Такие же акции проводились в селах, поддерживающих наркокартели, опутавшие паутиной всю Колумбию, а также в небогатых кварталах Медельина и Кали — оплоте картелей. Реальную борьбу с картелями, прежде всего с самым могущественным из них — Медельинским, — начали под нажимом США после 1980 г. До этого момента правительство имитировало борьбу, а некоторые из его членов даже подозревались в получении доходов от наркобизнеса. При помощи специалистов из ЦРУ и британской разведки ДАС и Тайная полиция выслеживали лидеров медельинской мафии, а спецназ убивал их. Колумбийские спецслужбы создали специальный список «Лос-Эстрадитаблес» («Подлежащие выдаче»), входивших в него медельинцев разрешено было при сопротивлении уничтожать. Так, в начале 80-х ликвидирована вся верхушка Медельинского картеля: Анхелито, Кастаньо, Ямуньес («Тайсон» — штатный киллер медельинцев). Могущественный босс медельинского клана Пабло Эскобар был вынужден в 1991 г. сдаться властям после того, как Тайная полиция захватила его младшего сына Луиса. Эскобар сдался под обещание правительства не выдавать его для суда в США, но был обманут. Узнав, что готовится его тайная эксградиция в Соединенные Штаты, Эскобар бежал в 1992 г. из тюрьмы. Колумбийцы привлекли к его розыску все силы. В декабре 1993 г. особой группе Тайной полиции и ДАС удалось проследить звонок Эскобара домой и устроить засаду. Выстрел, поставивший точку в жизненном пути знаменитого медельинского мафиози, произвел глава «Специальной части по борьбе с наркотиками» Алкведо. Эскобар стал чуть ли не великомучеником, особенно в глазах у бедноты Медельина, по сей день он считается «колумбийским Робин Гудом». На его надгробии написано: «Пока есть небеса — будет память о тебе». Идеолог Медельинского картеля Ледер, призывая наркомафиози объединяться с левыми повстанцами в борьбе с режимом, называл кокаин «атомной бомбой для бедных американцев в борьбе с гегемонией США на континенте».
Колумбийская наркомафия в Медельине была серьезно обескровлена к концу 90-х годов, в это же время добрались и до картеля Кали. После ареста его лидеров Орихуэллы и Лоазии спецслужбы сменили тактику. С середины 90-х в стране действует нелегальная группировка «Лица, пострадавшие от мафии», убивающая боссов наркокартелей. В 1996 г. эти боевики расстреляли группу калийцев прямо посреди многолюдного ресторана, ранив лидера картеля Родригеса. Ими также убито несколько адвокатов, защищавших наркодельцов в суде. Появилось и тайное правое общество «Достоинство Колумбии», объявившее тотальную войну картелям и связанным с ними государственным деятелям; угрозы от их имени получил даже президент страны Сампер, подозреваемый в тайных связях с картелями. Исследователи вопроса полагают, что за «Пострадавшими от мафии» и «Достоинством Колумбии» стоят офицеры спецслужб, отчаявшиеся справиться с кокаиновой заразой законным образом. Восьмерым арестованным членам «Достоинства Колумбии» удалось бежать из-под ареста на Кубу.
Ответным террором наркомафиози уничтожили многих чинов ДАС и Тайной полиции. В 1989 г. они убили Контеро. Одно за другим совершены два покушения на шефа Тайной полиции Маркеса, главного недруга медельинского клана, ранен генеральный прокурор Парехо, причастный к выдаче некоторых медельинцев в США. За головы командиров антииаркотического спецназа Алкведо и Нуньеса назначены крупные премиальные.
Тем не менее периодически проходят сведения об арестах целых групп информаторов и соучастников картелей среди офицеров ДАС. В 1995 г. за неформальные контакты с Медельинским картелем в отставку отправлены руководитель Тайной полиции Серпа, министр обороны Ботеро и член правительства Медина. Преемники Серпы, Бехарано и Серрано, также подозревались в связях с мафией. Многие считают, что кокаиновая экономика так вросла во властную вертикаль, что страна подошла к критической точке, за которой следует превращение в криминальное государство.
На внешней арене колумбийская разведка в течение всей холодной войны была верной помощницей ЦРУ. Знаменитый агент ЦРУ в Советском Союзе Огородник был завербован во время работы в Колумбии сотрудником ДАС Урибе в конце 70-х, а затем передан на контакт ЦРУ. При аресте Огородник покончил с собой, раскусив ампулу с ядом.