В послевоенной Греции система спецслужб состояла из Тайной полиции «Асфалия», службы внешней разведки ЭИП (Служба разведки и информации), Военной разведки А-2 (отдел № 2 в Генштабе) и Министерства общественного порядка, ведающего контрразведкой, обеспечением госбезопасности, жандармами, криминальной полицией, следствием по политическим делам и контролем за политическими партиями.
Греческий спецназ сгруппирован в армии и олицетворяется «коммандос» «Батальона спецназначения», диверсантами из «Первого диверсионного полка» (он создан в 1956 г. вместо «Бригады бесстрашных» и базируется в Салониках), а также группой боевых пловцов «Силс № 13», дислацирующихся в порту Мегало-Певко.
Режим «черных полковников» во главе с Пападопулосом, захватив власть в результате путча 1967 г., проводил ликвидации оппонентов, аресты сотен греков и заключение их в концлагеря на островах в Эгейском море, пыточное следствие в подвалах «Асфалии». В эти же годы, в конце 60-х и начале 70-х, «Асфалия» вместе с разведслужбой ЭИП и Военной разведкой А-2 организовали за границей несколько покушений и убийств политических эмигрантов из Греции. После падения в 1974 г. власти «черных полковников» некоторые офицеры разведки и Тайной полиции попали на скамью подсудимых, например организатор охоты на эмигрантов полковник Стефаникос. Осужден к пожизненному заключению и глава хунты полковников Пападопулос, а обвиненный в потворствовании хунте король Константин лишен трона и изгнан из страны. В Греции была объявлена республика.
Именно в «полковничьи» годы началась эпопея тайной поддержки разведкой Греции некоторых террористических организаций греческих сепаратистов в соседних странах, борющихся за выход населенных греками областей и присоединение их к исторической родине — Элладе. Главными среди этих группировок стал тайный союз греков в Албании «Омония» («Свобода»), «Фронт освобождения Северного Эпира» на севере Албании в местах проживания греков и «Эока» на Кипре, выступающая за воссоединение Кипра и Греции. Позднее такие контакты налажены и с иегреческими террористическими группами, например с антитурецкими организациями армянских террористов («Мстители», АСАЛА, АРА, «Судьи геноцида») и с курдами КРП.
В начале 70-х греческая разведка совместно с кипрскими боевиками группы «Эока» организовала диверсии против турецкого меньшинства на Кипре, а десант греческих «коммандос» высадился на нескольких спорных островах в Эгейском море. Тогда же спецслужбы «черных полковников» поддержали попытку переворота на Кипре и покушение на либерального кипрского президента Макариоса. Из членов «Эока» и заброшенных на Кипр греческих агентов должно было возникнуть лояльное Афинам правительство, которое объявило бы «энозис» (объединение с Грецией). Этот план сорвался, и в 1973 г. на Кипр была заброшена диверсионная группа греческого разведчика Гриваса для организации нового покушения на Макариоса, однако все ее члены и их союзники из «Эока» были арестованы кипрской контрразведкой. Последняя совместная попытка ликвидировать Макариоса была предпринята в 1974 г.: резиденцию президента обстреляли диверсанты. Как известно, неуклюжие действия спецслужб Греции и радикалов из «Эока» привели к открытому конфликту, вмешательству в него Турции и оккупации турецкими войсками северной части Кипра. Турки были осуждены ООН, а их Республика Северного Кипра до сих пор никем не признана, но и их греческие оппоненты из разведки дали отличный повод для вторжения.
После свержения военной диктатуры контакты с греческими террористами на Кипре и в Албании продолжались. В середине 90-х годов уже при правительстве социалистов боевики «Фронта освобождения Северного Эпира» несколько раз проникали на албанскую территорию, убивали местных пограничников и полицейских и возвращались в Грецию. Армянские боевики АСАЛА спокойно открывали в Греции тренировочные лагеря, куда перебрасывали для обучения завербованную в Ливане молодежь из армянской диаспоры. В 1988 г. в Греции турецкие спецслужбы руками наемных бандитов ликвидировали самого кровавого руководителя АСАЛА Агопяна, организовавшего серию налетов на консульства Турции в Европе. Также в Греции обучались подпольной борьбе и конспирации курдские боевики КРП Оджолана, разведкой ЭИП для этих целей выделен секретный лагерь в Лаврионе недалеко от Афин. В Греции долго находил пристанище и лидер курдских террористов Абдулла Оджолан по прозвищу «Апо». В конце 90-х годов, когда скрыть его местонахождение в Греции уже не представлялось возможным, Оджолана отправили в Италию, где он был арестован по турецкому запросу, но выпущен итальянцами. Греческая разведка предприняла все меры для спасения Оджолана от ареста турками. В 1999 г. офицер греческих спецслужб Наксакис по приказу своего начальства организовал тайную переброску Оджолана в Кению, откуда его планировали переправить в ЮАР. Но, скрываясь на территории посольства Греции в Кении, Оджолан поддался панике, поверив хитрой дезинформации турецкой разведки МИТ, «Моссада» и ЦРУ, и попытался бежать из Кении. По дороге в аэропорт Найроби он был захвачен турецкими разведчиками и вывезен в Анкару. Греческие спецслужбы придавали такое значение спасению союзного им курдского террориста, что после провала операции и ареста Оджолана с должности были сняты руководитель главной спецслужбы страны — министр общественного порядка Ромеос и глава греческого МВД Пападопулос. Вместо Ромеоса министром общественной безопасности был назначен Хрисохоидис.
