В соответствии со ст. 88 НК РФ срок камеральной проверки составляет три месяца с момента представления декларации и иных документов. Несмотря на повсеместное нарушение сроков проведения камеральных проверок, эффективность применения мер камерального контроля не страдает. В последнее время складывается однозначная судебная практика. Суды указывают, что срок проведения камеральной налоговой проверки не является пресекательным, поэтому его истечение не препятствует выявлению фактов неуплаты налога и принятию мер по принудительному взысканию обязательных платежей. Такую позицию сформулировал ВАС РФ в п. 9 Обзора практики разрешения арбитражными судами дел, связанных с применением отдельных положений части первой Налогового кодекса Российской Федерации (Информационное письмо Президиума ВАС РФ от 17 марта 2003 г. N 71).
Арбитражные суды подтверждают эту практику. В 2003 г. в ФАС Уральского округа состоялось рассмотрение дела, связанного с толкованием данной нормы. ОАО "Оренбург-нефть" обратилось в Арбитражный суд Оренбургской области к Управлению МНС России по Оренбургской области с заявлением о признании недействительным решения об отказе в возмещении НДС, уплаченного поставщикам экспортной продукции. При этом в судебном заседании было установлено, что в ходе проведения налоговой проверки пакет документов в подтверждение права на применение ставки обложения НДС 0 процентов по экспортной продукции налогоплательщиком не был представлен. Заявляя о необходимости отмены решения налогового органа, общество ссылалось на то обстоятельство, что срок проведения камеральной проверки, установленный ст. 88 НК РФ, является пресекательным, и, следовательно, его пропуск налоговым органом влечет признание недействительности решения, принятого по результатам проверки. Рассмотрев материалы дела и установив наличие оснований для доначисления НДС, соответствующих пеней, а также основания для отказа в возмещении налога, ФАС Уральского округа указал следующее: "Согласно ст. 88 НК РФ камеральная проверка проводится уполномоченными должностными лицами налогового органа в соответствии с их служебными обязанностями без какого-либо специального решения руководителя налогового органа в течение тех месяцев со дня представления налогоплательщиком налоговой декларации и документов, служащих основанием для исчисления и уплаты налога.
По смыслу данной нормы названный срок не является пресекательным и его истечение не препятствует выявлению фактов неуплаты налога и принятию мер к его взысканию.
При таких обстоятельствах, а также учитывая, что факт вынесения решения УМНС России по Оренбургской области, а не органом, проводившим проверку деклараций, не повлек нарушения прав налогоплательщика, судом обоснованно отказано в удовлетворении требований о признании недействительным ненормативного акта налогового органа" (Постановление ФАС Уральского округа от 16 апреля 2003 г. N Ф09-1017/03-АК).