Таким образом, масонство в России стало легальной организацией, что позволило Великой Национальной Французской Ложе, вслед за образованием Великих Лож в Габоне, Кот д’Ивуар, Того и Бенине приступить к созданию подобной организации и в России.
Первая Великая Ложа России (ВАР) была основана Великой Национальной Ложей Франции 24 июня 1995 года. В ее состав вошло 5 законно учрежденных символических мастерских.
На церемонию создания этой уже независимой Великой Ложи приехала большая делегация из Франции: великий мастер Великой Национальной Французской Ложи Клод Шарбонье, З.-А. Петрашевский, русские члены парижских лож А.А. Римский-Корсаков, Н.В. Горчаков, В.В. Успенский, B.C. Шидловский, С.С. Пельтцер, Н.М. Яшвиль, К.Н. Котляров и другие. Последний из упомянутых для этой торжественной церемонии перевел на русский язык специальный ритуал создания Великой Ложи. Сама торжественная церемония была проведена в одном из залов Центрального Дома работников искусств.
Появилась в России и вся структура мастерских высших степеней «Древнего и Принятого Шотландского Устава». Это — ложа совершенствования «Сократ» (4– 14-я степени, основана 15 июля 1993 года) (№ 902 в регистре Великой Национальной Ложи Франции), суверенный капитул розенкрейцеров «Роза России» (18-я степень, основан 16 июля 1993 года) (№ 903), ареопаг «Святой Георгий» (30-я степень, основан 17 июля 1993 года) (№ 904), трибунал «Озирис» (31-я степень, основан 3 мая 1993) (№ 910), консистория «Михаил Гардер» (32-я степень, основана 15 (14) мая 1994 года) (№ 911).
6 июля 1996 году десять русских масонов, посвященных еще М.В. Гардером в высшую, 33-ю степень Древнего и Принятого Шотландского Устава, составили Верховный Совет России. Таким образом, регулярное масонство в России состоялось полностью.
О влиянии Великой Ложи и Верховного Совета России свидетельствует тот факт, что, почти сразу после образования, они были признаны масонскими организациями подавляющего большинства стран мира, в том числе Великой «материнской» ложей Англии (ОВЛА) и первыми по времени основания Верховными Советами.
Основание Великой Ложи и Верховного Совета России повлияло на углубление кризиса русских лож Великого Востока Франции. За чередой новых регуляризаций бывших «либеральных» масонов стало очевидно, что планы по созданию Великого Востока России несостоятельны.
В ноябре 1996 года, после рассмотрения сложившейся ситуации, Великий Восток Франции постановил закрыть все свои ложи в России, однако в середине 1997 года вновь открыл ложу, получившую название «Москва», а летом 1998 года разрешил продолжить работы в ложе под традиционным названием «Северная Звезда».
Кризис переживало и масонство союза Великой Ложи Франции. Так, к 1997 году фактически прекратила свои работы московская ложа «Лютеция», и в составе этого «послушания» осталась лишь одна ложа «Николай Новиков» (Москва).
Начиная с 1991 года немецкое, итальянское, австрийское и финское масонство также начало активно проникать и на территорию бывших республик СССР.
Масонские ложи были открыты в Клайпеде, Вильнюсе, Таллинне, Риге, Львове, Киеве, Кишиневе, Одессе. Руководитель Великой Регулярной Ложи Италии, профессор Дж. Ди Бернардо открыл первые ложи в Кишиневе (июнь
1997 года) и в Одессе (февраль 1998 года). Руководителем упомянутой ложи в Одессе («Хирам») стал ректор местного Медицинского университета В. Запорожан.
К октябрю 1998 года в Молдове было создано уже 5 масонских лож, которые при помощи того же ди Бернардо образовали самостоятельную провинцию Молдова под руководством досточтимого мастера ложи «Альянс» А. Комона. Вскоре самостоятельная масонская провинция под руководством В. Запорожана была создана и в Одессе.
Уже в 1999 году в Молдове была создана своя Великая Ложа, ставшая независимой от итальянских масонов и вошедшая в систему регулярного масонства.
При помощи украинской парижской ложи «Голос Украины» регулярные масонские мастерские были созданы в Киеве («Три Колонны»), Харькове («Феникс Украины»), Львове («Каменяр», основана в ноябре 1999 года), Одессе («Золотая Акация»). Все они в мае 2001 года были объединены в Дистрикт Украина при Великой Национальной Французской Ложе.
