Помимо миротворческой составляющей межрелигиозный диалог был весьма востребован и в других сферах – например, законодательной, поэтому начиная с 1990 года сотрудничество между Русской Православной Церковью и ведущими центрами других традиционных религий стало приобретать регулярный характер. В 1991 году в ходе консультаций было принято принципиальное решение создать постоянно действующий межрелигиозный орган, однако начавшийся раскол российской уммы не позволил реализовать эту инициативу.
В течение последующих лет православная сторона, выступавшая главным инициатором создания Межрелигиозного совета России, терпеливо ждала, когда ситуация в российском исламе, наконец, нормализуется. После семи лет ожидания было принято решение воспроизвести в Межрелигиозном совете России схему президентского Совета по взаимодействию с религиозными объединениями и пригласить в него сразу двух мусульманских лидеров: верховного муфтия Талгата Таджуддина и муфтия Равиля Гайнутдина.
Действительно, существовала вполне оправданная надежда, что два уважаемых духовных лидера не будут переносить свою вражду в сферу межрелигиозного диалога и смогут принимать совместные решения. Между тем муфтий Равиль Гайнутдин имел свою точку зрения на эту проблему. 23 декабря 1998 года в Москве состоялось учредительное заседание Межрелигиозного совета России (МСР), на котором были выбраны пять членов его президиума: митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, верховный муфтий Талгат Таджуддин, муфтий Равиль Гайнутдин, главный раввин России Адольф Шаевич и глава Буддийской традиционной сангхи России пандито хамбо-лама Дамба Аюшев. Около года МСР работал нормально, однако на его третьем заседании, состоявшемся 22 марта 2000 года в Мемориальной синагоге на Поклонной горе, произошел серьезный скандал.
При обсуждении одного из вопросов между представительной делегацией ЦДУМ и муфтием Равилем Гайнутдином начался резкий спор, в ходе которого председателю Совета муфтиев деликатно напомнили, что предавать своего учителя очень нехорошо. Ответить на этот упрек было нечем, поэтому оскорбленный Равиль Гайнутдин покинул заседание, и вскоре его позиция по этому вопросу была приведена в «Мусульманской газете» Вячеслава-Али Полосина, опубликовавшей статью «Кому выгоден раскол мусульман?». Главная мысль этой статьи заключалась в том, что у мусульман России есть один законный лидер – Равиль Гайнутдин, поэтому Православная Церковь поступила провокационно, позвав в МСР также «запыленную фигуру прошлого» – верховного муфтия Талгата Таджуддина. «А кому вообще было нужно приглашать «альтернативное» Совету муфтиев России уфимское центральное духовное управление? Как отреагировал бы сам митрополит, если бы, придя на заседание МСР, он увидел бы рядом с собой анафематствованного им священника Глеба Якунина, киевского патриарха, епископов зарубежной и катакомбной церквей? Имеет ли сам митрополит полномочия представлять интересы самой древней христианской церкви в России – старообрядческой?» – вопрошал автор статьи. В личных беседах представители Совета муфтиев России еще дальше развили данную мысль, пообещав назло Церкви и ЦДУМ начать диалог с «Богородичным центром», пятидесятниками и кришнаитами.
В свою очередь, митрополит Кирилл прояснил позицию Церкви по отношению к исламу в интервью «Независимой газете», в котором подтвердил ее желание сотрудничать со всеми лидерами многополярной российской уммы, причем в первую очередь – с Талгатом Таджуддином и муфтием Чечни Ахмадом Кадыровым. «Конечно, Церковь могла бы выбрать для диалога какую-нибудь одну мусульманскую структуру, тем более что она уже имеет давних и надежных партнеров в исламской умме, контакты с которыми сложились еще в трудное для всех религий время господства воинствующего безбожия. Однако мы предпочитаем сотрудничать со всеми заинтересованными сторонами вне зависимости от их размера и влияния», – заявил он. После инцидента в синагоге представители Совета муфтиев почти два года не посещали заседания МСР, однако на его работе это никак не сказалось. Более того, в конце 2001 года в президиум МСР вошел председатель КЦМСК муфтий Магомед Албогачиев, которого совсем не смущало соседство с верховным муфтием Талгатом Таджуддином.
