Постепенно подчинилась чекистам и милиция, ставшая по сути вспомогательным органом для проведения оперативных мероприятий и расследования мелких дел. После ликвидации в 1919 г. уездных чека были созданы политические бюро, которые формально являлись уездными органами милиции, но реально подчинялись губернским чека. В 1921 г. и формальное подчинение политбюро органам милиции было отменено.
В условиях гражданской войны особую компетенцию приобрели органы военной контрразведки — особые отделы во фронтах, армиях, корпусах, дивизиях и бригадах. Это были крупные по численности структуры, постоянно пытавшиеся избавиться от контроля со стороны реввоенсоветов и существовать в рамках ведомственных инструкций, подчиняясь только Особому отделу ВЧК. Работавшие в условиях боевых действий, они демонстрировали особую жестокость, постоянно направляя удары и против своих — военных специалистов и рядовых красноармейцев. Масштабной карательной структурой являлась система транспортных чека, контролировавшая практически все стороны работы путей сообщения. Между этой чекистской триадой существовали очень натянутые отношения из-за постоянных вторжений в сферы компетенции друг друга.
Сибирь, до конца 1919 — начала 1920 г. находившаяся под властью белых правительств, оказалась в стороне от тех изменений, которые происходили в системе ВЧК. Но в многочисленных партизанских соединениях предпринимались попытки организации специальных контрразведывательных структур. В регионах с максимальной повстанческой активностью первоначально организовывались партизанские чека, чьи представители затем пополняли штаты губернских и уездных чека. Самодеятельные партизанские чека вели как контрразведывательную работу с целью выявления белогвардейских лазутчиков и проверки благонадёжности самих партизан, так и осуществляли террор в отношении представителей и сторонников белой власти.
В алтайской Первой горной партизанской дивизии И.Я. Третьяка начальником контрразведки был беглый каторжник А.А. Табанаков, который в феврале 1920 г. возглавил Горно-Алтайскую уездную чека. С.М. Буда с конца 1919 г. работал председателем военно-следственной комиссии при штабе армии Тасеевской партизанской республики Канского уезда, а в феврале 1920 г. был передан в ЧК.
Свои чека создавали и большевики-подпольщики: в период восстания в Иркутске в декабре 1919 г. член подпольной боевой дружины Ю.А. Новик (в будущем видный чекист) работал инструктором ЧК в контрразведке при рабоче-крестьянской дружине Знаменского предместья. Подпольщик И.Г. Елюхин писал в автобиографии: «В дни восстания в Красноярске… не имея никаких указаний сверху, беру на себя инициативу организации разведки наподобие ЧЕКА; до сформирования ЧЕКА мною заключено свыше 1.000 офицеров, взяты под арест 12 генералов Колчаковского Правительства и принято от Колчаковских частей 14 несгораемых ящиков ценностей. Позднее… своей разведкой вливаюсь [во] вновь организованную Красноярскую ЧЕКА»[43].
Сразу после прихода к власти большевики создавали следственные комиссии, напоминавшие чека образца весны 1918 г., но действовавшие более жёстко. В захваченном партизанами алтайском пос. Змеиногорское 10 декабря 1919 г. был образован исполком, который тут же организовал Чрезвычайную следственную комиссию по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией. Сначала она состояла из трёх человек, но вскоре, из-за обилия дел, была доведена до 6 членов. 15 января 1920 г. эта комиссия была упразднена и взамен образован юридический отдел ревкома во главе с Малютиным, ранее работавшим в партизанской комиссии 1-й Чумышской дивизии армии И.В. Громова-Мамонова. Юротдел состоял из трёх комиссий: гражданской, уголовной и политической, которые имели полномочия присуждать до 6 месяцев принудительных работ, а более важные дела направляли в ревтрибунал. Из Барнаула руководящих указаний не поступало до 10 февраля 1920 г., когда юротдел был преобразован в отдел юстиции, а работники политической комиссии переданы уполномоченному губчека в уезде Ф.Я. Глазкову, который с декабря 1919 г. являлся уполномоченным партизанского Главштаба по организации советской власти в уезде. Бывший глава Змеиногорского исполкома, а затем активный партизан и чекист П.И. Молостов писал в автобиографии, что он в конце декабря 1919 г. работал старшим делопроизводителем партизанской следственной комиссии, а в конце февраля 1920 г. «без всякой инструкции и указаний» организовал Змеиногорскую уездную чека.
