Полевые исследования. В связи с недостаточной надежностью большинства источников информации по рассматриваемым вопросам ключевую роль в сборе достоверных сведений сыграли полевые исследования. В период с сентября 1998 по июль 2006 года автор провел такие исследования в 71 субъекте Российской Федерации: Республиках Адыгея, Алтай, Башкортостан, Бурятия, Дагестан, Ингушетия, Кабардино-Балкария, Калмыкия, Карачаево-Черкесия, Карелия, Коми, Марий Эл, Мордовия, Северная Осетия–Алания, Татарстан, Тыва, Хакасия, Чечня; Алтайском, Краснодарском, Красноярском, Приморском, Ставропольском и Хабаровском краях, Астраханской, Амурской, Архангельской, Белгородской, Брянской, Владимирской, Вологодской, Волгоградской, Воронежской, Ивановской, Иркутской, Калининградской, Калужской, Кемеровской, Костромской, Курганской, Курской, Ленинградской, Липецкой, Мурманской, Московской, Нижегородской, Новосибирской, Омской, Оренбургской, Орловской, Пензенской, Пермской, Самарской, Саратовской, Свердловской, Смоленской, Тамбовской, Томской, Тюменской, Челябинской, Тюменской, Ульяновской, Челябинской, Читинской и Ярославской областях, Агинском Бурятском, Усть-Ордынском Бурятском и Коми-Пермяцком автономных округах, Москве и Санкт-Петербурге. В ходе исследований было опрошено более 700 информаторов, преимущественно мусульманских лидеров, сотрудников региональных администраций и правоохранительных органов, ученых и журналистов.
Архивные данные. Другим важным источником достоверной информации стали архивы мусульманских централизованных организаций, государственных структур, научно-исследовательских центров. Наиболее детальная работа была проведена в архивах Совета муфтиев России, Центрального духовного управления мусульман России, Регионального духовного управления мусульман Пермской области, Духовного управления мусульман Нижнего Новгорода и Нижегородской области, Казанского муфтията, Духовного управления мусульман Кабардино-Балкарской Республики, Духовного центра мусульман Республики Ингушетия, Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата, Министерства РФ по делам Федерации, национальной и миграционной политики (ныне расформированного), Совета по делам религий при Кабинете Министров Республики Дагестан, Совета по делам религий при Кабинете министров Республики Татарстан, Комитета по делам религий Республики Башкортостан, Отдела по связям с религиозными организациями Администрации Челябинской области, Отдела по связям с религиозными организациями Администрации Астраханской области и Комитета по национальной и религиозной политике Тюменской области.
К сожалению, изученные архивы не являются систематизированными и общедоступными, поэтому большинство необходимых для написания работы материалов было скопировано и в настоящий момент хранится в личном архиве автора.
Монографии и сборники статей. Основными в этой категории использованных материалов стали работы С.Б. Филатова, объединенные в «Атлас современной религиозной жизни России» (М., 2005), книги А.В. Малашенко «Исламское возрождение в современной России» (М., 1998) и «Исламские ориентиры Северного Кавказа» (М., 2001), статьи из тематических сборников, подготовленных Московским центром Карнеги, а также посвященные религиозной тематике комплексные справочные издания.
Упомянутые материалы позволили достоверно охарактеризовать основные этапы истории мусульманского сообщества России до 1989 года. Наряду с работами А.В. Малашенко наиболее значимыми в этом отношении стали труды Р.Г. Ланды «Ислам в истории России» М., 1995) и А.Б. Юнусовой «Ислам в Башкортостане» (Уфа, 1999). Определенные аспекты досоветской истории российского ислама корректно освещены в энциклопедии «Ислам на территории бывшей Российской империи» (М, 1998-1999) и ряде других трудов. Тему раскола российской уммы затрагивают только монография А.В. Малашенко «Исламское возрождение в современной России» (М., 1997) и «Атлас современной религиозной жизни России». Частично она рассматривается также в фундаментальных работах А.Б.Юнусовой «Ислам в Башкортостане» (Уфа, 1997), Л.Ю. Браславского «Ислам в Чувашии» (Чебоксары, 1997) и Валиуллы Якупова «Ислам в Татарстане в 1990-е годы» (Казань, 2005), однако эти исследования посвящены конкретным региональным мусульманским сообществам и мало затрагивают общий ход дезинтеграционных процессов. Проблемы радикального и политического ислама в России удачно отражены в работах российского исламоведа И.П. Добаева. В целом же наибольшей научной ценностью, по мнению автора, обладают работы А.Б. Юнусовой, В. Якупова, С.Б. Филатова, Р.Г. Ланды и И.П. Добаева.