Во Второй мировой войне голландские спецслужбы в отличие от шведских были задействованы в полной мере. Еще до прямого вторжения вермахта голландская разведка помогала англичанам и французам в тайных операциях против Германии. В знаменитом эпизоде шпионской войны, когда сотрудники СД в 1939 г. заманили в ловушку на границе у голландского города Венло британских разведчиков Беста и Стивенса, незадачливых британцев прикрывали офицеры королевских спецслужб Нидерландов. Причем голландский разведчик Кропл оказался участником перестрелки англичан с эсэсовцами и был смертельно ранен. Этот и другие факты немцы использовали как предлог для вторжения в страну в 1940 году.
С этого момента часть сотрудников разведки и жандармерии бежала в Британию и создала там разведку королевского правительства в изгнании, помогавшую американцам и британцам в диверсиях в Европе. Голландская Военная разведка МД в эмиграции действовала под названием «Заграничной полиции» и фактически представляла собою голландский отдел английской МИ-6 и диверсионной спецслужбы СОЕ. Возглавлял ее известный разведчик Оскар Пинто, поведавший после войны о диверсиях голландцев и их связях с Сопротивлением в своих мемуарах «Друг или враг» и «Охотник за шпионами».
Другая часть сотрудников спецслужб осталась в оккупированной Голландии и помогала немцам в охоте за коммунистами и антифашистами. Еще до появления в стране германских войск в конце 30-х тогдашний начальник Королевской жандармерии Буркхоф, начальник полиции Эйнтхофен и генеральный прокурор Ван-Ханриксма приказали арестовать несколько сотен политических эмигрантов из Германии и собственных активистов левых партий. Все они были заточены в форте Хонсвен, а после прихода немцев выданы гестапо и СД. Помимо немецких эмигрантов были выданы и казнены 250 местных коммунистов и 25 социал-демократов. Немцам были переданы и другие политические заключенные, находившиеся в тюрьме Схевенинген, основанной еще в 1884 г. Гестапо в 1940–1944 гг. превратило ее в свой пыточный центр, сейчас в этом комплексе находится тюрьма международного Гаагского трибунала, и именно здесь содержат экс-президента Югославии Милошевича. Во время оккупации и Буркхоф, и глава МВД Эйнтхофен помогали немцам в охоте на партизан и бойцов городского Сопротивления силами своих коллаборантских тайных служб. После освобождения страны Эйнтхофен возглавил в конце 40-х главную спецслужбу Нидерландов — БВД и руководил ей все 50-е годы. За измену были осуждены фигуры мелкого масштаба, такие как информатор Верлуп в рядах британских парашютистов или внедренный в голландское Сопротивление агент Линдеманс по кличке «Кинг-Конг», на чьей совести провал и гибель сети сопротивления и британской СОЕ в Арнеме. Линдеманса разоблачил главный голландский «охотник за предателями» Пинто; Линдеманс, не дожидаясь приговора суда, покончил с собой в тюремной камере.
Когда раны, нанесенные войной и оккупацией, затянулись, Голландия попыталась удержать последние заморские колонии. В Индонезии жестокость разведки МД и спецназа «Виски» и СБС-7 в тылу у повстанцев ничего не дала, и колония в 1962 г. была утрачена навсегда. Значительная часть беженцев с островов Индонезии, оказавшаяся в ходе конфликта в Нидерландах, надолго стала еще одной головной болью спецслужб королевства. Группировка СММО выходцев с ЮжноМолуккских островов, боровшаяся за выход своих земель из-под власти Индонезии, была наиболее активной. Террористическое давление молуккских сепаратистов на правительство Джакарты имело место именно в Нидерландах, и правительство бросило все силы жандармерии, БВД и спецназа на ликвидацию ячеек СММО. В 1977 г. произошла трагедия в голландском местечке Ассене Де-Пунте, где боевики СММО захватили поезд с заложниками и здание местной школы. В результате спецоперации по освобождению этих объектов, проводившейся под руководством офицера спецслужб Мулдера, только в школе удалось избежать жертв. При штурме бойцами группы «Виски» поезда вместе со всеми шестью террористами СММО были убиты и два заложника, причем погибли они от пуль спецназовцев. Спецслужбы сделали выводы: в 1978 г. в Дренте при обезвреживании группировки СММО в жилом доме, от пуль спецназа погибли только террористы.
