Затянувшийся конфликт между Талгатом Таджуддином и альянсом его недругов нанес серьезный урон всему традиционному исламу России и позволил набрать силу сторонникам ваххабизма и экспансионистского суфизма, который вообще выступали против любого «официального» исламского духовенства. К сожалению, в разжигании этой ссоры сыграли свою роль СМИ, рассматривавшие ее как постоянный источник сенсационных материалов. Стоит ли говорить, что простые мусульмане оказались немало смущены и деморализованы непрекращающимися диффамационными кампаниями против своих духовных лидеров.
Помимо конфликтов Талгата Таджуддина с членами «инициативной группы» Нафигуллы Аширова и Равилем Гайнутдином, следует упомянуть несколько менее заметных столкновений на личной почве, также негативно отразившихся на единстве российской уммы.
В апреле 1991 года при поддержке посольства Саудовской Аравии в Москве был создан Исламский культурный центр, во главе которого стал молодой мусульманский активист Вадим Медведев, впоследствии известный как АбдулВахед Ниязов. Довольно быстро Медведев смог получить некоторый авторитет в мусульманских кругах столицы и решился на дерзкий шаг – воспользовавшись командировкой имам-мухтасиба Московского мухтасибата ДУМЕС Равиля Гайнутдина, он попытался узурпировать его полномочия, однако не нашел поддержки верующих и был с позором изгнан из московской Соборной мечети. После этого Исламский культурный центр претерпел раскол на Исламский культурный центр России (ИКЦ России) и Исламский культурный центр Москвы и Московской области, а отношения Вадима Медведева и Равиля Гайнутдина надолго испортились.
При расколе ДУМЕС Медведев-Ниязов занял сторону оппонентов муфтия Талгата Таджуддина и сблизился с Нафигуллой Ашировым, который стал помогать ему в борьбе против Равиля Гайнутдина. Эта борьба до 1995 года носила вялотекущий характер, однако после создания по инициативе Ниязова Союза мусульман России резко обострилась. Политические инициативы генерального директора ИКЦ России были осуждены муфтием Равилем Гайнутдином и его соратниками, которые в июне 1995 года разослали во все заинтересованные инстанции специальное письмо. В этом письме они выражали озабоченность «крайне негативным воздействием Исламского культурного центра России (ИКЦР) на религиозную жизнь мусульманской общины России» и обвиняли его генерального директора «в неблаговидной деятельности, различного рода махинациях и закулисных интригах». В свою очередь, Абдул-Вахед Ниязов пытался всячески скомпрометировать Равиля Гайнутдина и вторично оспорить его полномочия. Его соратник Нафигулла Аширов обвинил московского муфтия в «узурпации власти, противопоставлению себя большинству мусульманских лидеров и пренебрежении их мнением». К этому времени конфликт между Ниязовым и Гайнутдином приобрел дополнительные измерения, однако их личная неприязнь по-прежнему играла в нем главную роль. В конце октября 1996 года новообразованный Совет муфтиев России выступил со специальным заявлением «О так называемых «исламских» партиях и «мусульманских» общественно-политических движениях», в котором окончательно развенчал все попытки Ниязова использовать религиозные чувства мусульман в корыстных политических целях. К этому времени стало ясно, что изрядно скомпрометированный ИКЦР и слабеющий ВКЦДУМР не могут рассчитывать на победу в противостоянии с набирающей силу структурой Равиля Гайнутдина, поэтому их лидеры стали искать пути примирения.
В начале 1997 года Абдул-Вахед Ниязов и Нафигулла Аширов признали авторитет Совета муфтиев России и попросили его поддержки в создании ДУМАЧР. Впоследствии они примирились с муфтием Равилем Гайнутдином и стали его союзниками, однако довольно автономными и непредсказуемыми.
Впрочем, примирение Равиля Гайнутдина с лидерами ИКЦР и ВКЦДУМР происходило на фоне его серьезной ссоры с председателем ДУМ Сибири, мишарским бизнесменом Ряшитом Баязитовым. Поводом для нового конфликта стала резкая дискуссия относительно права собственности на две новые мечети, построенные Баязитовым в московском районе Отрадное. Равиль Гайнутдин настаивал на том, чтобы эти мечети были переданы ДУМЕР, в то время как Баязитов хотел сохранить над ними полный контроль.
