Но и эти факты померкли после разоблачений начала 90-х годов, когда были доказаны массовые случаи тайных убийств баскских и каталонских террористов и сочувствующих «мирных» сепаратистов этих провинций. Скандал вокруг ЦЕСИД выявил случаи создания сотрудниками спецслужб засекреченных ликвидационных команд, подчиненных спецотделу ДИ-4 внутри ЦЕСИД, привлечения к такой «работе» правых террористов групп «Бункер», «Новая фаланга» и создания таких групп самими офицерами ЦЕСИД («Организация борьбы с сепаратизмом», ГАЛ) в 80-е годы. «Организацией борьбы с сепаратизмом», например, руководил сотрудник спецслужб Вилья. Его группа похитила и после пыток убила более десятка басков, нескольких каталонцев и левых террористов. Родственной ей группой ГАЛ впрямую занимался начальник СИПАН Ролдан. Некоторые офицеры спецслужб, причастные к этой деятельности, сами в 80-е годы стали жертвами ответного террора басков ЭТА, например старый сторонник Франко — генерал Лаго или начальник Национального бюро борьбы с терроризмом Домингес.
Скандал вокруг тайных групп ЦЕСИД для борьбы с террором продолжался до конца 90-х годов. После Вильи были арестованы бывший глава внешней разведки СИГЦ Манглано и экс-начальник СИПАН Вега. Руководитель СИПАН и спецназа гражданской гвардии Ролдан за приказы о тайных убийствах и коррупцию осужден в 1998 г. на длительный срок. В 1996 г. арестовали и бывшего главу всего ЦЕСИД Перото, знавшего о контактах своих подчиненных с террористами и существовании тайной группы ГАЛ еще со времен руководства спецотделом ДИ-4 в ЦЕСИД в начале 80-х годов. Об этом Перото рассказал перед своим арестом в интервью газете «Монд», а на суде ему предъявили еще и обвинение в разглашении государственной тайны, признав косвенно вину государства в этой позорной истории. Арестованы и другие высокопоставленные сотрудники ЦЕСИД, такие как Руис, следствие велось и против начальника спецназа ГЕО Баррасетероса. Дававшие в суде показания по этим делам сотрудники спецслужб Роблес, Гарсиа, Гальярдо, NfyHboc, Ферерос, Мата (офицер СИПАН, который в своей книге «Международный терроризм» поведал о тайных пружинах всей этой антитеррористической операции) добавляли новые скандальные штрихи в картину работы своей службы. Так, суд узнал о тайных испытаниях ядов спецотделом ЦЕСИД, которые опробовались на мадридских бродягах, а затем использовались против сепаратистов Страны Басков и Каталонии. Давший эти показания офицер СИПАН Гарсиа так разволновался, что скончался от сердечного приступа прямо в зале суда в 2000 г.
Кроме борьбы с терроризмом, испанские спецслужбы в конце века, разумеется, занимались и другой деятельностью. В 90-е годы отмечено оживление разведывательной работы испанцев за рубежом. Военные разведчики уже замечены в общих операциях спецслужб стран, входящих в НАТО, против Югославии, чему, вероятно, способствовало пребывание во главе НАТО в эти годы представителя Испании Хавьера Соланы.
