В едином Йемене жесткий режим Салеха перекроил структуру спецслужб. В едином государстве создано Управление Общественной безопасности (УОБ), которое возглавил соратник Салеха Аль-Гамеш. Ему подчинен отряд йеменских «коммандос» под командованием сына Салеха — Али.
Уже в 1994 г. новым спецслужбам пришлось доказать свою верность президенту. Сохранившие контроль над армией южане-социалисты во главе с Аль-Бейдой попытались оспорить власть Салеха, но были разгромлены силами УОБ и «коммандос». Позднее не менее жестко обошлись с коммунистами, исламскими радикалами, непокорными вожаками бедуинских племен. В 1998 г. подавление мятежа бедуинов на острове Дуэйма сопровождалось массовыми ликвидациями мятежников, а также диверсиями в тылу Саудовской Аравии, поддержавшей сепаратистское движение на Дуэйме.
Режим Салеха и его спецслужбы были связаны с террористическими группами «Аль-Кайда», «Братья-мусульмане», ООП, ХАМАС, египетской «Гамах-ислами», афганскими моджахедами и талибами, алжирской ГИА, Карлосом, чеченцами Дудаева. Когда в конце 90-х активного присутствия «Аль-Кайды» в Йемене скрыть уже было нельзя и это вызвало гнев американцев, пригрозивших военным вторжением в страну, Салех был вынужден расторгнуть союз с послёдователями шейха Ладена. УОБ во главе с его новым начальником Аль-Алими провело несколько показательных операций против йеменских ячеек «Аль-Кайды» и ее союзников из местной исламистской «Армии Аден-Абина». При этом десятки исламистов были убиты, включая их лидера Аль-Мидхара по кличке «Хассан», ликвидированного в 2001 г. В том же году снайпером правительственного спецназа застрелен представитель «Аль-Кайды» в Йемене Аль-Хада, родной племянник убитого Аль-Мидхара. В ходе крупномасштабной операции против исламистов на юге страны «коммандос» уничтожили несколько десятков радикалов и сочувствующих, потеряв при этом восемь бойцов.
Омар Торрихос стал первым президентом, проводившим независимую политику, он пытался вырвать страну из зависимости США и делал реверансы в сторону Москвы.
При Торрихосе сформировались спецслужбы Комитет общественной безопасности и Военная разведка Г-2 при Генштабе армии. Эти структуры участвовали в подавлении мятежа против Торрихоса в 1969 г., в 1977 г. предотвратили покушение на него. Личную резиденцию Торрихос перенес из столицы Панамы в небольшой городок Фаральон под прикрытие десантного полка и охраны из Военной разведки Г-2. Этой службой руководил полковник Мануэль Норьега, впоследствии ставший генералом, а в 80-е годы президентом Панамы.
Формированию разведки Торрихоса помогали инструкторы из КГБ, в частности генерал Леонов, до этого возглавлявший группу советников при спецслужбах Кастро. Панамские спецслужбы уже в 60-е годы были втянуты в «неформальные отношения» с левацкими группировками сандинистов в Никарагуа, «Фронта освобождения имени Фарабундо Марти» в Сальвадоре, МПФ в Гондурасе, ФАР в Гватемале. Советскокубинский крен в политике Торрихоса все более раздражал США. поэтому, когда в 1981 г. генерал разбился при катастрофе своего самолета, многие полагали, что это дело рук ЦРУ и проамериканской оппозиции в. Панаме.
Истинные причины гибели панамского президента неизвестны до сих пор. Но от его смерти больше всех выиграл глава военной разведки Г-2 Мануэль Норьега. Уже в 1983 г. Норьега, опираясь на спецслужбу и армейский генералитет, отстранил от власти временных наследников Торрихоса Ройо и Эсперайо и назначил себя президентом, отменив выборы. В годы его руководства спецслужбы все более усиливались и получали дополнительные полномочия. Так, при Комитете общественной безопасности по инициативе Норьеги созданы группа спецназа «Мачос дель монте» («Горцы») и секретная диверсионно-ликвидационная команда «Эм-20», занимавшаяся физическим устранением оппонентов Норьеги. В 1987 г. был уничтожен лидер оппозиции Спадафоро, а годом позднее убит очень популярный в армии генерал Эррера. В 1989 г. группа «Эм-20» совершила неудачную попытку покушения на нового вожака оппозиции Эндару. Сотни недовольных или участников тайных офицерских обществ томились в пыточных центрах, созданных в подвалах политических тюрем Модело и Командансия. Здесь же побывали и некоторые иностранные граждане, такие как американец Мьюз, обвиненный в связях с военными заговорщиками Панамы.
