Мирзояна зверски избивали, от ударов по голове у него были повреждены барабанные перепонки, так что он едва слышал. По нескольку дней его держали на допросах стоя. Следователи менялись, а он продолжал стоять, ноги распухали, и он падал, теряя сознание. Тогда его обливали водой, приводили в сознание, а затем опять продолжались избиения, издевательства и пытки. Наконец, не выдержав пыток и решив скорее умереть, Мирзоян подписал то, что от него требовали.
Через несколько дней его снова вызвали на допрос, и он был поражен, увидев Берию, окруженного совершенно новыми следователями. В свите Берии были Кобулов, Владзимирский и ряд других. Мирзоян знал Берию по прошлой работе в Закавказье, где они не ладили между собой, однако Мирзоян в первое мгновение (так же, как и я) порадовался, увидев Берию, так как надеялся через него дать знать о себе Сталину и добиться правды. Поэтому он сразу же стал рассказывать Берии, что его страшно пытали и все подписанное им является ложью.
— Мы давно знали, что ты старый шпион, провокатор и мусаватист, — ответил Берия. — Так же как знаем твою грязную роль в расстреле двадцати шести бакинских комиссаров. Поэтому нечего выкручиваться, а не то снова будем бить!
— Чему угодно я могу поверить, Лаврентий, — забыв, что он подследственный, сказал Мирзоян, — но только не тому, что ты веришь в то, что говоришь!
— Какой я тебе Лаврентий, мерзавец! — крикнул Берия. — Обращайся, как полагается преступникам, а если ты забыл, как надо обращаться, тебе поможет Богдан.
Обернувшись к Кобулову, распорядился:
— Продолжайте допрос! — и вышел из кабинета. Ко булов набросился на Мирзояна с оскорблениями и побоями. Кобулову помогали человек пять здоровенных парней, которые били Мирзояна резиновыми палками, причем, зная, что у него больные почки, нарочно били по пояснице и другим самым уязвимым местам. Снимали с него ботинки и били по голым пяткам. (Это, кстати сказать, был один из новых методов избиения, введенный Берией, видимо, заимствованный из китайской практики. Удары по пяткам вызывали острую боль и не оставляли никаких следов.) Несколько раз вызывали какого-то подлеца врача, который, проверив пульс, цинично заявлял: «Можно про должать!»— и уходил.
Со дня прихода в НКВД Берии Мирзояна допрашивали почти ежедневно. Несколько раз на допросах присутствовал Берия и лично избивал его. На одном из допросов Берия потребовал, чтобы Мирзоян рассказал, как им были завербованы в террористическую организацию его шурин Тевосян, в то время член ЦК ВКП(б), и бывший уполномоченный ЦКК по Казахстану Москатов. Мирзоян долго сопротивлялся, но, будучи доведен побоями и пытками до отчаяния, подписал показания против Тевосяна и Москатова, а также и все ранее данные ложные показания.
После этого его на некоторое время оставили в покое, а затем снова вызвали на допрос, и Кобулов, а также и сам Берия начали орать на него:
— Ты провокатор! Почему ты оклеветал честных людей? Зачем ты, сволочь, оговорил Тевосяна и Москатова? Напиши, что ты их сознательно оклеветал!
На первых порах Мирзоян не хотел отказываться от показаний на Тевосяна и Москатова, боясь новой провокации, но его опять побоями и пытками принудили подписать отказ.
Мирзоян предполагал, что, когда о полученных показаниях на наркомцветмета Тевосяна доложили Сталину, тот, видимо, не дал санкции на арест. Ведь Тевосян в то время являлся незаменимым специалистом и руководителем металлургической промышленности, к тому же был выдвиженцем самого Сталина. Что касается Москатова, то Мирзоян предполагал, что тут сыграло роль то, что его фамилия упоминалась вместе с Тевосяном, да и к тому времени в органах КПК, кроме Шкирятова и Москатова, почти никого из старых работников не осталось, а эти двое вполне устраивали Сталина: оба всемерно помогали сначала Ежову, а теперь Берии «разоблачать» так называемых «врагов народа».
Когда Мирзоян подписал новые «выбитые» у него показания, что он умышленно оклеветал Тевосяна и Москатова, Берия заявил ему:
— Скоро приедут из Политбюро. Ты должен им рассказать, как оклеветал Тевосяна и Москатова, и признаться во всех своих шпионских и контрреволюционных действиях. Учти, если будешь фокусничать, мы с тебя шкуру снимем! Ведь ты не дурак? Сам понимаешь: они уедут, а ты останешься с нами.