Замоскворецкий край с городами Суздалем, Владимиром, Ростовом, Переяславлем-Залесским, Александровой слободой и Юрьевом-Польским;
Тверская земля с городами Тверью, Торжком, Кашиным. Старицей, Микулиным, Бежецким верхом, Ржевом, Осташковым и Макариевым Калязиным монастырем;
Заволжье с городами Угличем, Ярославлем, Костромой, Галичем, Чухломой и крупнейшим ремесленным центром по производству всевозможных изделий из металла, включая холодное и огнестрельное оружие – Устюжной Железопольской;
Север России – Поморье, включавшее в себя Двинские земли, Белозерский край, Печерский край, Пермскую землю, Заонежье и Кольский полуостров с городами Холмогорами, Белоозером, Вологдой, Тотьмой, Великим Устюгом, Архангельском, основанным в 1583 году, Пинегой, Пустозерском, Яренском, Усть Выпью, Усть-Сысольском, Сольвычегодском, Каргополем, Кемью, Сумью, Колой и Соловецким монастырем;
Новгородский край с городами Новгородом, Вышним Волочком, Новой и Старой Русой, Повенцем, Ладогой, Орешком, Ямом, Копорьем, Ивангородом, Корелой и Порховом;
Псковская земля с городами Псковом, Псково-Печерским Успенским монастырем, Изборском, Островом, Опочкой, Великими Луками, Себежем и Велижем;
Смоленская земля с городами Смоленском, Торопцом, Вязьмой, Дорогобужем и Рославлем;
Заокские земли с городами Брянском и Калугой;
Тульские земли с городами Тулой, Дедиловом и Донковом;
Рязанские земли с городами Переяславлем-Рязанским, Пронском, Зарайском, Ряжском, Михайловом и Муромом;
Северские земли с городами Путивлем, Новгородом-Северским, Рыльском и Стародубом;
часть «Дикого поля» с городами Орлом, Ливнами, Воронежем, Ельцом, Белгородом, Осколом, Валуйками, Кромами и Курском;
Нижнее Поволжье и часть Закамья с городами Нижним Новгородом, Балахной, Павловом, Арзамасом, Темниковом и Шацком;
Вятская земля с городами Хлыновом-Вяткой, Слободском и Шестаковом;
Закамские земли с городами Чердынью, Орлом-Каргеданом, Соликамском, Кийгородом и Пыскорским монастырем;
горная сторона Волги и чувашские земли с городами Свияжском, Чебоксарами и Васильсурском;
Казанская земля с городами Казанью, Лаишевом и Тетюшевом;
Астраханская земля с городами Астраханью, Самарой, Саратовом и Царициным;
Башкирские земли;
часть земель Северного Кавказа – Кабарда.
Полный титул царя Федора Иоанновича при короновании на царство в 1584 году выглядел так:
«Божиею милостию Царь и Великий князь, Федор Иоаннович, всеа Руси самодержец. Владимирский, Московский, Новгородский, Царь Казанский, Царь Астраханский, Государь Псковский и Великий князь Смоленский, Тверский, Югорский, Пермский, Вятский, Болгарский и иных Государь и Великий князь Новгорода Низовския земли, Черниговский, Рязанский, Полоцкий, Ростовский, Ярославский, Белоозерский, Лифляндский, Удорский, Обдорский, Кондинский, и всеа Сибирския земли и северные страны повелитель и иных многих Государств Государь и обладатель».
В начале XVI века В Московском государстве были великокняжеские владения, крупные удельные княжества, земли служилых князей и бояр, монастырские земли, вотчины и поместья детей боярских и дворян. Земли делились на уезды, волости, станы и вотчины знати, сложившиеся в соответствии с удельными владениями, существовавшими на Руси. Уезды делились на волости, волости на станы, а станы на села, деревни и починки. Села, как правило, являлись центрами крупного землевладения. В селе XVI века было обычно полтора десятка дворов, в деревне – пять или шесть, в починке – четыре.
С середины XVI века старую систему государственного управления – введенных и путных бояр и «Казенный двор» – сменила приказная система.
В середине XV века управление государством осуществляли бояре и дьяки – неродовитые грамотные чиновники, исполнявшие нерегулярные поручения царя. Постепенно эти поручения – «приказы» царя стали постоянными. Появились, должности казначея, печатника, разрядных и ямских дьяков. С увеличением объема работы в начале XVI века дьякам для письма придавались чиновники поменьше – подьячие, работавшие в особом помещении – «избе» – канцелярии. С середины XVI века «избы-канцелярии» были преобразованы в постоянно действующие государственные учреждения – приказы. Самым старым приказом, впервые упоминаемым в 1512 году, был Казенный приказ, возглавляемый казначеем и печатником – хранителем «большой государственной печати». Казенный приказ ведал дипломатическими отношениями государства, поместными, ямскими и холопьими делами. В начале XVI века у казначея и печатника появились помощники – поместный, ямской и посольский дьяки. В Боярской Думе была создана Посольская изба. Позднее, с увеличением объема работ, были образованы Поместный, Ямской и Холопий приказы. В 1533 году начал работать Приказ большого прихода, ведавший сбором налогов и таможенных пошлин. В 1549 году Посольская изба была преобразована в Посольский приказ. Тогда же для контроля за деятельностью всех остальных приказов был создан Приказ тайных дел, в штате которого в течение всего XVI века был тайный дьяк и не более 6–7 подьячих. Местное управление в царстве осуществляли наместники и тиуны.