Не исключено, что это стало поводом для ликвидации Вознесенского, однако более вероятно, что его растущая популярность была прежде всего предметом зависти таких деятелей, как Маленков, Каганович, Берия, Молотов и Ворошилов. Назначенный на пост Председателя Госплана СССР в 1937 году Вознесенский был наиболее молодым и образованным членом Политбюро. Во время войны он занял ответственный пост Заместителя Председателя Государственного Комитета обороны, а после войны был назначен Первым Заместителем Председателя Совета министров СССР и, руководя одновременно Госпланом, оказался по существу выше в правительстве, чем Молотов, Каганович, Берия и Ворошилов. Обладая экономической эрудицией и умением аналитически мыслить, Вознесенский после смерти А. Жданова стал наиболее вероятным преемником Сталина в случае его смерти. В начале 1949 года Вознесенский был просто смещен со всех своих постов по указанию Сталина, но для ареста его не существовало еще никаких оснований. После войны уже не было в партии ни «правых», ни «левых» уклонов, ни «троцкистов», и просто так объявить Вознесенского «врагом народа» было также нельзя. Следовало создать какое-то дело. Его-то и организовали Берия и Маленков. Сначала Берия пытался обвинить Вознесенского в «потере» некоторых секретных документов Госплана, арестовал для этого несколько ответственных работников Госплана, чтобы получить от них нужные показания. Однако «сознавшиеся» работники Госплана не смогли доказать одновременно виновности Вознесенского, и его пришлось отпустить, тогда как «сознавшихся» (двух заместителей Председателя Госплана Панова и Купцова и нескольких начальников отделов) осудили.
Через несколько месяцев Берия и Маленков сфабриковали «Ленинградское дело», согласно которому ряд ответственных работников Совета министров РСФСР хотели создать в РСФСР не только уже существовавший Верховный Совет РСФСР и Совет министров РСФСР, но и выделить самостоятельную Коммунистическую партию РСФСР и сделать Москву столицей СССР, а Ленинград – столицей РСФСР. Проекты этого типа действительно обсуждались после войны, но были признаны бюрократическими, а для руководства Советом министров РСФСР дважды создавалось Бюро ЦК КПСС по РСФСР. Но в 1949 году было объявлено в закрытом порядке, что проект большей «Российской автономии» является вредительским, стремящимся ослабить руководящую роль в стране центрального правительства и ЦК КПСС во главе с И. Сталиным. В связи с этим были арестованы секретарь Ленинградского обкома П. С. Попков, секретарь ЦК КПСС А. А. Кузнецов (руководитель обороны Ленинграда), Председатель Совета министров РСФСР М. И. Родионов, а также весь состав Ленинградского обкома КПСС, обкома комсомола и тысячи ответственных партийных и советских работников Ленинграда. Одновременно были арестованы секретари ряда других обкомов РСФСР, а также Николай Вознесенский и его брат А. А. Вознесенский, министр просвещения РСФСР. Специально в связи с этим делом в Уголовный кодекс вернули смертную казнь, отмененную в связи с победой в Отечественной войне, и наиболее ответственные деятели, арестованные по «Ленинградскому делу» были расстреляны. Но тысячи ответственных работников Ленинграда и других областей еще томились в «исправительных» лагерях и тюрьмах, и вопрос о пересмотре их дел был теперь неизбежен. Некоторые из осужденных по «Ленинградскому делу» были освобождены и вызваны в Москву, чтобы дать показания против Берии еще в 1953 году. Бывший министр МГБ Абакумов находился в тюрьме, он был арестован в конце 1952 года Сталиным за отказ начать быстрое расследование по «делу врачей», но Сталин не успел его расстрелять, а Берия не торопился освобождать. После расстрела Берии был начат пересмотр «Ленинградского дела», и Абакумов стал теперь главным обвиняемым. Однако Генеральная прокуратура СССР, естественно, накапливала материалы и показания об участии в организации «Ленинградского дела» и Маленкова, выезжавшего вместе с Берией в Ленинград для руководства «следствием». Суд над Абакумовым и некоторыми другими бывшими работниками МГБ был намечен на декабрь 1954 года. Было очевидно, что все осужденные по «Ленинградскому делу» будут реабилитированы и освобождены. В ЦК КПСС уже готовилось специальное решение по этому делу в связи с приближавшимся судом. Бывший помощник Маленкова в ЦК, М. Андрианов, активно участвовавший в организации «Ленинградского дела» и получивший после этого пост Первого секретаря Ленинградского обкома, был смещен Хрущевым еще в ноябре 1953 года и также находился под следствием. Маленков мог избежать полной дискредитации, как бывший соучастии Берии и Абакумова, только по добровольному согласию Хрущева ценой своей отставки. Практически Маленков ушел с поста Председателя Совета министров СССР уже в конце 1954 года, но официально объявить об этом решили в форме «демократической» процедуры – путем отставки правительства на обычном заседании сессии Верховного Совета СССР в феврале 1955 года. Это в известной степени сохраняло репутацию правительства. Маленков сам объяснил причины своей отставки (недостаточный опыт руководства правительством – партийный аппаратчик) и взял на себя ответственность за плохое руководство сельским хозяйством в 1950–1953 годах. Благодаря добровольной отставке с поста Председателя Совета министров Маленков сохранил за собой пост члена Президиума ЦК КПСС. Но он уже не обладал никакой реальной властью. Формирование Совета министров было поручено Н. Булганину – другу Хрущева еще с тех довоенных времен (1935–1936 годов), когда Хрущев стал Первым секретарем Московского комитета ВКП(б), а Булганин был Председателем исполкома Моссовета. Укрупненные (объединенные в 1953 году) министерства были к этому времени снова раздроблены по отраслям, и из пепла МГБ и МВД возник Комитет Государственной безопасности при Совете министров СССР. Государственные комитеты в это время делились на Комитеты Совета министров и Комитеты при Совете министров. Предлог «при» означал, что это, по существу, межведомственный комитет, реально подчиняющийся ЦК КПСС, а не Совету министров, Совет министров осуществлял лишь финансирование его работы. (Такой же статус имеют Госцензура (Главлит) в форме Комитета по охране государственной тайны в печати при Совете министров СССР, Госкомитет по кинематографии и ряд других.)