Весной 2004 года вновь активизировались сторонники создания независимого Ставропольского муфтията, которые в апреле сформировали оргкомитет по проведению его учредительного съезда. Лидеры ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья не пожелали мириться с намечающимся расколом своего управления и начали активно противодействовать сепаратистским тенденциям. На двух экстренно собранных пленумах они приняли обращения к Президенту России, губернатору Ставропольского края и правоохранительным органам, в которых просили защиты от произвола районных администраций Ставропольского края. Главы этих администраций, по мнению соратников Исмаила Бердиева, и выступали главными инициаторами раскола, принуждая местных имамов к обособлению от Черкесского муфтията. Трудно сказать, насколько эти обращения повлияли на то, что состоявшийся 7 июля съезд мусульман Ставропольского края увенчался лишь частичным успехом. Несмотря на провозглашение независимого ДУМ Ставропольского края, делегаты съезда так и не смогли избрать председателя нового муфтията, отложив рассмотрение этого принципиального вопроса на неопределенное время. Конфликт между сторонниками и противниками сепаратизации ставропольской уммы вновь перешел в вялотекущую стадию, однако опасность раскола ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья сохранилась. 25 апреля 2004 года во Владикавказе прошел III съезд ДУМ Республики Северная Осетия – Алания, участники которого призвали к отставке муфтия Дзанхота Хекилаева, по состоянию здоровью и преклонному возрасту уже не способного надлежащим образом исполнять свои обязанности.
Полномочия для избрания нового муфтия были делегированы Совету ДУМ Республики Северная Осетия – Алания, в который вошли наиболее уважаемые мусульманские деятели республики. 12 мая этот совет принял решение присвоить Дзанхоту Хекилаеву пожизненное звания Почетного муфтия, а его преемником избрать председателя владикавказской мусульманской общины Руслана Валгасова. Через месяц почетный муфтий Дзанхот Хекилаев скончался в своем родном селе. Произошедшие в ДУМ Республики Северная ОсетияАлания перемены были интерпретированы некоторыми исламоведами и журналистами как переворот, организованный сторонниками «чистого ислама». Появились слухи, что муфтий Дзанхот Хекилаев назвал III съезд ДУМ Республики Северная Осетия – Алания «ваххабитским собранием» и всячески противился его решениям, однако не получил поддержки республиканских властей и был вынужден уйти в отставку. В то же время, присутствовавшие на съезде представительные делегации КЦМСК, Совета муфтиев России и правительства Северной Осетии не отметили в его работе каких-либо нарушений и не усомнились в полномочиях Совета ДУМ Республики Северная Осетия – Алания.
В любом случае, кадровые перестановки в ДУМ Республики Северная Осетия – Алания заметно ослабили его связи с КЦМСК. Муфтий Руслан Валгасов поспешил возобновить членство своего муфтията в Совете муфтиев России, а также прекратил бескомпромиссную борьбу со сторонниками «чистого» ислама, предпочтя ей путь переговоров и соглашений.
Драматически развивались события и в ингушской умме. 22 июня 2004 года отряд боевиков атаковал Назрань и расстрелял свыше ста сотрудников правоохранительных органов и мирных жителей. Число жертв мог бы пополнить и муфтий Магомед Албогачиев, которого специально искали для расправы. Та легкость, с которой террористы захватили хорошо охраняемый прифронтовой город, вызвала возмущение у многих ингушей, обвинивших в случившемся правительство республики.
Через несколько дней после нападения Магомед Албогачиев созвал собрание имамов республики, на котором объявил о своей отставке в знак несогласия с неадекватной политикой президента Ингушетии Мурата Зязикова. 8 июля 2004 года новым муфтием Ингушетии был избран первый заместитель Магомеда Албогачиева Иса Хамхоев. Сам Албогачиев переехал в Москву, где сосредоточился на работе в КЦМСК и бизнесе. Тем временем в Дагестане борьба с ваххабизмом, наоборот, резко активизировалась и приобрела совсем экзотические формы. В середине мая 2004 года Экспертный совет ДУМ Дагестана запретил продажу всех русскоязычных переводов Корана и любой литературы на исламскую тематику, не прошедшей его одобрения. Такие радикальные меры были призваны воспрепятствовать пропаганде ваххабитских идей через искаженное толкование неточно переведенных на русский язык коранических аятов, а также оградить Дагестанских мусульман от массово тиражируемых московскими издательствами проваххабитских сочинений. Представители Экспертного совета обошли все книжные магазины Махачкалы и порекомендовали их владельцам изъять из продажи указанную литературу, к которой оказались отнесены практически все изданные за пределами Дагестана книги. Отказавшиеся выполнить их рекомендации торговые точки стали объектами пристального внимания республиканского МВД, представители которого собственными методами добились неукоснительного исполнения рекомендаций Экспертного совета.
