Это фундаментальная нестыковка и подмена, лежащая в основе ложного выведения христианства из Торы, определяет и практическую сторону конфликта» – так, например, излагал салафитское понимание христианства «шиитский мыслитель» Гейдар Джемаль. Распространение салафизма вызвало серьезные внутренние конфликты в целом ряде стран, в некоторых случаях спровоцировавшие гражданские войны. Наиболее уязвимыми перед ваххабизмом оказались исламские сообщества с низким уровнем религиозной грамотности. В то же время Советский Союз, считавшийся одной из первоочередных целей «экспортной программы», долгое время был защищен от ее эмиссаров «железным занавесом» и его спецслужбы отмечали лишь единичные всплески экстремизма среди мусульман. Ситуация кардинально изменилась в конце 80-х годов, когда перестройка ослабила внешние границы страны и на ее территорию через Афганистан проникли первые ваххабитские амиры, основавшие свои ячейки в Таджикистане и Ферганской долине. Комитет государственной безопасности, доживавший последнюю пятилетку, уже не имел возможностей завершить кампанию по локализации этого течения, и в 1989 году ваххабиты появились на Северном Кавказе. Развитие «чистого ислама» шло исключительно быстрыми темпами. Уже в 1990 году возникла проваххабитская Исламская партия возрождения, вокруг которой собрались наиболее радикальные мусульманские деятели, а в Таджикистане и Узбекистане тогда же были зафиксированы первые столкновения между ваххабитами и традиционалистами. До 1994 года приоритетным регионом для функционеров «экспортной программы» являлась Средняя Азия, однако и в России их деятельность приносила ощутимые результаты. В 1991 году саудовские благотворительные фонды предложили «бескорыстную» помощь ДУМЕС, однако их сотрудничество с этой структурой продлилось недолго. Через год муфтий Талгат Таджуддин отказался иметь какиелибо дела с арабскими «благотворителями», и они стали искать новых партнеров, появлению которых весьма поспособствовал раскол ДУМЕС.
Особое внимание зарубежные фонды уделяли образовательным программам, призванным воспитать радикальных имамов и сформировать из них новую генерацию духовных лидеров. С 1989 года молодые мусульмане из республик Северного Кавказа, а впоследствии и из других российских регионов, сотнями отправлялись на учебу в зарубежные медресе в рамках арабских и турецких программ содействия возрождению российского ислама. Мусульманские централизованные структуры, испытывая острую потребность в образованном духовенстве, поддерживали такую практику, обычно выбирая учебные заведения, оплачивавшие своим студентам проезд, учебу, питание и проживание. В итоге большинство молодых людей попали в центры идеологической, а в некоторых случаях и комплексной подготовки «бойцов джихада». Некоторые из них не поддались на навязчивую агитацию и сохранили свои прежние убеждения, однако большинство согласилось на роль миссионеров «чистого» ислама. К середине 90-х годов сотни образованных и амбициозных радикалов начали возвращаться в Россию, формируя костяк салафитского движения. Сходные процессы шли и в самой России. ДУМ РТ, Региональное ДУМ Ульяновска и Ульяновской области, ДУМ Оренбургской области – Бугурусланский муфтият открыли собственные медресе, преподавание в которых осуществляли в основном арабы с сомнительной репутацией. В 1993 и 1995 годах были основаны медресе «Йолдыз» в Набережных Челнах и «Аль-Фуркан» в Бугуруслане, получившие печальную известность осенью 1999 года. С 1995 года в Дагестане и Чечне стали создаваться лагеря по комплексной (боевой и идеологической) подготовке боевиков, вербовавшие людей по всей стране. Расцвет их деятельности пришелся на 1997-1999 гг., когда ставшая фактически независимой Чечня попала под контроль исламских радикалов.
Миссионерская работа проводилась и среди действующего мусульманского духовенства. В первой половине 90-х годов многие муфтии и имамы были приглашены в страны Ближнего Востока, где им предложили весьма выгодное в финансовом плане сотрудничество. Некоторые из них согласились, что позволило ваххабитам значительно ускорить свою экспансию. Особое внимание уделялось также прозелитизму среди этнических христиан, которым отводилась роль наиболее надежного и боеспособного звена первичных ячеек-джамаатов. Прямая вербовка сторонников дублировалась кампанией по изданию многомиллионными тиражами и преимущественно бесплатного распространения экстремистской литературы. Особенно в этом деле преуспели фонд «Ибрагим бин Абдулазиз Аль Ибрагим» и издательство «Бадр», выпустившие десятки книг, интерпретирующие ислам с точки зрения салафизма. Подобные книги издавались под эгидой ВКЦДУМР, ДУМ РТ и ряда других духовных управлений. В целом работа зарубежных фондов осуществлялась по всем правилам ведения крупномасштабных идеологических диверсий. Исламовед Александр Акпадшахов в своей статье «Ваххабиты – джихад против России» весьма точно охарактеризовал методику деятельности ваххабитов, выделив в ней 8 основных этапов:
