Начиная с распада в 1991 г. Советского Союза активность турецкой разведки в бывших советских республиках активизировалась, в Узбекистане, Туркменистане, Азербайджане они чувствовали себя как дома.
Турецкие эмиссары, как и в средние века, проникали в регионы с тюркоязычным и мусульманским населением, вербуя агентуру и создавая ячейки своих сторонников. Такие факты зафиксированы в Дагестане, Татарстане, Башкирии. В Татарстане в 1998 г. арестован и выслан из Российской Федерации турецкий разведчик Хакал-бей, на Кубани в среде турок-месхетинцев в 2000 г. разоблачена такая же сеть турецкого разведчика МИТ Неджми. В 1996 г. в Сочи арестована разведчица МИТ Шанели, вербовавшая сотрудника российской ФСБ, Шанели выслали в Турцию после личного визита на Лубянку в Москве главы МИТ Коксала и ввиду улучшившихся российско-турецких отношений.
Этими операциями руководит отдел МИТ «Фортена», специально созданный для работы в республиках бывшего СССР и в их тюркоязычиых общинах. Начальники отдела «Фортена» Ассой, а затем Бахри выезжали в Россию на вербовки. Бахри даже был выдворен из Российской Федерации в 1999 г. Такая же активность отмечена на Украине, где налажены контакты с радикалами из среды крымских татар, а также в Белоруссии, откуда в 1994 г. выслали четверых сотрудников МИТ, вербовавших белорусских граждан.
Поддержка террористов в Чечне ударила рикошетом и по самой Турции, в 1996 г. чечено-турецкая группа террористов Токчаиа захватила в турецком порту Трабзон российский паром «Аврасия». Здесь спецслужбы Анкары уже не могли не отреагировать на дерзкий вызов, но антитеррористическую операцию они проводили в жестоком и своеобразном стиле. Когда паром с террористами и заложниками прибыл в Стамбул, возглавлявшие операцию по его освобождению шеф МИТ Коксал и начальник Национальной жандармерии Серхарди, а также начальник отделения МИТ по Трабзону Генч приказали взять в заложники семьи турецких террористов. Под угрозой расправы с их родными террористы Токчана сдались. Кровь не пролилась.
Но далеко не всегда турецкие спецслужбы были нетерпимы к террористам. Во времена руководства МИТ Коксалом развивалась авантюра, получившая название «Дело «Особой группы». Связи МИТ с афганскими моджахедами, узбекской НИДА, кипрскими «Моджадедди», албанцами АОК, чеченцами, иранской «Моджахеди-Эхальк», уйгурами «Исламской партии» и раньше не были секретом. Но от контактов с турецкими фашистами группировок «Серые волки» Тюргеши и «Омега-17» в МИТ всегда открещивались. Особенно после участия «Серых волков» в покушении на папу римского в Ватикане, тогда МИТ арестовала наиболее явных террористов — Тюргеши и Челеика. Но неожиданно выяснилось, что с благославения Коксала, а также с ведома тогдашней леди-премьера Тайсу Чиллер и главы МВД Агара конспиративно созданная внутри МИТ «Особая группа» поддерживала контакты с «Серыми волками», турецкой мафией в Европе и синдикатом наркоторговцев «Шакарчи». Членов этих нелегальных формирований использовали для получения информации и привлекали к «деликатным миссиям» по ликвидациям курдов, армян и просто оппозиционеров.
Впервые сведения об «Особой группе» просочились в 1996 г. В Стамбуле был убит криминальный бизнесмен Топал, полиций арестовала несколько сотрудников МИТ, которые признались в принадлежности к «Особой группе», тайно работающей по ликвидациям и связям с кругами, контакты с которыми не хотело бы афишировать правительство. Внутри МИТ «Особую группу» курировал Озун Чиллер, муж главы правительства. Эта группа, по мнению следствия, участвовала в поставках оружия чеченцам и планировала покушение на грузинского президента Шеварднадзе в 1995 г.
В 1997 г. в автокатастрофе разбился высокопоставленный сотрудник МИТ Кочадаг. Вместе с ним из автомобиля извлекли труп пассажира, которого опознали как опасного террориста Чатлы, находившегося в розыске Интерполом. Следствие располагало вескими доказательствами вхождения Кочадага в руководство «Особой группы», его контактов с пантюркистскими террористами «Серых волков». Некоторое время спустя другой офицер МИТ, Юксель, был изобличен как участник группировки и руководитель терактами.