Акции против Израиля продолжались, а в связи с обострением конфликта Арафата с Тель-Авивом в 1999 г. разгорелись с новой силой, напоминая времена открытой интифады. Возобновились контакты палестинских спецслужб с террористами НФОП, Демократического фронта Палестины, «Черного сентября» и ХАМАС. После массовых терактов 1997–2000 гг. Израиль открыто заявил, что за террористами-смертниками, взрывавшими себя в толпе в израильских городах, стоят начальники Службы безопасности Раджуб, Балауи и Дахлан, руководитель военной разведки Аль-Халед и начальник Службы разведки Хатаб. Хатаб в 2001 г. был убит в ходе спецоперации израильтян, так же как и некоторые другие сотрудники разведки и спецназа Палестины, включая главу группы «Танзим» Абаята. По территориям Палестинского государства, подконтрольным Арафату израильтяне начали наносить авиационные удары и проводить армейские рейды. Ради общей борьбы с Израилем Арафат с 2000 г. вновь сблизился с Ираном и Ираком и начал ввозить морем в Газу оружие для своих отрядов, за это в Службе безопасности отвечал особый отдел во главе с Адваллани.
Главной спецслужбой страны считается НРУ (Национальное разведывательное управление, по-испански: National Direction de Intelligencia). Помимо отдела внешней разведки в НРУ входят антитеррористический отдел, контрразведка, тайная полиция, отдел спецопераций и оперативный отдел.
С 60-х годов при НРУ действует группа антитеррора, а также команда «Кондор» для тайных ликвидаций. К этим же акциям привлекается и армейский спецназ «Батальон спецопераций».
Преследования левых, либералов и индейских национальных лидеров в Уругвае происходили с разной степенью интенсивности в течение всего XX века. С новой силой они разгорелись в 1971–1972 гг., когда НРУ было брошено президентом Бурдабери против поднявших голову левых повстанцев «Тупамарос». «Тупамарос» и представителей их политического крыла из «Движения национального освобождения» уничтожали в момент ареста либо в политических тюрьмах НРУ, для их нелегального отстрела привлекали правых фанатиков из «эскадронов смерти». Перешедший на сторону «Тупамарос» офицер НРУ Сеговия рассказал о множестве таких акций в 1972–1974 гг., о применяемых в НРУ пытках, а также о приказе своего руководства закрывать глаза на террористические акты «эскадронов смерти» против левых. Стали известны имена сотрудников спецслужб, руководивших устранением оппозиционеров. Многие из них были убиты боевиками «Тупамарос», как Леонсио, либо захвачены и содержались в конспиративных «народных тюрьмах» повстанцев, как Бардесио. От рук левых террористов погиб и главный враг «Тупамарос» — Митрионе, возглавлявший в НРУ отдел антитеррора, его убили в Монтевидео в 1970 г.
За теми; кто бежал в Аргентину, Бразилию, Северную Америку или в Европу, охотился «Кондор», взаимодействовавший с командами ликвидаторов других стран Южной Америки. Одной из главных целей уругвайского «Кондора» стал в 80-е годы международный террорист Карлос — «Шакал», после того как он лично застрелил в 1982 г. в Париже уругвайского военного атташе и разведчика Тромбаля. Вместе с аргентинским «Кондором» уругвайцы пытались ликвидировать Карлоса во Франции, а затем на горнолыжном курорте в Швейцарии, но это не удалось. Необходимо отметить, что спецслужбы стран Западной Европы зачастую знали о планируемых южноамериканскими «кондорами» на их территориях ликвидациях и захватах, но закрывали на это глаза, поскольку жертвами были коммунисты из числа соратников СССР или международные террористы. В обмен на такую свободу рук от Уругвая, Бразилии, Боливии, Чили, Аргентины требовали ликвидировать у себя эмигрантские ячейки баскской ЭТА, французской ОАС, ирландской ИРА и арабских организаций. Уругвай, например, провел на своей территории несколько облав среди испанских и арабских эмигрантских общин. В результате арестованы в начале 90-х и переданы Испании руководители зарубежного крыла баскской ЭТА Суба и Эростарбе, а в 1997 г. захвачен и выдан американцам разыскиваемый по всему миру исламский террорист египтянин Аль-Мохаммед. Это была плата за свободный полет «Кондора» по Европе в 80-е и начале 90-х годов.
