно это проявилось в исторических исследованиях Морозова. С другой стороны, естественно-научный рационализм Морозова парадоксальным образом соединялся с пантеистическим мистицизмом антихристианского толка. Насколько одиночная камера располагала к мистицизму, сказать трудно. Занятия наукой позволяли сохранить ясность рассудка и не давали сойти с ума. Но сам Морозов признавался, что выжить в одиночной камере ему помогало сознание того, что он сидит во Вселенной, а не в тюрьме. Теория и практика мистицизма знают многочисленные описания подобного разрастания микрокосма в макрокосм. Протопопу Аввакуму, например, в темнице не только являлся ангел со щами, но и его собственное тело разрасталось до целого мира. Интерес к мистицизму и оккультизму проявляли и некоторые деятели большевистского правительства (Ф. Э. Дзержинский, А. В. Луначарский, В. В. Бонч-Бруевич). Благодаря поддержке Дзержинского и Луначарского стали печататься исторические сочинения Морозова. Мистические и оккультные настроения были популярны и среди русской интеллигенции начала XX в. Разоблачения Морозовым христианства и связанной с ним историографии были созвучны поискам «нового религиозного сознания», ожиданиям нового откровения и критике исторического христианства. Мистические мотивы не были чужды и представителям русского космизма, например, К. Э. Циолковскому. Новый взгляд Морозова на историю перекликается с воззрениями русских космистов на влияние внеземных факторов на исторические события, хотя их точки зрения и нельзя отождествлять. Даже личное знакомство с А. Л. Чижевским не привело к корректировке концепции Морозова. Разрабатывая учение о единстве Вселенной, он приходил к выводу о воздействии космоса на геологические и климатические явления на Земле. Согласно Морозову, жизнь представляет собой результат эволюции вселенной, эволюция жизни — продолжение эволюции материи. Вершиной эволюции является человеческий разум. Эта ренессансная антропологическая точка зрения важна и для понимания философско-исторической системы Морозова. Мистико-оккультный смысл заложен и в названии главного исторического труда Морозова, семитомном исследовании «Христос». «Христос», подчеркивал Морозов, означает «посвященный», «магистр оккультных наук», т. е. человек, владеющий тайным знанием.
Историческая концепция Морозова и опровержение им традиционного христианства тесно связаны между собой. К новому взгляду на историю он пришел от изучения Библии и богословской литературы. Первоначально в заключении из книг ему оказалось доступно только Св. Писание.
Морозов не был историком в точном смысле этого слова; его излюбленной сферой научной деятельности всегда были точные науки — физика, химия, математика. Историю как точное летоисчисление он открыл для себя, занимаясь теологическими вопросами, в частности, астрономической экзегезой Апокалипсиса.
Об этом он сам сообщает в письме к матери из крепости от 13 февраля 1904 г.: «Одно время (хотя уже давно) у меня не было другого чтения, кроме Библии, и, перечитав ее несколько раз, я и до сих пор помню наизусть очень многие ее места. К некоторым из библейских книг я относился особенно внимательно, так как в них нередко говорится о таких предметах, которые меня особенно интересуют, например о географических представлениях прошлых поколений человечества. Но более всего заинтересовал меня Апокалипсис, в котором, кроме чисто теологической части, есть прекрасные по своей художественности описания созвездий неба с проходившими по ним планетами, и облаков бури, пронесшейся в тот день над островом Патмосом.
Однако всю прелесть этого описания может понять только тот, кто хорошо знаком с астрономией и ясно представляет себе все виды прямых и понятных путей, по которым совершаются кажущиеся движения описанных в Апокалипсисе коней-планет, и кто хорошо помнит фигуры и взаимные положения сидящих на них зверей — созвездий Зодиака, с их бесчисленными очами-звездами. Тот, кто не знает вида звездного неба, кто не может сразу показать, где находятся в данное время дня и года описанные там созвездия Агнца или Овна, Весов, Тельца, Льва, Стрельца, Алтаря, Дракона и Персея, кто никогда не читал в старинных книгах о древнем символе смерти — созвездии Скорпиона, по которому несся тогда бледный конь Сатурн, или о созвездии Возничего с его конскими Уздами, до которых протянулась тогда, после грозы, кровавая полоса вечерней зари, или о созвездии Девы, которое было тогда „одето Солнцем“, кто не видал в темную звездную ночь, как двадцать четыре старца-часа, на которые разделяется в астрономии небо, обращаются вокруг вечно неподвижного полюса, символа вечности, — для того будет совершенно потеряна вся чудная прелесть и поэзия лучших мест этой книги, и в голове его не останется ничего, кроме какого-то кошмара от всех этих „звериных фигур“, с которыми он не может связать надлежащего представления!»
