Несмотря на эти успокаивающие заявления, в центральной и местной прессе появилось множество публикаций об активном распространении ваххабизма в республике. 1 декабря 1999 года на границе Республики Татарстан и Кировской области были взорваны несколько веток магистрального газопровода. Организаторов террористического акта удалось задержать. Ими оказались бывшие выпускники и шакирды медресе «Йолдыз», которые на допросах подтвердили предположения сотрудников Федеральной службы безопасности (ФСБ) о реальном положении дел в набережночелнинском медресе. 19 мая 2000 года ФСБ официально объявила о начале активной борьбы с так называемыми благотворительными арабскими фондами. В первую очередь была прекращена деятельность организации «Аль-Харамейн», которую ФСБ объявило «одной из структур, негласно финансирующей наемников в Чечне». Вскоре аналогичные меры последовали в отношении фондов «Аль-Игаса», «Тайба» и «Ибрагим аль Ибрагим», известных своей поддержкой ряда российских исламских учебных заведений и духовных управлений мусульман.
Борьба с ваххабизмом, который теперь однозначно воспринимался как экстремистское течение, стала набирать обороты. 2 октября в Уфе прошло заседание Совета муфтиев ЦДУМ, приуроченное к торжествам по случаю 10-летия Исламского института им. Ризаэтдина Фахреддина. Участники заседания приняли обращение, акцентирующее внимание на прогрессирующем распространении ваххабизма в Российской Федерации, в первую очередь – в Республике Татарстан. Начавшаяся антиваххабитская кампания позволила руководству ЦДУМ перехватить инициативу в информационной войне со своими оппонентами, многие из которых защищали ваххабитов. В этой кампании на сторону ЦДУМ встали уважаемые исламоведы, политологи и журналисты, которые видели в ваххабизме серьезную угрозу для безопасности страны. 15 ноября 1999 года успешные информационные атаки ЦДУМ спровоцировали крайне резкое заявление Совета муфтиев России, в котором верховный муфтий ЦДУМ Талгат Таджуддин огульно обвинялся в целом ряде серьезных прегрешений. Это некорректное и откровенно хамское воззвание, опубликованное в правительственной «Российской газете», положило начало наиболее активной фазе противостояния ЦДУМ и Совета муфтиев, которая растянулась на последующие четыре года.
10. Новые инициативы Совета муфтиев России – празднование 1400-летнего юбилея с начала распространения ислама в России и воссоединение с ДУМ РТ
Начало 2000 года оказалось отмечено важной инициативой Совета муфтиев России, предложившего широко отпраздновать 1400-летний юбилей (по мусульманскому календарю) с начала распространения ислама в России. Принципиальное решение об этом было принято еще 31 ноября 1996 года на первом заседании Совета муфтиев, а также на предшествовавшем ему пленуме ДУМЦЕР. При активной поддержке ряда чиновников и депутатов муфтий Равиль Гайнутдин поставил вопрос о проведении юбилейных торжеств на общероссийском уровне, указав на значительное государственное финансирование 2000-летнего юбилея христианства.
У предложенной инициативы нашлось немало противников, среди которых решающую роль сыграли лидеры ЦДУМ и дагестанские ученые. По их мнению, вряд ли стоило считать годовщину прихода первых арабских завоевателей в Дербент началом распространения ислама, тем более что никакой миссионерской активности пришельцы не проявляли.
Разгоревшийся спор пришлось разрешать Российской академии наук, президент которой аргументированно высказался против предложения Совета муфтиев. В итоге 1400-летний юбилей с начала распространения ислама в России не был внесен в федеральный план праздничных мероприятий, однако в некоторых регионах Совет муфтиев России смог заручиться поддержкой местных властей. Так, 14 февраля 2000 года мэр Москвы Ю.М. Лужков подписал распоряжение «О выделении ассигнований на проведение празднования 1400-летия начала распространения ислама в России» и рекомендовал столичным учителям обратить на это событие особое внимание учащихся. В рамках празднования юбилея в Москве, Республики Татарстан, Пензенской, Омской и Тюменской областях прошли несколько конференций, семинаров и театральных представлений. Помимо праздничных мероприятий особое внимание Совета муфтиев России привлекали завершающиеся переговоры с ДУМ РТ, согласившемуся войти в Совет. К 2000 году этот муфтият заметно укрепил свои позиции, чему немало способствовала целенаправленная поддержка республиканских властей. С их помощью в Татарстане удалось построить около тысячи новых мечетей, которым требовались сотни новых имамов. Действующие в республике медресе не могли полностью решить проблему подготовки новых кадров, поэтому было принято решение вернуть Казани утерянный статус центра исламского просвещения и открыть в ней исламский университет всероссийского значения. Эта инициатива, впервые озвученная в 1995 году лидерами ИКЦ России, быстро воплотилась в жизнь и уже 29 сентября 2000 года состоялась презентация Российского исламского университет та, претендовавшего на роль отечественного «Аль-Азхара».