Произвело большую сенсацию и сообщение МВД в начале апреля о реабилитации «врачей-сионистов», арестованных по распоряжению Сталина, и о восстановлении в стране социалистической законности. Виновный в организации «дела врачей» Рюмин был быстро осужден и расстрелян. Большинство людей восприняло это с огромным энтузиазмом, как начало массовой реабилитации политических заключенных. Берия провел несколько частных реабилитаций, в основном родственников высших руководителей, например жены В. Молотова Жемчужиной – Молотовой. Она прямо из лагеря была привезена в Москву, где ее встречал сам Берия вместе с Молотовым. Но, наряду с ликвидацией «дела врачей», Берия объявил и об освобождении и реабилитации бывшего министра МГБ Абакумова, министра МГБ Грузии Рухадзе и ряда других своих близких друзей, которые сразу же получили ответственные посты в новой системе МВД. Политическая ответственность за «дело врачей» была возложена на С. Д. Игнатьева, бывшего министра МГБ, друга Маленкова, и занимавшего после смерти Сталина пост секретаря ЦК КПСС.
Однако ЦК КПСС, обсудив все эти реабилитации, принял и опубликовал 10 апреля решение «О нарушении законов органами государственной безопасности», которое косвенно было направлено и против Берии, ибо нарушения законов со стороны МГБ, конечно, не ограничивались только «делом врачей». Кроме того, даже частные реабилитации родственников высших партийных и государственных чиновников (в первые месяцы после смерти Сталина было несколько сотен таких реабилитаций) быстро меняли отношение в ЦК КПСС к существовавшей проблеме концентрационных лагерей, в которых томились миллионы невиновных людей, жертв террора. В то же время давление со стороны населения на МВД быстро росло. Миллионы людей писали заявления в МВД и ЦК КПСС, в Президиум Верховного Совета СССР и требовали реабилитации своих родственников. Рассмотрение этой проблемы в ЦК КПСС в ее полном объеме грозило стать гибельным для Берии. Поэтому ему нужно было торопиться с организацией заговора. Но в ЦК КПСС уже готовился противоположный заговор против него самого, так как и Хрущев и многие другие члены руководства страны понимали опасность концентрации в руках Берии столь большой власти. Г. Маленков также вынужден был примкнуть к этому заговору, во главе которого стоял Хрущев, поддержанный военными и прежде всего маршалом Г. К. Жуковым.
Заговор против Берии, а в нем участвовало большинство членов Президиума ЦК, был тем не менее настолько опасным мероприятием, что при его подготовке ни Хрущев, ни Маленков не могли доверять своим ближайшим сотрудникам, даже шоферам правительственных машин. Однажды, по дороге из дачной резиденции правительства в Кремль Хрущев и Маленков вышли из автомобилей и пошли прогуляться в ближайший лес, чтобы там договориться о деталях заседания Президиума, на котором было решено арестовать Берию.
Подробности устранения Берии описаны самим Хрущевым в его воспоминаниях. Никаких более надежных источников об обстоятельствах этой очень важной операции пока нет.
Иногда появляются сведения о том, что Берия был застрелен маршалами в Кремле во время заседания, но они неверны. Берия был связан, закатан в ковер и с кляпом во рту вывезен из Кремля маршалами Жуковым и Коневым с их охраной. В период следствия он содержался в одной из секретных подземных резиденций Московского военного округа недалеко от столицы. Берию расстреляли после специального суда и вынесения приговора.
В день его ареста была сразу сменена вся охрана Кремля и зданий ЦК КПСС и произведены аресты многих руководителей МВД – ставленников Берии. Армейские части, находившиеся под командованием маршалов Жукова и Конева, окружили и блокировали центральные здания МВД в Москве {1} . В течение нескольких дней были арестованы начальники управлений МВД в большинстве областей и министры МВД в союзных республиках, а также друзья Берии – министр государственного контроля В. Н. Меркулов и Первый секретарь Азербайджана, кандидат в члены Президиума ЦК КПСС М. Багиров.
Юридические и политические последствия ликвидации ядра террористического аппарата, созданного еще Сталиным, были огромными, они определили многие события последующих лет и решения ХХ Съезда КПСС. Арест Берии и ликвидация всей его «мафии» укрепили позиции Хрущева и ослабили позиции Маленкова. Вместо группы Маленкова, Берии, Молотова выдвинулась на первый план группа Хрущева, Булганина, Жукова. Центр принятия основных решений переместился из Совета министров в ЦК КПСС. Но в сознании народа главной фигурой в стране был все еще Маленков, а не Хрущев. Соперничество между ними теперь возникло в сфере экономической политики.