Оставшийся без татар Выговский не решился штурмовать Путивль и отошел к Гадячу. Отсюда гетман послал польскому королю трофеи, взятые им (а точнее татарами) под Конотопом: большое знамя и барабаны, чем еще раз подтвердил, кому он служит на самом деле. Все это время в народе росло недовольство расположившимися в Чернигове, Нежине, Прилуках польскими гарнизонами, посланными королем в помощь Выговскому. Малороссийский народ был вынужден снова браться за оружие. Непрерывные бои и столкновения превратили этот некогда цветущий край в пустыню. В некоторых городах стояли польские гарнизоны, в Киеве засел русский гарнизон князя Шереметева, часть городов была подконтрольна вольным атаманам или людям Выговского. Вскоре на Левобережье началось открытое восстание против Выговского. По призыву переяславского полковника Тимофея Цецюры народ расправился с поляками, расположившимися в левобережных городах. Полковники Иван Богун и Михаил Ханенко возглавили всенародное выступление против Выговского. На сторону восставших перешли авторитетнейшие казаки — соратники и родственники Богдана Хмельницкого: Василий Золоторенко и Яков Сомко. Оправившаяся от неудачи под Конотопом армия Трубецкого, не встречая сопротивления, снова вошла в Малороссию.
В Запорожье казаки провозгласили новым гетманом сына Богдана Хмельницкого Юрия. В сентябре под Белой Церковью друг против друга стали два войска — Выговского и Хмельницкого. Казаки обеих армий собрали раду и решительно заявили, что не будут сражаться против Москвы. Выговский, лишившийся последних сторонников, только поспешным бегством спасся от расправы. 17 октября 1659 г. состоялась новая Переяславская рада, о которой сегодня на Украине не вспоминают. Герой Конотопского сражения князь Алексей Трубецкой привел к присяге на верность русскому царю нового малороссийского гетмана Юрия Хмельницкого.
Судьба Выговского (кстати, поляка по происхождению) абсолютно неоспоримо доказала, что народ Малороссии изменять Москве не хотел — он оставался верен решениям Переяславской рады. Без наемников Выговский не правил бы ни единого дня. Оставленный всеми, Выговский в сентябре 1659 года бежал в Польшу, где через пять лет после этого был обвинен своими хозяевами-поляками в измене и расстрелян. Измена Выговского раскрыла Московскому правительству глаза на антагонизм между казачеством, с одной стороны, и крестьянами с мещанами — с другой. Кроме того, пришло понимание, что десятки тысяч человек только называются казаками, а на самом деле они — те же мужики, которых старшина притесняет, как мужиков. Старое казачество не желало знать попавших в реестр после Зборова или Переяслава, новичков отстраняли от управления и «хлебных» должностей. Например, Выговского гетманом выбирала исключительно старшина, а когда на Раду попытались войти простые казаки, то перед ними просто закрыли ворота. Русское правительство поняло, что не старшина удерживает Малороссию под властью Москвы, а простой народ.
Начатая в 1654 году война Москвы с Польшей продолжалась с переменным успехом. Измена Выговского и интриги казацкой старшины вносили элемент недоверия и давали Москве основание сомневаться в своих союзниках, лишали ее возможности вести наступательные операции, как это было в начале войны.
В результате Москва и Варшава заключили в 1667 году в селе Андрусове перемирие, по которому Малороссия делилась на русскую и польскую части. Москва получила Левобережье, а Польша Правобережье, за исключением Киева с ближайшими окрестностями. Обширная область запорожских казаков, согласно Андрусовскому перемирию, оставалась под совместным «наблюдением» Москвы и Польши. Вместо одного гетмана теперь появились отдельно гетман Левобережья, подвластный Москве, и гетман Правобережья, подвластный Польше. Но гетманы не особенно считались с разделением Малороссии, и каждый из них предъявлял права на всю Украину, что вело к бесконечным столкновениям и политическим комбинациям, продолжавшимся еще почти 20 лет.
Юрий Хмельницкий после поражения московских войск под Чудновом на Волыни в 1660 году согласился на мир с Польшей на условиях Гадячского договора и был признан поляками Правобережным гетманом. Вместе с поляками он организовал поход на левый берег Днепра, но потерпел страшное поражение от русских войск и казаков полковника Сомко. По некоторым данным, польско-казацкая армия потеряла только убитыми двадцать тысяч человек. Юрий Хмельницкий утратил остатки своего влияния и в начале 1663 года отрекся от гетманства и постригся в монахи.
