Мировоззрение образованных людей в средние века обладало логическим единством, в настоящее время утерянным. Фома Аквинский — известный проповедник оспоренных наукой воззрений — считал, что некоторые фундаментальные истины христианской религии могут быть доказаны с помощью одного только разума, без помощи откровения. Среди них — существование всемогущего и благого творца. Из его всемогущества и доброты следует, что он не оставит свои создания без знания своих законов и даст им это знание в той мере, в какой это необходимо людям, чтобы они могли подчиняться его воле. Божественное откровение должно существовать, и оно, очевидно, содержится в Библии и в установлениях церкви. Остальное можно вывести из Священного писания и декретор вселенских соборов. Доказательство осуществляется дедуктивным путем из посылок, общепринятых в христианских странах; и если такое доказательство кажется нам иногда шатким, то большинство образованных современников Фомы никаких ошибок в нем не замечали.
В логическом единстве средневекового мировоззрения заключены одновременно сила и слабость: сила — поскольку, сделав один шаг в доказательстве, вы обязательно сделаете все последующие шаги; слабость поскольку, отказавшись от более поздних шагов, следует отказаться и от некоторых более ранних. Церковь в своем конфликте с наукой проявила и силу и слабость, проистекавшие из логической связности ее догм.
Наука приходит к своим выводам иным путем, нежели средневековая теология. Опыт показал, как опасно начинать с общих принципов и выводить из них следствия: принципы могут оказаться ложными, а само рассуждение ошибочным. Наука начинает не с грандиозных допущений, а с конкретных фактов, устанавливаемых при помощи наблюдения или эксперимента. От определенного числа таких фактов переходят к общему правилу; при этом, если общее правило истинно, факты становятся его частными случаями. Общее правило не считается окончательным, а принимается в качестве рабочей гипотезы. Если гипотеза удачная, то некоторые не наблюдавшиеся ранее феномены будут в определенных обстоятельствах наблюдаться. Если это происходит, то гипотеза в какой-то мере подтверждается; если нет, то ее следует отбросить и придумать новую. Сколько бы фактов в подтверждение гипотезы мы ни обнаружили, это еще не свидетельствует о ее истинности, хотя в конце концов она может оказаться весьма вероятной; в таком случае ее называют не гипотезой, а теорией. Теории, каждая из которых основана непосредственно на фактах, могут стать основой для новой, более общей гипотезы, из которой, если она истинна, все они следуют; и этот процесс обобщения безграничен. Но если в средневековом мышлении общие принципы были обычно исходным пунктом, то для науки они выступают в качестве заключительных выводов — разумеется, они не носят при этом окончательного характера. В дальнейшем эти принципы могут стать частным случаем более общего закона.
Религиозная вера тем и отличается от научной теории, что хочет возвестить вечную и абсолютно достоверную истину, в то время как наука всегда предположительна — она признает, что изменение существующих на данный момент теорий рано или поздно окажется необходимым: сам ее метод не допускает полного и окончательного доказательства. Однако в развитых науках вносимые изменения обычно лишь уточняют старые теории; последние можно использовать, когда требуются грубые приближения, но они непригодны при большей точности в наблюдениях.
Кроме того, технические изобретения, базирующиеся на устаревших теориях, свидетельствуют о том, что эти теории все-таки содержали в себе какую-то практическую истину. Наука, таким образом, отказывается от поиска абсолютной истины и заменяет ее "технической истиной", принадлежащей любой теории, которая успешно используется в предсказаниях или в изобретениях. «Техническая» истина относительна: теория, которая предлагает более удачные изобретения и лучше предсказывает, обладает и большей истинностью. «Знание» перестает быть разумным отображением Вселенной и становится практическим орудием управления материей. Но эти следствия научного метода не были замечены пионерами науки, которые, хотя и применяли новый метод искания истины, все еще считали — подобно своим теологическим оппонентам — саму истину абсолютной.