Царь даже не помышлял сомневаться в политеизме, не совершил ни одного поступка, в котором проявились бы его враждебность или хотя бы скептицизм на этот счет. Даже «Памфлет» не делает ему ни малейшего упрека в этом отношении. Разумеется, волей Набонида бог-луна отныне взял на себя всю божественную власть, прежде распределенную среди всех божеств пантеона. Его почитатель настойчиво утверждает это: «Син <…> держит в руках все должности небесные». Один из гимнов того времени примерно теми же словами воспевал Мардука: бог «Дома под высокой кровлей» якобы обладал качествами всех и каждого из основных вавилонских божеств. Это был грубоватый способ выразить идею, что он их всех превосходит. Такое восхваление, когда речь шла о местном божестве, допускалось часто. Например, в Ларсе так же относились к богу-солнцу, но никто не имел дерзновения навязывать эти местные взгляды всем стольным городам, а тем более всему «Благодатному полумесяцу».
Между прочим, вавилонский царь до самого своего падения оставался «приносящим обильные жертвы в Дом под высокой кровлей». Этот титул он перенял у предшественников, Навуходоносора и Нериглиссара; как и они, он его заслужил — хроника его царствования объективно это отмечает. В его отсутствие о процветании всех святилищ Вавилонии заботился Валтасар, так что по возвращении отец мог отметить, как было сказано, его «хорошее поведение» по отношению к храмам.
Жаркие споры велись только по поводу Мардука. В первые годы царствования Набонид раздумывал, не отождествить ли Сина с ним, Иштар — с его супругой и бога-солнце — с Набу. Словом, царь собирался поступить так, как несколькими веками ранее сторонники самого бога Вавилона: неприметного божка они связали с Эриду через Энки или Эа. Но догматика, разработанная во время пребывания царя в Аравии, сделала такой синкретизм невозможным: природа и могущество бога-луны уже не могли быть простым воспроизведением сущности и силы Мардука. Универсальность Сина намного превосходила роль вавилонского бога, который, при всем своем престиже, оставался именно вавилонским. Поэтому он должен был уступить авансцену. В новой теологии Син в некотором смысле возвращал его туда, где он был вначале, в прежнее положение местного аграрного божества. Он даже вторгся в его храм. Столкновение стало неизбежным. Автор «Памфлета» дает живой и даже живописный рассказ о том, что происходило в «Доме под высокой кровлей». Набонид «увидел убранство Дома под высокой кровлей, убранство, созданное Эа всезнающим, и стал богохульствовать. Когда он увидел в Доме под высокой кровлей лунный серп, он поднес к нему руку. Он созвал ученых и говорил с ними: “Кто построил храм, кому в честь он означен? Будь то Мардук, мотыга была бы означена, Син означил храм сей своим полумесяцем!”» Вот что заявил царь перед жрецами Вавилона. Впрочем, Набонид не собирался выселять Мардука; но его демонстративные действия должны были приводить к выводу: бог Вавилона занимал это здание, но то не был его родной дом; так сказать, домовладельцем был Син.
Кроме того, Мардук стал богом безвластным. На все время отсутствия Набонида новогодние празднества, естественно, прервались, поскольку в городе не было их главного участника из числа людей — государя. Лишь он мог «взять руку Мардука», отвести его статую вместе со статуями других божеств в «Дом Нового года», чтобы там был исполнен обряд.
И только так, уверяли сторонники бога Вавилона, могло быть гарантировано изобилие. Но никогда еще сельское хозяйство так не процветало, как в те десять лет, когда вавилонский царь был в отлучке. Ненужность ритуала и, логически рассуждая, самого бога была наглядно явлена всем. Отныне правил Син. Это не означало, что Набонид, с таким пылом проводивший религиозную реформу, перестал выполнять другие обязанности вавилонского государя. Чтобы противостоять политической и военной угрозе, нависшей над его царством, он вновь принял на себя все полномочия.
В 546 году, за три года до возвращения Набонида из Аравии, персы установили контроль над всем Анатолийским плоскогорьем и вышли к Эгейскому морю. Теперь их владения соприкасались с Вавилонской империей по всей ее восточной и северной границе. Насколько конкретными и точными сведениями о намерениях Кира располагали вавилоняне, мы не знаем. Но они не могли не представлять себе общей ситуации на Ближнем Востоке. Это показало и поведение царя Вавилонского.