21 августа. Совет муфтиев России проходит регистрацию.
1 октября. Происходит первый захват Исторической мечети. Начинается открытая борьба между различными группировками за установление контроля над старейшей мечетью Москвы.
5 декабря. В Махачкале проходит II съезд Союза мусульман России.
8 декабря. Председатель Союза мусульман России Надиршах Хачилаев избирается в Госдуму по 11 Махачкалинскому избирательному округу и впоследствии входит во фракцию «Наш дом – Россия».
1997 ГОД
Ночь с 12 на 13 мая. В селении Чабанмахи (Республика Дагестан, Буйнакский район) происходит вооруженное столкновение между сторонниками «чистого ислама» – ваххабитами и приверженцами суфийских орденов – тарикатистами, приведшие к гибели нескольких человек. Деятельность ваххабитов в Кадарском анклаве вступает в активную фазу.
Июнь. Начинается конфликт между председателем ДУМ Центрально-Европейского региона России и Совета муфтиев России муфтием Равилем Гайнутдином и татарским бизнесменом и меценатом, председателем ДУМ Сибири Р.Ж. Баязитовым. Баязитов переходит на сторону ЦДУМ и становится советником председателя ЦДУМ верховного муфтия Талгата Таджуддина по национальным вопросам.
Июль. Эмиссар астраханского лидера ваххабитов Айюба Омарова О.В. Марушкин, более известный как Абузар, основывает в мордовском селе Белозерье ваххабитскую ячейку, которая впоследствии становится ядром крупного ваххабитского анклава в Ромодановском районе Республики Мордовия
23 июня. Подконтрольное Р.Ж. Баязитову ДУМ «Ассоциация мечетей» заявляет о выходе из состава Совета муфтиев России.
23 июня. Подконтрольное Р.Ж. Баязитову ДУМ Сибири и Дальнего Востока (ДУМ Сибири) заявляет о выходе из состава Совета муфтиев России.
26 июня. Подконтрольное Р.Ж. Баязитову ДУМ Нижнего Новгорода и Нижегородской области заявляет о выходе из ДУМ Центрально-Европейского региона России и Совета муфтиев России.
8 – 10 августа. В Тобольске проходит I конференция мусульман Сибири и Дальнего Востока, итогом которой становится образование Духовного управления мусульман Сибири и Дальнего Востока (Межрегионального духовного управления Сибири и Дальнего Востока). Председателем нового ДУМа избирается бывший председатель ВКЦДУМР Нафигулла Аширов, впоследствии получивший титул «верховный муфтий Азиатской части России». Его заместителями становятся генеральный директор Исламского культурного центра России Абдул-Вахед Ниязов и председатель ДУМ Тюменской области Галимзян Бикмуллин.
Октябрь. ДУМ Сибири выводится из состава Совета муфтиев России. Начинается противостояние ДУМ Сибири и Межрегионального духовного управления Сибири и Дальнего Востока.
1998 ГОД
29 – 31 января. Лидер американской радикальной мусульманской организации «Нация ислама» Луис Фаррахан при содействие лидеров Союза мусульман России Нафигуллы Аширова и Надиршаха Хачилаева посещает Москву, Тюмень и Махачкалу. В Махачкале он участвует в митинге в поддержку одного из кандидатов в мэры этого города, после чего выдворяется из России по настоянию властей Республики Дагестан.
14-15 февраля. В Казани проходит III съезд мусульман Татарстана, впоследствии названный Объединительным.
Действующие в Татарстане мусульманские централизованные структуры объединяются в единое ДУМ Республики Татарстан, председателем которого избирается первый заместитель Габдуллы Галиуллина Гусман Исхаков. Председатели ДУМ Татарстана юрисдикции ЦДУМ муфтий Фарид Салман Хайдаров и ДУМ Республики Татарстан муфтий Габдулла Галиулла объявляют состоявшийся съезд инспирированным правительством Татарстана, а его результаты – не имеющими юридической силы.
18 марта. На пленуме ДУМ Республики Татарстан муфтии Фарид Салман Хайдаров и Габдулла Галиуллин признают легитимность муфтия Гусмана Исхакова и слагают с себя полномочия. Также на пленуме принимается устав ДУМ Республики Татарстан (ДУМ РТ) и решаются принципиальные вопросы, связанные с его организационной структурой.
25 апреля. V съезд мусульман Адыгеи избирает новым муфтием ДУМ Республики Адыгея Аскарбия Хачемизова.
20-21 мая. В Махачкале проходят беспорядки, главными организаторами которых выступают братья Хачилаевы. Минюст России начинает работу по ликвидации Союза мусульман России.