Также совместно с американской ДЕА с начала 90-х ведется мощная кампания по борьбе с мексиканскими наркокартелями и самым активным из них — «картелем Хуареса». Наркобароны, именуемые здесь «донами», убили двух внедренных американских информаторов ДЕА в 1985 г. и кардинала мексиканской католической церкви Посадеса (застрелили в 1993 г. в аэропорту Гвадалахары). После ряда облав и успешных операций мексиканских спецслужб верхушка «донов» была арестована и выдана для суда в США, включая лидеров «картеля Хуареса» дона Карильо, Квинтеро, Мендосу, Абрего и др. При этом Федеральное управление безопасности и НСБН показания у арестованных выбивали пытками. После разгрома «людей Хуареса» некоторых сотрудников госбезопасности и спецслужбы НСБН сняли с должности и отдали под суд за превышение полномочий. Кроме того, расследование действий НСБН выявило факты коррупции в рядах самой спецслужбы и тайных связей ее руководящего состава с лидерами наркобаронов, в частности с Фуэнтосом, скончавшимся в 1997 г. при попытке сделать ему пластическую операцию. За получение взяток от покойного Фуэнтоса, именовавшего себя «Богом неба» заг план поставлять героин через границу с США на воздушных шарах, в 1998 г. арестован тогдашний шеф НСБН Реболльо. Вместе с ним по этому делу в 1998 г. под суд пошли и другие сотрудники НСБН, включая главного организатора пыточного следствия Каролло, возглавлявшего столичное управление полиции в Мехико.
Обвинения в жестокости раздавались и в адрес спецгруппы «Бета», боровшейся на границе с США с незаконной миграцией мексиканцев, так называемых «мокрых спин», переплывающих Рио-Гранде в поисках работы и лучшей доли в богатой стране. По Мексике давно ходят устойчивые слухи об убийствах неудачливых беглецов, тела которых спецслужбы топят в водах Рио-Гранде. В 90-е годы спецслужбы вмешивались в предвыборную кампанию в стране, запугивали оппозицию. После нескольких убийств руководителей партии ИРП были арестованы сотрудники госбезопасности, сознавшиеся, что совершили эти теракты по заказу Рауля Гортари, брата экс-президента страны Гортари, пытавшегося вернуть себе власть, но проигравшего на выборах 1997 года.
Страна пережила японскую оккупацию, войну, присутствие американской армии и партизанское движение народной армии «Хукбалахап», разгромленное властями при помощи американских войск в конце 50-х годов. Затем многолетняя диктатура Маркоса. Его Тайная полиция НБР (Национального бюро расследований) уничтожала оппозиционеров, коммунистов из «Новой народной армии», исламистов, сепаратистов окраинных островов. Самым скандальным терактом, после которого режим Маркоса потерял последних союзников за рубежом, стало убийство главного конкурента на выборах — сенатора Бенинго Акино. В 1983 г. Акино поверил в гарантии безопасности и вернулся в страну. Он выходил в Маниле из самолета, когда прогремел выстрел его собственного телохранителя, нанятого спецслужбами. Дело попытались представить как бытовое убийство из мести. В 1986 г. Маркос с семьей и последними соратниками бежал из страны и вскоре умер, а власть перешла к антимаркосовской оппозиции, и президентом стала вдова Бенинго Ахиио — Корасон Акино.
Многие офицеры НБР были в конце 80-х уволены со службы. Некоторых даже осудили, как, например, Дулая. Бывший руководитель НБР Абадильо был в 1996 г. застрелен прямо на улице Манилы левыми террористами. Во главе НБР при Акино был поставлен Сориано. Он, а затем и сменивший его Воласко преследовали сторонников Маркоса, сплотившихся вокруг вдовы покойного диктатора — Имельды Маркос.
При Акино, а затем и при ее преемниках Рамосе и Эстраде спецслужбы продолжали борьбу с сепаратистами и исламскими радикалами из «Фронта освобождения Моро» и «Абу-Саяфат» на юге страны. В 1998 г. НБР с помощью армейского спецназа — «Батальона специальных акций» подавило массовые выступления оппозиции в Субик-Бее, начавшиеся после отстранения от должности президентом Эстрадой популярного в народе местного губернатора Гордона. Толпу жителей рассеяли огнем спецназа, были жертвы, а Гордона захватили в его резиденции и вывезли в Манилу. В 2000 г. спецназ неудачно штурмовал лагерь боевиков «Абу-Саяфат» на острове Хола: все террористы смогли уйти вместе с заложниками. Филиппинские «коммандос» отыгрались на местных жителях, заподозренных в симпатиях к. исламистам, — многие крестьяне были убиты. Спустя год также провалилась антитеррористическая акция в Лавтаки: бойцы «Абу-Саяфат» с боем ушли, убив десять бойцов спсцгруппы, а затем еще и казнив в отместку за штурм двух европейских заложников.
