По итогам съезда Региональное ДУМ Татарстана юрисдикции ЦДУМ было присоединено к ДУМ РТ, а председателем единого муфтията стал первый заместитель Галиуллина Гусман Исхаков. Тем не менее полностью преодолеть раскол татарстанской уммы удалось лишь на первом пленуме ДУМ РТ, который прошел в Казани 18 марта 1998 года. Муфтии Габдулла Галиуллин и Фарид Салман Хайдаров, ранее обвинявшие правительство республики в пристрастном подборе делегатов съезда и фальсификации его результатов, все-таки согласились признать легитимность муфтия Гусмана Ихакова и заняли предложенные им посты в аппарате объединенного муфтията.
4. Объединение усилий Межрегионального ДУМ Сибири и Дальнего Востока и Союза мусульман России – совместные акции и их последствия
На первую половину 1998 года пришелся расцвет деятельности ДУМСДВ и дружественного ему Союзу мусульман России. Неудача на парламентских выборах 1995 года ничуть не смутила руководство этой партии, тем более что ее генеральный секретарь Надиршах Хачилаев в декабре 1996 года был избран депутатом Государственной Думы. Обретенная депутатская неприкосновенность сподвигла Хачилаева на ряд рискованных шагов, самые пагубные последствия из которых имело приглашение в Россию лидера американской исламистской организации «Нация ислама» Луиса Фаррахана. 29 января 1998 года при активном участии верховного муфтия Нафигуллы Аширова и Надиршаха Хачилаева Луис Фаррахан начал свое трехдневное турне по российским городам, последовательно посетив Москву, Тюмень и Махачкалу. В дагестанской столице он по просьбе Хачилаева принял участие в митинге противников действующего мэра Махачкалы Саида Амирова, где сделал немало резких заявлений в его отношении. После такого демарша Фаррахан был немедленно выдворен из России, а Надиршах Хачилаев окончательно поссорился с дагестанскими властями. В мае 1998 года вялотекущий конфликт Хачилаева и председателя Госсовета Республики Дагестан Магомедали Магот медова перешел в активную фазу. 20-21 мая 1998 года братья Надиршах и Магомед Хачилаевы спровоцировали в Махачкале масштабные антиправительственные выступления, в ходе которых их сторонники захватили Дом правительства и убили нескольких милиционеров. Формальным поводом для этого послужило личное оскорбление, нанесенное Хачилаеву каким-то сотрудником республиканского МВД.
Ответные меры в отношении мятежного депутата последовали незамедлительно. Дагестанские власти быстро восстановили контроль над ситуацией и арестовали наиболее активных мятежников. Братьям Хачилаевым, правда, удалось скрыться в селениях Кадарского анклава, однако судьба их была предрешена. Через несколько дней Министерство юстиции РФ объявило о ликвидации Союза мусульман России как юридического лица, а 18 сентября 1998 года Государственная Дума сняла депутатскую неприкосновенность с Надиршаха Хачилаева, обвиненного в организации массовых беспорядков. Из мусульманских лидеров поддержку ему оказали только Аширов и Ниязов, созвавшие экстренную пресс-конференцию и возложившие всю вину за случившееся на правительство Дагестана. Ликвидация Союза мусульман не слишком ослабила позиции Нафигуллы Аширова и Абдул-Вахеда Ниязова. Помимо тесных связей с Хачилаевым, они пользовались протекцией и другого влиятельного дагестанца – вице-премьера российского правительства Рамазана Абдулатипова, который оказал им немалое содействие в «восточной экспансии», Чтобы восполнить образовавшийся после хачилаевского мятежа пробел в политической сфере, Абдул-Вахед Ниязов в конце 1998 года учредил новое общероссийское политическое общественное движение, названное в честь радикальной турецкой партии «Рефахом» («Благоденствием»). Программа «Рефаха» дословно повторяла программу Союза мусульман России, а его актив составили уцелевшие функционеры Союза. Официальным лидером «Рефаха» стал близкий соратник Абдул-Вахеда Ниязова Ринат Каримов, однако реальной властью он никогда не обладал.
В ноябре 1998 года в Омске прошла вторая конференция Межрегионального духовного управления мусульман Сибири и Дальнего Востока (МДУМСДВ). МДУМСДВ было преобразовано в ДУМ Азиатской части России (ДУМАЧР) и в декабре прошло регистрацию в Министерстве юстиции. Оно стало первой мусульманской централизованной структурой, зарегистрированной по новому Федеральному закону «О свободе совести и о религиозных объединениях». Ноябрьская конференция позволила верховному муфтию Нафигулле Аширову создать мощный плацдарм в Омске, где его поддержали несколько оппозиционных муфтию Зулькарнаю Шакирзянову общин.