Вопросы, предложенные Новикову вместе с его письменными ответами, были препровождены в Петербург.
Кроме мартовского указа Брюсу о том, как поступать с книгами, отпечатанными у Новикова в университетской книжной лавке, у него были отобраны экземпляры шести запрещенных сочинений, уложены в короба, запечатаны и оставлены в его кладовой, причем с него была взята подписка о том, что он ни перепечатывать, ни продавать эти издания не будет. Тут Новиков сделал опять оплошность, много ему впоследствии повредившую. Производя у него в лавке обыск, губернский прокурор не догадался осмотреть книжный склад, где хранились между прочим и экземпляры сочинений, изъятых из продажи. Новиков же не только не заявил о них, но через некоторое время с ведома своих компаньонов сдал их на хранение книгопродавцу Кольчугину, который стал рассылать их по ярмаркам и продавать.
После всех случившихся неприятностей Новиков и товарищи его увидели очень ясно, что императрица сильно настроена против них и что дальнейшую деятельность надо продолжать очень осторожно. К этому времени “Типографическая компания” сосредоточивала уже в своих руках все дела как печатные и издательские в узком смысле слова, так и те, ведение которых принадлежало прежде “Дружескому ученому обществу”. Преследуя одни и те же цели и имея одних и тех же членов, “Типографическая компания” с самого своего возникновения постепенно сливалась с “Дружеским обществом”, пока наконец последнее не исчезло совершенно как нечто отдельное и независимое. В то же время благодаря отчасти внешним неблагоприятным обстоятельствам, а отчасти ухудшению материальных средств компании семинарии переводческая и педагогическая едва ли не были закрыты, а число питомцев при университете уменьшилось до пятнадцати человек. Однако компания продолжала еще посылать молодых людей учиться за границу. Так, в 1786 году за ее счет поехал учиться медицине молодой Багрянский.
В этом году, вероятно вследствие негласного распоряжения правительства, были уничтожены все масонские ложи в Москве, и собрания в них прекратились. Событие это не имело особенно важного значения для мартинистов, потому что масонские ложи еще до закрытия были уже редко посещаемы в то время не только второстепенными, но и главными масонами. Это не мешало последним быть, однако, ревностными розенкрейцерами. О розенкрейцерстве, существование которого было тогда тайной, никто не догадывался, и распоряжение о закрытии лож нисколько его не касалось. Однако члены этого кружка старались замкнуться еще больше и даже прекратили сношения со многими влиятельными масонами, не бывшими в то же время розенкрейцерами. В это время орден их существовал в Москве под начальством барона Шредера.
В июне 1786 года случилось событие, давшее возможность Новикову и его кружку хоть на время вздохнуть спокойнее. Событием этим была отставка Брюса. На его место назначен был Еропкин, человек чрезвычайно энергичный, но вместе с тем добрый и благородный. В Москве он пользовался громадным уважением после того, как в 1771 году во время чумы добровольно принял бразды правления и успокоил этот брошенный на произвол судьбы город. Еропкин не был враждебно настроен против мартинистов и если что-нибудь предпринимал против них, то по приказанию, а не по своей инициативе. Успокоенные с этой стороны розенкрейцеры скоро почувствовали, однако, снова беспокойство благодаря другого рода обстоятельствам, складывавшимся для них неблагоприятно. В августе 1786 года умер Фридрих Великий и на прусский престол взошел Фридрих Вильгельм, человек бесхарактерный, относившийся враждебно к России под влиянием своего министра Герцберга. Король этот был ревностным масоном. Он приблизил к себе главу берлинского масонства, Вельнера, и сделал его впоследствии министром духовных дел. Наши розенкрейцеры приняли розенкрейцерство через Шварца от Вельнера и считались под его начальством. Теперь они оказались, таким образом, под начальством лица, приближенного к монарху враждебной нам державы.
В конце этого года барон Шредер заявил московским розенкрейцерам, что вследствие усилившихся происков иллюминатов он получил из Берлина приказание наложить на орден