Если великий магистр и утвердился, наконец, в этой мысли, отбросив иные свои намерения и планы, то, главным образом, потому, что Немецкий орден в целом теперь иначе относился к его должности и к прусскому государству. И в Германии, и в Ливонии магистры ордена добивались, и не без успеха, передачи им суверенных прав, то есть положения самостоятельных правителей, практически равного позиции великого магистра. Его же собственная должность, с тех пор как был подписан второй Торнский мир, уже не имела прямого отношения к империи. Стремление к самостоятельности, уже начиная с XV века, было главным в политике германской ветви ордена, который, не имея прямого отношения к государству, содержал в Германии огромную разветвленную структуру; теперешние же шаги магистра этой ветви были лишь логическим завершением политики его предшественников. Однако великий магистр был не только главой Немецкого ордена, он был также и прусским государем. И если бы теперь он ограничился этой должностью, то прусское государство перестало бы считаться владением Немецкого ордена (впрочем, орден никогда и не рассматривал прусские земли как свои владения, хотя на их собственных государственных функциях это никак не сказывалось). А германский магистр своими действиями лишь ускорял отделение прусского государства от Немецкого ордена. В результате этого отделения прусские земли стали бы гораздо больше зависеть от условий второго Торнского мирного договора, зато германская ветвь ордена тем самым избавилась бы от возможного соперника внутри империи. В целом же, однако, точка зрения германской ветви ордена сводилась к тому, что прусское государство стало самостоятельным организмом, и потому его необходимо отделить от глобальной структуры ордена и предоставить своему собственному политическому развитию. Но уже после того, как Пруссия стала светским герцогством, орден вплоть до XVIII века сохранял свои притязания на прусские владения. А ведь он сам прежде добился того, что Пруссия как некая независимая государственная сущность была отделена: орден отказал Альбрехту в праве, которое тот тщетно отстаивал, утверждая, «что великий магистр осуществляет истинную власть от лица всего ордена». Тем временем магистр ордена в Германии — а ему вторил ливонский магистр — принялся настаивать на том, «что германский магистр имеет особое княжество», и, как выразился весной 1524 года Альбрехт, вынудил тем самым и великого магистра ограничить свои обязанности суверена лишь Пруссией, а потом передать государству то, что ему принадлежит.
Теперь землям ордена предстояло стать светским герцогством. Приближалось 10 апреля 1525 года, последний день перемирия. О возобновлении войны с Польшей не могло быть и речи. Великому магистру необходимо было принять решение. Он и теперь действовал прямолинейно, руководствуясь своей совестью. В марте Альбрехт выехал из Венгрии и через Силезию направился в Краков, а его парламентеры тем временем вели мирные переговоры, пытаясь добиться более или менее приемлемых условий. Особых успехов они не достигли.
2 апреля 1525 года Альбрехт, еще в качестве великого магистра, прибыл в Краков. 8 апреля был заключен мир с Польшей. Согласившись принести ленную присягу, Альбрехт сохранил Пруссию в границах 1466 года в качестве светского герцогства: она стала его леном. Ничто не связывало его больше с императором и папой. Но теперь герцог имел определенные военные обязанности. Однако для дальнейшего развития прусских земель важно было то, что лен был также пожалован и братьям герцога — маркграфам Георгу, Казимиру и Иоганну: таким образом, в случае смерти Альбрехта Польша как сюзерен не могла претендовать на Пруссию; к тому же, теперь существовали реальные условия для объединения Пруссии с Бранденбургом под властью представителя рода Гогенцоллернов и развития бранденбургско-прусского государства.
9 апреля представители сословий Пруссии дали свое согласие на заключение мирного договора. 10 апреля Альбрехт Бранденбургский принес присягу польскому королю. Один из братьев-рыцарей ордена, покинувший страну после того, как там восторжествовала реформация и Пруссия была отделена от Немецкого ордена, весьма точно описал сцену на рыночной площади в Кракове: «В Кракове на площади поставлен был богато украшенный трон, и сидел там король Польши во всем своем величии, и пришел великий магистр, облаченный в магистерское платье с гербом, и подошел к трону, где сидел король, и упал перед ним на колени. Был он тотчас же поднят и снял с себя орденское одеяние и платье с гербом, и дал ему король иное платье и иное знамя. И принял он прусские земли ордена в лен, и взял маркграф Георг знамя, которое дал король. И дал король великому магистру новый герб, и получил он также титул герцога Прусского и право сидеть рядом с королем».
