31 января 1919 года бронепоезд комдива Дыбенко прибыл на ст. Пологи, где в его честь махновцы устроили парад. В это время бронепоезд белых прорвал махновский фронт. На ликвидацию прорыва был направлен бронепоезд Дыбенко и гуляйпольцы, вооруженные только что привезенными комдивом несколькими тысячами винтовок. Победа над белыми, захват их бронепоезда и около сотни пленных, которые были привезены в Гуляйполе, вызвали общий подъем в «свободном районе». На переговорах с Дыбенко Махно заявил о том что, возможно, согласится руководить отрядами Красной армии, принять назначенных комиссаров и создать политотделы в полках.
В феврале 1919 года Махно во второй раз женился. Его женой стала Галина (Агафия) Андреевна Кузьменко 22 лет, которая родилась в семье писаря жандармской канцелярии. Галина закончила учительскую семинарию и с 1916 года работала в школе Гуляйполя. Она принимала участие во всех походах махновцев и оказывала большое влияние на решения Нестора. В армии она занималась как культурной, так и школьной работой.
В ноябре 1918 года в Курске состоялась учредительная конференция Конфедерации анархистских организаций Украины «Набат». На конференции было провозглашено: «Украинская анархистская революция станет первой в серии мировых анархистских революций». Началом такой революции анархисты считали повстанческое движение украинского крестьянства. В феврале 1919 года «набатовцы» сделали ставку на Махно и направились в Гуляйполе «для культурного труда». Группы «Набата» существовали в Александровске, Киеве, Одессе, Елизаветграде (ныне — Кировоград), Харькове, Екатеринославе и др. (всего в 35 городах).
14 февраля 1919 года между командованием Красной армии и махновцами было подписано официальное соглашение: махновские полки входили в 1-ю Заднепровскую дивизию как 3-я революционно-повстанческая бригада имени батьки Махно. Комбригом был утвержден Махно, а все выборные партизанские командиры остались на своих местах. В махновский штаб и полки были направлены политкомиссары. Таким образом, оперативное и административное подчинение частей Махно начдиву Дыбенко и командующему Антонову-Овсеенко предусматривало сохранение автономии внутренней организации бригады, выборного командования, добровольной мобилизации, самодисциплины, права бригады остаться в Приазовье и сохранение черных флагов. Все махновские части сливались в полки, которые получали военное снаряжение, продовольствие, фураж, деньги по штатному расписанию частей Красной армии. Перед махновцами была поставлена задача занять фронт против белых (расстояние составляло 180 км) и повести наступление на Ростов.
12—16 февраля в Гуляйполе состоялся II съезд повстанцев и крестьян 35 волостей (245 делегатов), который утвердил союз с Красной армией. В ходе съезда анархисты критиковали большевистскую диктатуру и установление власти никем не избранного Совнаркома Украины, охарактеризовав правительство большевиков как правительство «самозванцев-назначенцев». В своей речи Махно указал, что преследование анархистов в РСФСР, закрытие их газет, вооруженное подавления выступлений трудящихся — весь этот российский опыт не должен повториться в Украине. Позиция съезда была отражена в резолюции, где был высказан протест против большевистской «монополии на революции», против арестов и расстрелов представителей «революционных организаций». Съезд призывал строить свободное общество — безвластное и деполитизированное. Большое значение имело решение о создании Военно-революционного совета (ВРС) «свободного района» (государство в государстве). Махновский съезд утвердил раздел земли между крестьянами на принципах равенства, решил требовать от Центра автономии «свободного района».
В феврале 1919 года большевики начали массовые аресты левых эсеров и анархистов на юге Украины. Эти действия привели к тому, что Махно стал угрожать своей отставкой. Совет «свободного района» требовал прекращения «…партийной травли левых партий», недопущения в районе партийной диктатуры и ЧК, утверждения выборности в советских организациях, представительства в Александровском исполкоме.
