Второй этап массовой эмиграции относится к периоду коллективизации в 1929—1931 годах. Это были не такие уж редкие переходы госграницы или попытки таковых, со скотом и скарбом, совершавшиеся под прикрытием банд, базировавшихся за рубежом.
Во время Великой Отечественной войны эмиграция в Афганистане пополнилась некоторым количеством перебежчиков, но это число было не столь велико. Чего нельзя сказать о военнослужащих Красной Армии, попавших в плен и использовавшихся гитлеровцами в национальных легионах. Но они концентрировались непосредственно в районах театра военных действий, на фронте или на оккупированных вермахтом территориях. По национальному составу среднеазиатская эмиграция в Афганистане разделилась на три основные группы: туркменскую, узбекскую и таджикскую.
Естественно, что эмигранты оседали в этнически близких им областях, главным образом северных: туркмены — в провинциях Меймен, Герат, Мазари-Шариф, узбеки — частично в Мазари-Шарифе, другие в Каттаган-Бадахшане, таджики — в тех же провинциях, что и узбеки. Небольшая по количеству, но влиятельная часть узбекской и таджикской эмиграции находилась в Кабуле, и именно она претендовала на руководящую роль во всей эмиграции.
Сами эмигранты да и афганцы всегда рассматривали состав эмиграции по территориальному признаку. Так, узбекско-таджикская делилась на две группы: бухарскую и туркестанскую. К первой относят эмигрантов из бывшего Бухарского эмирата, то есть из Таджикистана и отчасти Узбекистана. Туркестанской считается эмиграция из бывшего царского Туркестана: Туркмении, Ферганы, Ташкента, Самарканда, Ходжента.
Были в Афганистане и эмигранты-киргизы с Памира, поселившиеся в Вахаджире, но эта малочисленная группа активностью не отличалась.
Туркестанскую эмиграцию долгие года возглавлял ее духовный лидер Халифа Кзыл Аяк. К переговорам с узбекско-таджикскими авторитетами он привлекал своего сына Сирадж Максума, в его ближайшее окружение входили Молла Джума Чули Бай и Молла Клыч Коушут Бай. Пользуясь влиянием в туркменской эмиграции и среди коренных туркмен, Халифа Кзыл Аяк сумел сплотить их организационно и идеологически. В прошлом он был одним из организаторов басмачества.
Ему же принадлежала идея объединения всех туркмен, проживающих на территории Туркменской ССР, Афганистана и Ирана, в самостоятельное, независимое государство. К такого рода устремлениям афганское правительство относилось отрицательно, заботясь о целостности своей страны .
Несмотря на это, туркменской эмиграции удавалось избегать режимных строгостей, которые испытывали не себе другие этнические группы.
По сравнению с туркменами узбекские и таджикские эмигранты находились и в худших экономических условиях. Они в основном занимались сельским хозяйством, а афганские власти весьма неохотно шли на предоставление им земель, а если и выделяли, то не лучшие. Эмигранты затрачивали много средств и труда, чтобы обустроить выделенные им небольшие участки. И все же, несмотря на все трудности, выходцы из среднеазиатских республик, применяя более культурные способы ведения хозяйства, быстро осваивались и получали значительно больше продукции, чем афганцы. Имелись даже случаи, когда афганские власти под разными предлогами сгоняли эмигрантов с освоенных ими участков и сажали на них афганских переселенцев.
Влиятельными деятелями в северных районах были таджик Хамранкул-бек, узбеки братья Кудратулла-хан Тюра и Мухитдин-хан Тюра. Наиболее радикальная часть узбекской и таджикской эмиграции осела, как уже говорилось, в Кабуле. Объединявшей ее политической фигурой был вплоть до своей смерти в 1944 году бывший эмир Бухарский Саид Алим-хан, позже эту роль пытался исполнять его старший сын. Другими достаточно авторитетными лидерами эмиграции были: муфтий Садретдин, узбек родом из Ташкента; Хашим Шайк Якубов — таджик, бывший посол Бухарской народной республики в Афганистане; Мубашир-хан Тарази, узбек духовного звания; Шир Мухаммед-бек (по прозвищу Курширмат), узбек, известный предводитель басмачей в Фергане, сторонник самых активных, порой совершенно авантюристических вооруженных акций, как и его брат Hyp Мухаммед; Яхья Ходжа Содур — таджик, духовное лицо, состоял в родстве с эмиром Бухарским. Из киргизов, пожалуй, самым заметным был Камчинбек Аильчибеков.
