Вскоре под его эгидой были образованы Региональное ДУМ Ульяновска и Ульяновской области и ДУМ Оренбургской области – Бугурусланский муфтият, которые возглавили соответственно муфтии Тагир и Исмаил Шангареевы. Новые муфтияты немедленно вступили в борьбу с лояльными ДУМЕС общинами, чем привнесли раскол в региональные уммы Ульяновской и Оренбургской областей. 6 марта новый устав ДУМЕС, принятый на VI чрезвычайном съезде, был зарегистрирован в Министерстве юстиции. С этого момента ДУМЕС официально стало именоваться Центральным духовным управлением мусульман России и Европейских стран СНГ (ЦДУМ), а его председатель Талгат Таджуддин получил пожизненный титул верховного муфтия. 3 мая, согласно новым положениям устава ЦДУМ, было принято решение о преобразовании большинства мухтасибатов ЦДУМ в региональные духовные управления мусульман (РДУМ) и присвоении их главам духовного звания «муфтий». (Реформа не затронула только башкортостанские мухтасибаты ЦДУМ, а татарстанские Казанский и Зеленодольский мухтасибаты были объединены и преобразованы в Региональное ДУМ Татарстана с центром в Зеленодольске.) Такая реформа намечалась еще в 1992 году и была призвана уравнять по статусу региональные подразделения ЦДУМ с муфтиятами – членами ВКЦДУМР, которые нередко пользовались преимуществом только по причине более высоких титулов своих председателей. На начало осени 1994 года пришлось новое обострение отношений между ДУМ РБ и ЦДУМ. 21 сентября на III съезде ДУМ РБ были вновь озвучены претензии этой структуры на недвижимое имущество ЦДУМ. На этот раз сторонники Нурмахаммада Нигматуллина оказались настроены более решительно, что подтвердило и МВД Республики Башкортостан, за пять дней до съезда сообщившее Талгату Таджуддину о готовящемся захвате его резиденции. Верховный муфтий призвал своих сторонников прибыть в Уфу для своей защиты и разослал всем дружественным ЦДУМ организациям телеграммы с просьбой о помощи.
В действительности же более опасной для ЦДУМ оказалась не внешняя, а внутренняя угроза. 27 октября по инициативе ответственного секретаря ЦДУМ Замира Хайруллина и ряда его соратников, по традиции названных «инициативной группой», на частной квартире был созван Чрезвычайный расширенный пленум ЦДУМ, который сместил с занимаемого поста председателя ЦДУМ верховного муфтия Талгата Таджуддина и определил дату VII чрезвычайного съезда ЦДУМ. Исполняющим обязанности муфтия был избран Замир Хайруллин. 1 ноября сторонники Хайруллина провели в Уфе съезд, названный ими VII чрезвычайным съездом ЦДУМ. Для его созыва они воспользовались своим служебным положением, разослав приглашеняи на бланках ЦДУМ, что позволило собрать достаточное для кворума количество делегатов.
Чрезвычайный съезд избрал новым председателем ЦДУМ Замира Хайруллина и внес существенные изменения в устав ЦДУМ, в частности, исключив из него пункт о пожизненном звании верховного муфтия. Ситуация, сложившаяся после этого съезда, оказалась для председателя ЦДУМ значительно более опасной, нежели всплеск центробежных устремлений двухлетней давности.
Впервые была оспорена его легитимность как председателя ЦДУМ, причем оспорена в результате внутреннего переворота и с соблюдением большинства необходимых формальностей. Характерно также, что решения чрезвычайного съезда горячо приветствовали сторонники ДУМ РБ и всего ВКЦДУМР, выразившие желание при необходимости поддержать «инициативную группу» не только морально, но и физически.
В столь, казалось бы, безнадежной ситуации Таджуддина спасла позиция региональных муфтиев ЦДУМ, подавляющее большинство которых не приняло участие в съезде («инициативную группу» поддержал лишь самарский муфтий Вагиз Яруллин) и не признало его результатов. Таджуддин сумел собрать всероссийский меджлис членов президиума, совета улемов и ревизионной комиссии ЦДУМ, который денонсировал решения чрезвычайного съезда и призвал верующих сохранять спокойствие. После этого баланс сил стал постепенно выравниваться.
Сторонникам верховного муфтия удалось удержать комплекс зданий центрального аппарата, однако счета ЦДУМ оказались либо заморожены, либо перерегистрированы на имя Замира Хайруллина. Самые верные Талгату Таджуддину муфтии направили отряды добровольцев для обороны его резиденции, начала мобилизацию бойцов и другая сторона.
