Работал в г. Набережные Челны на предприятиях КАМАЗа.
В начале 1990-х годов работал директором лаборатории методологии гуманитарных исследований в Петербурге, заведующим отделением конфликтологии философского факультета Санкт-Петербургского государственного университета.
В 1992—1997 годах - директор Центра экспертизы Минимущества России по СевероЗападному округу. С 1993 года занимался бизнес-консультированием.
В 1997—1998 годах - председатель совета директоров Транспортно-клиринговой палаты. С 1998 года - генеральный директор государственного унитарного предприятия «Главное агентство воздушных сообщений» (ликвидировано в 2003 году).
В 2003 году избран депутатом Государственной думы четвертого созыва. Был заместителем председателя Комитета по энергетике, транспорту и связи, заместителем председателя Комитета по делам СНГ и связям с соотечественниками.
5 июля 2007 года в Госдуму поступило представление о лишении Шайхутдинова депутатской неприкосновенности. Генпрокуратура обвиняла его в умышленном банкротстве Главного агентства воздушных сообщений и присвоении госимущества. По данным следствия, руководство ГУЛ «умышленно создало неплатежеспособность предприятия перед группой коммерческих структур», к которым после банкротства перешло имущество. Однако депутаты Думы не вынесли решения по лишению Шайхутдинова неприкосновенности. 12 февраля 2009 года глава Следственного комитета Александр Бастрыкин заявил, что это «препятствует привлечению депутата к уголовной ответственности за причинение многомиллиардного ущерба государственному унитарному предприятию».
В 2007 году избран депутатом Государственной думы пятого созыва по федеральному списку ЛДПР (Читинская область). Член Комитета по конституционному законодательству и государственному строительству.
Относительно «обоза с провиантом»: Прохоров заявлял о желании профинансировать партию на $100 млн. из личных средств и привлечь такую же сумму от «сочувствующего» бизнеса. По имеющимся сведениям, с предложением о финансировании избирательной кампании «Правого дела» он обратился к Сулейману Керимову, однако последний, после длительного размышления, отказал. Вероятно, его партнеры указали ему на недопустимость для них такого участия в политике.
О какой-либо другой сторонней спонсорской помощи партии, кроме оказанной аффилированными с Прохоровым структурами персонами, до начала осени фактически ничего не было известно. Вероятно, бизнесу, не имеющему отношения к окружению «олигарха», было непонятно, какую выгоду от сотрудничества с «Правым Делом» он может извлечь.
По-мнению экспертных кругов, в отсутствии неформального общественного договора «партия - бизнес» заключалась главная проблема «праводельцев» как партии, готовившейся к выборам, особенно на уровне регионов. Для известных персон активное сотрудничество с партией сулило определенные выгоды: в зависимости от потребностей и политических амбиций, близость к Прохорову могла обеспечить дополнительный политический вес, прохождение в парламент или финансовую поддержку. Однако для бизнеса, основная цель которого - получение лоббистских возможностей, партии было фактически нечего предложить. Не было ни четкой экономической программы, ни представительств в региональных собраниях. Громкое и достаточное пафосное «воцарение» Михаила Прохорова не было подкреплено реальными фактами поддержки бизнеса (за исключением инициативы о модернизации трудового кодекса, встретившей, однако, холодную реакцию президента) а те владельцы капиталов, что были готовы присоединиться к подобным политическим структурам, пошли в основном в «Народный фронт».
Согласно имеющимся сведениям, перед «Правым делом» его лидером со стороны Администрации президента была поставлена задача: выставиться во всех регионах. Это представлялось весьма затруднительно, так как пришлось бы везде собирать подписи в свою поддержку («Правое дело», напомним, не является парламентской партией, которые по закону освобождены от этой процедуры) и потребовало бы серьезного «распыления» сил, что, в свою очередь, приводило к удорожанию проекта. Как говорил сам лидер, «прием в партию идет только в боеспособных организациях»
