В 1994 г. во время предвыборной кампании Леонид Кучма переиграл Леонида Кравчука. СБУ обвиняли тогда в провокациях против избирательного штаба Кучмы и в организации покушения на самого Кучму. После избрания последнего на пост президента в спецслужбах прошли кадровые чистки, убрали явных сторонников Кравчука и украинских националистов. Со временем лишились своих постов глава СБУ Марченко и начальник Управления госохраны Паливода, обвиненный в причастности к незаконной торговле оружием.
После избрания Кучмы президентом Украины вокруг спецслужб начались скандалы. До конца 90-х годов сыпались обвинения в подавлении пророссийских партий, особенно на востоке Украины и в Донбассе, покровительстве чеченским боевикам, их укрывательстве и лечении на курортах Крыма с ведома СБУ, связях с криминалом и коррумпированными чиновниками высшего уровня. Руководители СБУ при Кучме — Омельченко, Марчук, Радченко, Деркач — постоянно подозревались оппозицией (левокоммунистической, правонационалистической, крымско-татарской) в тайных акциях против недругов Кучмы, а также в опеке уличенных в криминальном бизнесе экс-премьеров страны Звягильского, скрывшегося от правосудия в Израиле, и Лазаренко, бежавшего в США и оказавшегося в американской тюрьме.
В эпицентре шпионских страстей СБУ оказалась в 1999 г. во время очередной президентской кампании, проходившей особенно бурно и скандально. Теперь СБУ и ее шеф Радченко открыто давили на оппозицию и ее кандидатов, спецназ Украины разгонял митинги сторонников левых сил. Политики и депутаты Верховной Рады обвиняли офицеров СБУ Савченко, заместителя начальника СБУ Горбатюка в запугивании оппозиционных кандидатов и их штабов. Было совершено покушение на оппозиционного кандидата в президенты Наталью Витренко, ее ранил киллер на митинге в Кривом Роге. На парламент и на поддерживающие его оппозиционные силы также было оказано открытое давление. В Чернигове местное отделение СБУ во главе с генералом Коноком провело массовые аресты отставных офицеров Советской Армии, замеченных в связях с коммунистической партией. Такие действия СБУ стали главным условием победы Кучмы на выборах 1999 г., эту победу оппозиция признать отказалась.
В 2000 г. оппозиционные силы попытались взять реванш и заставить президента уйти в досрочную отставку на волне массовых акций протеста. Поводом к выступлениям послужил скандал «Кучмагейт», всколыхнувший Украину. Он был в первую очередь связан с действиями спецслужб. После того как сотрудники СБУ Мельниченко и Горбовой рассказали депутатам от оппозиции о том, что Кучма дал приказ СБУ и МВД похитить и убить киевского журналиста Гонгадзе за резкую критику президента в статьях, бесследно исчезнувшего Гонгадзе долго искали, его обезглавленное тело обнаружили в Трощанском лесу под Киевом. Главным аргументом обвинения стали диктофонные записи разговоров Кучмы с силовыми министрами, сделанные сотрудником СБУ Мельниченко, служившим в личной охране президента. На пленках, по утверждению майора Мельниченко, зафиксирован приказ Кучмы главе СБУ Деркачу и министру внутренних дел Кравченко «разобраться с этим грузином». Якобы Кучма предлагает организовать похищение Гонгадзе, списав акцию на грузинскую или чеченскую мафию, а затем ликвидировать. Экспертиза не установила, чьи голоса, похожие на голоса Кучмы, Деркача и Кравченко, записаны на пленке. Не было со стопроцентной уверенностью опознано и тело из Трощанского леса, некоторые эксперты отрицали его идентичность с Гонгадзе. Инициатор скандала Мельниченко скрылся в Чехии, потом в США, откуда переслал свое очередное видеовыступление, в котором обвинял президента и бывшее начальство.
СБУ и МВД помогли Кучме выдержать мощный прессинг улицы, объединившей социалистов, коммунистов, студентов, шахтеров и националистов из УНА-УНСО. Жесткие действия спецслужб по подавлению уличных выступлений не дали оппозиции перехватить власть и вынудить Кучму уйти в отставку. Лидеры оппозиции, включая арестованную и выпущенную из тюрьмы «газовую леди Украины» Юлию Тимошенко, утверждали, что в Лукьяновской тюрьме Киева к политическим узникам применялись пытки. В ходе подавления беспорядков СБУ и спецназ «Беркут» разгромили офис движения УНА-УНСО, захватив при этом его лидера Шкиля. Несмотря на то что по итогам расследования по делу Гонгадзе Кучма был вынужден уступить оппозиции и отправить в отставку верных ему начальника СБУ Деркача, главу МВД Кравченко я руководителя Управления госохраны Шепеля, сам он остался у власти.
